celescope的下载和安装

celescope软件:https://github.com/singleron-RD/CeleScope
celescope测试数据:https://github.com/singleron-RD/celescope_test_data
celescope测试脚本:https://github.com/singleron-RD/celescope_test_script
倘若有伙伴对Linux的基础命令还不太了解,建议看一下这篇文章 Linux系统基本操作

celescope安装帮助文档 里面详细介绍了安装指导内容,这篇教程使用git下载celescope。如果服务器没有git,可以使用conda install git 命令,借助conda来安装git。

1. 下载celescope

下载只需要如下一条命令就可以:

git clone https://github.com/singleron-RD/CeleScope.git

git clone下载celescope

可以看到下载到的celescope文件夹结构如下:


celescope文件夹内容

通过 conda_pkgs.txt可以看到celescope运行所依赖的软件和对应版本


conda_pkgs.txt显示软件版本

2. 创建celescope依赖的软件环境

在CeleScope目录下运行如下代码:
conda create -n celescope -y --file conda_pkgs.txt
#1. 该代码会创建一个celescope的conda环境
#2. 该代码会自动配置celescope所依赖的软件

这一步用conda安装可能会久一点,需要耐心等待(这次我等了10min)可以尝试用mamba:
#1.下载安装mamba: conda install mamba or pip install mamba
#2. 自动配置celescope所依赖的软件:mamba create -n celescope -y --file conda_pkgs.txt

3. 安装celescope

运行如下代码:
conda activate celescope #切换celescope环境
pip install celescope --default-timeout=100 -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple #安装celescope
安装成功的尾部界面:

安装成功的尾部界面

注意: celescope安装中如果存在问题,点击它尝试解决👉celescope安装中的问题解决
倘若强制安装某一版本: pip install --force-reinstall celescope==1.7.1

4. 下载测试数据和脚本

下载测试数据的命令行:git clone https://github.com/singleron-RD/celescope_test_data.git(几秒内下载完成)

下载测试数据

下载测试脚本的命令行:git clone https://github.com/singleron-RD/celescope_test_script.git(几秒内下载完成)

下载测试脚本

postscript:
conda env list 查看已有环境
conda create -n abc 创建abc新环境
conda remove -n abc --all 删除abc环境

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