MES系统不同的集成方式会对操作人员的操作造成不同的影响，同时也会因为形式的不同而具有不同的优缺点。
首先我们来看看纯人工集成。纯人工集成的一个缺点是随意性较强，容易出错，而从另外一方面来说也可以看做是它的优点，那就是灵活性强。操作人员的业务水平和细致程度将直接影响数据的准确性，容易造成多余或者疏漏，因此对操作人员的素质要求较高，同时需要通过一些辅助的手段进行数据的核对工作。这种方式常常是在缺少一个设计数学模型的条件的情况下采用，例如没有资金进行相关的接口开发，或者存在大量的非结构化数据，很难建立起数学模型。
如果说纯手工集成的随意性较大，那么接口集成的方式在很大程度上能解决一些潜在的问题。总的来说，接口集成方式，特别是自动接口的方式，是在两套系统的情况下的最佳解决方案，这样可以最大限度地避免数据处理的错误。但是对于接口的方式需要注意的是有一个清楚的日志进行处理过程的记录，这样可以更容易查找出问题的原因。同时需要注意的是，任何一方软件或者相关业务的调整都需要确认是否影响接口的运行。
在同一套杭州MES系统，常规集成的应用相对来说较为普遍。这种方式的优点是，在一个模块中的数据，操作人员可以根据需要进行适当的单据调整，将调整后的单据信息传递到其他模块，相对来说具有更多的灵活性，同时对于一些模块可以设置汇总传递的方式，可以减少模块间数据传递的数据量。但是这种方式下的缺点在于，操作人员可以进行调整，这样系统中反馈的数据可能就是制造出来的数据，并不能真实的反应企业的情况;同时在月底进行汇总操作，对月底系统的负荷也会造成很大的影响;在集团公司模式下，因为某一个公司月底才进行模块记账，很容易会影响其他公司的账务处理功能，造成月底工作的集中，增加月结的工作量。
在同一套MES系统那个下的高度集成的方式相对于常规集成的方式，更加能够客观地反映企业经营的实际情况，反映业务处理的轨迹;由于在平时进行数据传递，从很大程度上来说降低了月底工作的负荷。正是因为这种高度集成而缺少了灵活性，在企业管理不规范，或者市场环境不稳定的情况下就会约束企业的业务处理。
