接下来,我们需要对rpkm数据进行annotation再画图。
一篇文章说:RPKM values were log2 transformed before generating heat maps. The heat map was generated by BAR Heatmapper Plus (http://bar.utoronto.ca/ntools/cgi-bin/ntools_heatmapper_plus.cgi) online.
首先进行annotation,本来想用biomart,但是biomart中的geneid不对。
查看物种的annotation的内容:
发现都不对,最后我们选择再ncbi上查找作者上传的基因组数据,找gff文件
点击ftp就可以下载。但是里面的gene id居然不对。好吧,明天继续。