今天介绍一个转录因子相关的数据库KnockTF,它提供了大量将转录因子(TF)敲出/低的人类表达谱数据集,以及转录因子的其他注释信息,包括靶基因、肿瘤组织中的表达量,功能富集分析等。
KnockTF 包括308个转录因子相关的570个手动整理的RNA-seq和微阵列数据集,这些TF被敲出/低,并且跨越多种组织/细胞类型,表达谱数据来自AnimalTFDB ,TcoF-DB 和ENCODE,转录因子启动子及相关表观遗传信息来自UCSC、roadmap等数据库。
此外,KnockTF构建了一个TF差异表达的基因网络,并对感兴趣的基因集进行网络分析,例如子网络位置,拓扑分析和超几何富集。
我们可以直接搜索感兴趣的转录因子、或者靶基因或者组织。如我们直接搜索转录因子,KnockTF将会列出该转录因子的数据来源、组织、文献等信息。
随便选择一个数据集,将会列出该转录因子的靶基因:
敲除/低该转录因子的功能富集分析:
该转录因子发挥调控功能的靶基因富集分析:
肿瘤组织中的表达量(TCGA):
更多原创精彩视频敬请关注生信杂谈: