对于fragment counts建模可改善单细胞 ATAC-seq 分析(而非read counts/binary counts): http...
下载SRR 点击Send to,选择File,Format选择Accession List,点击Create File,下载自己要下载的SRR号...
下载安装CellRanger 下载 解压并安装 运行测试 下载CellRanger所需的参考基因组 下载完记得使用tar -zxvf解压 cel...
单细胞ATAC-seq(scATAC-seq)能够测量单细胞水平的染色质开放信息,是用于研究基因调控和细胞异质性的重要方法之一。细胞注释是scA...
(a):手动建立CellChat受配体数据库。CellChatDB考虑了已知的配体受体复合物的组成,包括配体和受体的多聚复合物,以及几种辅助因子...
CellPhoneDB的配体-受体数据库集成于UniProt、Ensembl、PDB、IUPHAR等,共存储978种蛋白质:其中501种是分泌蛋...
在单细胞测序技术尚未普及之前,为了研究真实的细胞通讯是怎样的,出现了很多方法,诸如同位素标记、免疫荧光、BioID等追踪信号和显示信号互作的技术...
之前大多数 single cell 技术都是静态的刻画 cell state(即都是snapshot),没有能够引入细胞随时间的变化,livin...
LR 对于每个基因:利用逻辑回归,使用这个基因的表达来预测分组(属于(1) 或 不属于(0)这个细胞类型),如果有隐变量,就也作为自变量加到回归...
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