（1）A项中行政机关要求村民拔掉麦子改种蔬菜，违背了法律保留的原则。“无授权，则无行政”，在行政管理过程中，对于没有法律性文件授权的行政活动，即使政府出于良好的目的，也不能擅自为当事人增设义务或减损权利。
（2）B项中某市政府为解决残疾人就业难发布《促进残疾人就业指导意见》，对录用残疾人达一定数量的企业予以奖励，是运用行政奖励手段进行管理，并没有为当事人增加新的义务或减损原有权利，因此不违背合法行政的原则。
（3）C项中，孙某受他人胁迫而殴打他人致轻微伤，属于违反治安管理的行为，应当适用《治安管理处罚法》。按照《治安管理处罚法》第19条的规定，违反治安管理有下列情形之一的，减轻处罚或者不予处罚：①情节特别轻微的；②主动消除或者减轻违法后果，并取得被侵害人谅解的；③出于他人胁迫或者诱骗的；④主动投案，向公安机关如实陈述自己的违法行为的；⑤有立功表现的。所以，孙某受他人胁迫而殴打他人致轻微伤，某公安局决定对孙某从轻处罚是违背《治安管理处罚法》的，在这种情况下公安局只能减轻或不予处罚，不能从轻处罚。有人对司法部官方答案存有异议，原因是：《行政处罚法》第32条第1款第（一）、（二）项规定，当事人有下列情形之一的，应当依法从轻或者减轻行政处罚：①主动消除或者减轻违法行为危害后果的；②受他人胁迫或者诱骗实施违法行为的。这种观点是没有区分清楚特别法和一般法的关系，《治安管理处罚法》作为《行政处罚法》的特别法，应当优先适用《治安管理处罚法》。
（4）根据《行政许可法》第15条第2款的规定，地方性法规和省、自治区、直辖市人民政府规章，不得设定应当由国家统一确定的公民、法人或者其他组织的资格、资质的行政许可；不得设定企业或者其他组织的设立登记及其前置性行政许可。其设定的行政许可，不得限制其他地区的个人或者企业到本地区从事生产经营和提供服务，不得限制其他地区的商品进入本地区市场。D选项中的某市政府发布文件规定，外地物流公司到本地运输货物，应事前得到当地交通管理部门的准许，这是地方保护主义的行为，违背了行政许可法的规定。同时，根据《行政许可法》第58条第1款的规定，行政机关实施行政许可和对行政许可事项进行监督检查，不得收取任何费用。但是，法律、行政法规另有规定的，依照其规定。只有法律、行政法规才有权对实施行政许可监督检查进行收费作出规定，该市政府的文件没有资格设定许可收费。
综上，本题答案为ACD。
