DESeq2分析差异基因/ASV时,如果全部基因/ASV都存在0,那么将会因为几何平均数全部为0,导致估算sizefactor失败而报错。
因为默认的计算sizefactor的方法sfType = "ratio"是按照上述公式进行的。作者提供了以下两种解决方法:
- "poscounts":计算非0的几何平均数
- "iterate"(
这个我不懂~
)
实际测试"iterate"参数报错,于是加上参数sfType = "poscounts"
,即
Deseq(dds, sfType = "poscounts")
结果:如果有不少全非零行,那加不加这个参数,sizefactor都没有太大变化。而全非零行非常少的时候还是推荐加上这个参数。