大司马桓温，依仗他的才能和地位，暗中怀有背叛皇帝的心志，曾经抚枕感慨道：“男子不能流芳百世，亦当遗臭万年！”术士杜炅，能预测人的贵贱，桓温问他自己的官位能到什么地步，杜炅说：“明公的功勋举世无双，官位能到大臣的顶峰。”桓温听后很不高兴。

桓温本想先在河朔建立战功，以此为自己赢得更大的声望，回来后好接受加九锡（是天子赐给诸侯、大臣特殊功勋九种器用之物，是最高礼遇的表示，后来几乎成了篡逆的代名词）的礼遇，结果在枋头失败，他的威赫名声陷于困顿，受到挫折。

攻克寿春以后，桓温对参军郗超说：“这足以雪枋头的耻辱了吧？”郗超说：“还没有。”过了许久，郗超到桓温的住所留宿，半夜时分对桓温说：“明公在这里没有考虑什么吗？”

桓温问道：“你有话想对我说吗？”

郗超说：“明公承担着天下的重任，如今以六十高龄，却在一次大规模的行动中失败，如果不建立非常的功勋，就不足以镇服、满足百姓的愿望！”

桓温问：“那该怎么办呢？”

郗超说：“明公如果不干伊尹放逐太甲、霍光废黜昌邑王那样的事情，就无法建立大的威势与权力，镇压四海。”

（伊尹，商朝初年名相，商君太甲不修德政，昏暗暴虐，伊尹便将太甲送入商汤的墓地桐宫反省；霍光，西汉权臣，曾迎立汉武帝之孙昌邑王刘贺即位，但二十七天后就以淫乱无道为由废除了他。）

桓温素来怀有此心，对郗超说的深以为然，于是就和他商定计议。考虑到皇帝司马奕平素谨慎小心，没有什么过错，而床笫之事最容易进行诬陷，于是就说：“皇上早就患有阳痿，不能生育，是他的宠臣相龙、计好、朱灵宝与后宫的美人生下了三个儿子，还要设立太子赐封王位，转移皇上的基业。”并将这话秘密地传播到民间，当时的人们都无法辨别真假。

随后，桓温从广陵返回姑孰，抵达建康后，含蓄地劝说褚太后，请求废黜司马奕，立会稽王司马昱为帝，同时还草拟了诏书进呈给褚太后。

太后当时正在佛堂烧香，内侍报告说：“外边有紧急奏章。”褚太后出来，倚着门看奏章，刚看了几行字就说：“我本来就怀疑……”然后向内侍要来笔加上了这样的话：“我不幸遭受了这样的种种忧患，想到死去的和活着的，心如刀绞！”

桓温将百官召集到朝堂，废立皇帝是历代所没有过的事情，所以没有人知道过去的典则，百官们都震惊恐惧，桓温也神色紧张，不知道该怎么办。

尚书左仆射王彪之知道事情不能半途而废，就对桓温说：“您废立皇帝，应当效法前代的成规。”于是就命令取来《汉书霍光传》，于是礼节仪制很快就制定了。王彪之身穿朝服面对朝廷，神情沉着，毫无惧色，文武仪规典则，全都由他决定，朝廷百官因此而服了他。

然后就宣布太后的诏令，废黜司马奕为东海王，以丞相会稽王司马昱继承皇位。桓温让竺瑶、刘亨收取了司马奕的印玺绶带，司马奕穿着单衣走下西堂，乘着牛车出了神虎门，群臣们哭着拜别，桓温命令部下带领数百兵士押送他回到原来的东海王府。

桓温率领百官准备好皇帝的车乘，到会稽王的官邸去迎接司马昱，司马昱面朝东方流涕，叩拜接受了印玺绶带，是为简文帝。桓温的脚有毛病，简文帝诏令可以让他乘车进入殿堂，桓温事先准备好辞章，想陈述他废黜司马奕的本意，简文帝一见到他就流下了眼泪，但桓温战战兢兢，始终没能说出一句话。

简文帝的异母兄弟，太宰武陵王司马晞，喜爱习武练兵，被桓温所忌恨，想废黜他，就把此事告诉了王彪之。王彪之说：“武陵王是皇室的亲族尊者，没有明显的罪过，不能因为猜忌随便废黜他。您要建立贤明的君主，应当尊崇辅佐王室，与伊尹、周公具有同样的美德，这件大事，应该再仔细考虑！”

桓温说：“这已经是我决定了的事情，你不要再说了。”于是上表说：“司马晞收罗招纳轻浮之士，儿子司马综自负残忍，袁真的叛逆，事情与他有牵连，近来他猜疑恐惧，将会成为祸乱的缘由，请求免除司马晞的官职，让他以王的身份返回藩地。”简文帝同意了，同时还免除了世子司马综等的职务。

当初，殷浩去世的时候，桓温曾派人送信吊唁他，殷浩的儿子殷涓即没有答复，也没有到桓温那里去回复，而是与武陵王司马晞游玩。广州刺史庾蕴，是庾希的弟弟，一直和桓温有隔阂。桓温厌恶殷涓、庾蕴宗族的强大，想要灭掉他们，派他的弟弟桓秘去逼迫司马晃到西堂叩头自述，说司马晞及他的儿子司马综、殷涓、庾倩、庾柔、刘强等人阴谋反叛。

简文帝面对着桓温流下了眼泪，桓温把他们全都抓起来送交廷尉（庾倩、庾柔都是庾蕴的弟弟）。接着，桓温又杀掉了司马奕的三个儿子和他们的母亲。

桓温再次进上表章，请求杀掉司马晞，言词非常激烈诚恳，简文帝就亲手写下诏令给桓温说：“如果晋王朝的神灵悠长，你就不必请示，遵奉执行以前的诏令；如果晋王朝的大运已去，我就请求避让贤人的晋升之路。”

桓温看了以后，惊慌失色，汗流浃背，于是就改请废黜司马晞及他的三个儿子，将其全家流放到新安郡，又废了新蔡王司马晃为庶人，迁徙到衡阳。殷涓、庾倩、曹秀、刘强、庾柔全都被满门诛杀，庾蕴服毒而死。庾蕴的哥哥庾友的儿媳妇，是桓豁的女儿，所以桓温才特别地赦免了他。庾希听说了这桩灾难后，与弟弟庾邈及儿子庾攸之逃到了海陵的胡泽中。

桓温在诛杀了殷氏、庾氏后，威势显赫至极，谢安看见桓温，在很远的地方就开始叩拜，桓温吃惊地问：“谢安，你为什么要这么做呢？”谢安说：“没有君主叩拜于前，臣下拱手还礼于后的。”

前秦王苻坚听说了桓温废立皇帝的事情，对群臣们说：“桓温先在灞上失败，后来又在枋头失败，不能反思过错自我贬责以向百姓谢罪，反而还废黜君主以自我解脱，六十岁的老头了还做如此举动，他将如何自容于天下呢！谚语有说：‘对妻子愤怒就对父亲耍脸色！’大概说的就是桓温这样的人吧。”