在员工社保缴费的扣费方式上，这个法律上没有相关规定。但是如果不合法的话，可能是除社保应缴纳部分外，不能随意扣减员工工资。
劳动法规定单位和员工依法缴纳社会保险，社会保险的缴纳具有强制性，不以员工签订放弃缴纳等协议为依据，可以不缴纳社保。
这个规定可能是公司为了避免员工试用期流失率太高做的个性化制度，如果进一步规定了，如果期间离职，垫付社保不予返还的话属于违法了。
因为单位不得随意克扣员工工资，社保保险单位应缴纳部分，属于单位的缴纳责任。
还有的公司规定试用期不缴纳社保，这是明确违法的。还有的公司为了降低社保缴费金额，给员工在异地缴纳社保，这个最近看到有案例已经证明是不合法的了。
再有就是未足额缴纳社保，这个也是违法的，不过最近税务代收社保费，减小了很多这种可能性。但是如果公司依然按照较低基数缴纳社保，可以随时提出离职并且要求赔偿，同时补足未足额缴纳的社保。
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