按照标准流程对GEO上下的数据进行数据处理，差异分析，富集分析
到enrichKEGG的这一步的时候就出现了Error。
ekegg <- enrichKEGG(diff_gene_DESeq_transID$ENTREZID,
keyType = "kegg",organism = "mmu",pvalueCutoff = 0.05,pAdjustMethod = "BH",qvalueCutoff = 0.1)
Error in download.KEGG.Path(species) :
'species' should be one of organisms listed in 'http://www.genome.jp/kegg/catalog/org_list.html'...
提示我输入的物种缩写名错了，必须是KEGG网站上的名字，但是我输的 "mmu"就是小鼠对应的缩写名。
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之前也遇到过类似的问题，在网上搜了好久，也在一些数据分析群里请教了一下，好像大家都没有遇到。刚好之前GOOGLE也没法用了，于是一直没法解决，转站DAVID先勉强看了看结果。
前几天又能上GOOGLE了，搜到一个这么说的，略长。大概可能是我的R版本以及clusterProfiler包的版本太高，一些支持的包没有更新，版本没有跟上。
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可以用sessioninfo（）查看一下各种支持包相关包的版本
但是clusterProfiler包的支持包太多，看不太懂各种包。于是我准备重新装一下clusterProfiler包，想着在装clusterProfiler包的时候其他相关包也会一起更新的。但是装包的过程也是令人抓狂，各种出错。于是我又准备只重新装一下几个比较重要的支持包。但是我不知道那几个是最重要的，或者是在enrichKEGG中发挥作用的。于是我就随便挑了几个包，安装过程同样令人抓狂。在安装的期间，有包安装成功了我就会重新试跑一下enrichKEGG，试了几天突然就能用了。还是不知道哪个包的作用。
今天用enrichKEGG，一样的流程，又报错了，还是一样的错误。于是今天试了一下先加载DO.db包，再跑enrichKEGG，然后就跑通了。
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目前还没有去查DO.db包的功能和用法，之后需要了解一下clusterProfiler包的重要支持包们以及它们的功能和用法。
