1.下载最新安装包
2021.08.06对应的最新版本的是4.2.1.0，下载网址：https://github.com/broadinstitute/gatk/releases
wget https://github.com/broadinstitute/gatk/releases/download/4.2.1.0/gatk-4.2.1.0.zip #下载安装包
unzip gatk-4.2.1.0 #解压缩安装包
cd gatk-4.2.1.0/
ls -hlt #查看安装包内容
echo "PATH=$PATH:/gatk-4.2.1.0/path" >>~/.bashrc
source ~/.bashrc
gatk -h #检查是否可正常运行
2.练习使用conda创建使用python3.6版本的环境
命令：conda create -n env_name python=3.6
conda create -n pyth3 python=3.6 ##安装过程中会有提示问是否继续，输入‘y'继续安装即可
source activate pyth3 #激活进入此环境
补充说明：
conda env list #查看所创建的所有环境
conda info --envs #也是查看所创建的所有环境
conda deactivate #退出环境
conda env remove -n env_name #删除环境
conda create -n env_name python=3.6 numpy scipy #创建包含numpy,scipy包的环境
conda create --name new_env_name --clone old_env_name #复制一个环境
3. conda创建环境
这里我参照了(https://www.jianshu.com/p/bc2817fe6702)
将gatk的安装包文件中的gatkcondaenv.yml文件导入，创建了一个名为gatk的环境
屏幕截图 2021-08-06 104413.jpeg
conda env create -n gatk -f gatkcondaenv.yml #需要等十分钟左右
python -c "import vqsr_cnn" #检测是否成功
4.conda安装fastqc,fastp,multiqc, trimmomatic, bwa, samtools,sambamba, bcftools, vcftools, gffread
因为后续我需要使用一些工具对WGS下机的Rawdata进行分析，所以趁机今天把需要用的工具安装了
conda install -c bioconda fastqc fastp multiqc trimmomatic bwa samtools sambamba bcftools vcftools gffread #这些包都在bioconda里，所以指定channel为bioconda
这里没有安装bwa，是因为我之前已经安装过了。如果你之前没有安装过的话，也可以通过conda install -c bioconda bwa 安装
