mrbayes 进化树
安装
tar -xvf mrbayes.tar.gz 解压后进入src文件，打开CompileInstructions.txt文件按照提示操作
命令行示例
- ./mb 运行mrbayes
- execute $PATH/primates.nex 输入文件
- lset nst=6 rates=invgamma 设置lset是模型设定(model set)命令，nst=6 是将替换模型设为GTR(General Time Reversible，普通时间可逆)模型，rates=invgamma是将位点间差异比率设为invgamma。
- mcmc ngen=10 000 samplefreq=10 义是：使用马可夫链一蒙特卡罗(melnc)数据模拟技术来估算后验概率，运算进行10000代，取样频率为10(从每10条马可夫链中取样一个)。完成10 000代运算后，在>提示符后显示“Continue with analy—sis?(yes／no)：”，等待用户输入yes或no。这时需要查看“分列频率平均标准差”的值，如果该值小于0．01，则输入no终止运算。本例中经过10 000代运算该值为0．0130 314，小于0．01，所以可以终止运算。
- sump burnin=250，其含义是：舍弃前250个老化(burn．in)样本之后对各参数值(parameter Values)进行总结(8Unllllary)。老化样本数一般为总样本数的25％，本例中总样本数为1 000，所以老化样本数为250。该命令的运行结果是生成两个具有“．P”后缀名的文件。
- sumt bumin=250，即舍弃250个老化样本后对各进化树(trees)进行总结。该命令的运行结果是生成“．t”文件两个和“．parts”、“．con”及“．trprobs”文件各一。其中“．con”文件就是含有两棵共有树(collsensu9trees)的文件，可以用TreeView程序查看
- 后台运行方法：./mb <canshu.txt 运用了shell 的标准输入的方法，可以将参数写入一个文件内。
- canshu.txt 内容：execute $PATH/primates.nex \n(换行符)lset nst=6 rates=invgamma\n(换行符)mcmc ngen=10 000 samplefreq=10\n(换行符)yes\n(换行符)sump burnin=250\n(换行符)sumt burnin=250
输入文件格式
- examples文件夹下primates.nex文件格式如下：
#NEXUS
[ Data from: Hayasaka, K., T. Gojobori, and S. Horai. 1988.Molecular phylogeny and evolution of primate mitochondrial DNA. Mol. Biol. Evol. 5:626-644. ]
begin data;
dimensions ntax=12 nchar=898;
format datatype=dna interleave=no gap=-;
matrix
Tarsius_syrichta AAGTTTCATTGGAGCCACCACTCTTATAATTGCCCATGGCCTCACCTCCTCCCTATTATTTTGCCTAGCAAATACAAACTACGAACGAGTCCACAGTCGAACAATAGCACTAGCCCGTGGCCTTCAAACCCTATTACCTCTTGCAGCAACATGATGACTCCTCGCCAGCTTAACCAACCTGGCCCTTCCCCCAACAATTAATTTAATCGGTGAACTGTCCGTAATAATAGCAGCATTTTCATGGTCACACCTAACTATTATCTTAGTAGGCCTTAACACCCTTATCACCGCCCTATATTCCCTATATATACTAATCATAACTCAACGAGGAAAATACACATATCATATCAACAATATCATGCCCCCTTTCACCCGAGAAAATACATTAATAATCATACACCTATTTCCCTTAATCCTACTATCTACCAACCCCAAAGTAATTATAGGAACCATGTACTGTAAATATAGTTTAAACAAAACATTAGATTGTGAGTCTAATAATAGAAGCCCAAAGATTTCTTATTTACCAAGAAAGTA-TGCAAGAACTGCTAACTCATGCCTCCATATATAACAATGTGGCTTTCTT-ACTTTTAAAGGATAGAAGTAATCCATCGGTCTTAGGAACCGAAAA-ATTGGTGCAACTCCAAATAAAAGTAATAAATTTATTTTCATCCTCCATTTTACTATCACTTACACTCTTAATTACCCCATTTATTATTACAACAACTAAAAAATATGAAACACATGCATACCCTTACTACGTAAAAAACTCTATCGCCTGCGCATTTATAACAAGCCTAGTCCCAATGCTCATATTTCTATACACAAATCAAGAAATAATCATTTCCAACTGACATTGAATAACGATTCATACTATCAAATTATGCCTAAGCTT
Lemur_catta AAGCTTCATAGGAGCAACCATTCTAATAATCGCACATGGCCTTACATCATCCATATTATTCTGTCTAGCCAACTCTAACTACGAACGAATCCATAGCCGTACAATACTACTAGCACGAGGGATCCAAACCATTCTCCCTCTTATAGCCACCTGATGACTACTCGCCAGCCTAACTAACCTAGCCCTACCCACCTCTATCAATTTAATTGGCGAACTATTCGTCACTATAGCATCCTTCTCATGATCAAACATTACAATTATCTTAATAGGCTTAAATATGCTCATCACCGCTCTCTATTCCCTCTATATATTAACTACTACACAACGAGGAAAACTCACATATCATTCGCACAACCTAAACCCATCCTTTACACGAGAAAACACCCTTATATCCATACACATACTCCCCCTTCTCCTATTTACCTTAAACCCCAAAATTATTCTAGGACCCACGTACTGTAAATATAGTTTAAA-AAAACACTAGATTGTGAATCCAGAAATAGAAGCTCAAAC-CTTCTTATTTACCGAGAAAGTAATGTATGAACTGCTAACTCTGCACTCCGTATATAAAAATACGGCTATCTCAACTTTTAAAGGATAGAAGTAATCCATTGGCCTTAGGAGCCAAAAA-ATTGGTGCAACTCCAAATAAAAGTAATAAATCTATTATCCTCTTTCACCCTTGTCACACTGATTATCCTAACTTTACCTATCATTATAAACGTTACAAACATATACAAAAACTACCCCTATGCACCATACGTAAAATCTTCTATTGCATGTGCCTTCATCACTAGCCTCATCCCAACTATATTATTTATCTCCTCAGGACAAGAAACAATCATTTCCAACTGACATTGAATAACAATCCAAACCCTAAAACTATCTATTAGCTT
.....
;
end;
文件以“#Nexus”开头，并有其固定的结构。以程序提供的primates.nex文件为例，该文件由4个部分组成：
①定义数据大小部分用“begin data；”表明下面有一个数据模块；之后用“dimensions ntax=12 nchar=898；”说明该数据的生物类群数(number of taxa，ntax)为12，数据的字符数(number of characters。nchar)为898。
②定义数据格式部分用“format datatype=dna interleave=no gap=一；”说明数据类型为DNA、不隔行排列并且空缺用“一”来表示。
③具体数据列表部分先用“matrix”表明下面有数据矩阵，之后是12行数据，每l行的开头是生物类群的名称，后面是具体的碱基序列；请注意，这里的12条序列已经用Clustalw或其他程序做了多序列比对。
④数据结尾用“；”以及“end；”进行标识。
输入文件类型
上述是一种输入核酸序列的输入文件类型，除此之外还有四种：
- 普通蛋白序列: example 目录下的示例文件vian_ovomucoids.nex
- 含编码区域的DNA序列: bglo_bin.nex- mRNA序列 :replicase.nex
- 混合型数据文件：合型数据文件是指由DNA、RNA、蛋白质序列和形态特征观察结果之中两种以上数据组成的文件，示例文件cynmix．nex中的序列属于这一类型。
