【百篇>>生信】01.ROS评分+乳腺癌|2022

看文献偶然发现一位大神,简直是行走的SCI机器。下面就来逐渐学习下这位大神的文章。


首先来学习这篇近期发在预印本上的生信文章:
题目:Abundance of reactive oxygen species (ROS) is associated with tumor aggressiveness, immune response and worse survival in breast cancer

1.整体思路

2.结果解读

2.1 高ROS评分与细胞增殖和肿瘤前通路

作者通过GSVA方法计算ROS评分,再根据ROS score分为高低两组,再进行GSEA分析。


Fig.1

2.2高ROS评分与免疫相关通路有关

肿瘤分为肿瘤及其周围环境,作者巧妙的利用GSE75688单细胞基因集,说明ROS score主要是在肿瘤细胞中产生。随后再次用GSEA分析结果说明高ROS评分与免疫通路相关。(与热点联系!!!)


Fig.2

2.3高ROS评分与免疫细胞浸润+CYT有关

既然ROS评分与免疫通路有关,那么与免疫细胞浸润是不是有关呢?
带着这个问题,作者用xCell方法探讨了ROS评分与免疫细胞浸润之间的关系,稍带着看了下其与CYT之间的关系。


Fig.4

2.4 高ROS评分与肿瘤新抗原关系

肿瘤新抗原对肿瘤治疗的指导意义比较大,那么具体跟ROS评分之间的关系如何?
作者随后探讨了他们之间的关系。


Fig.5

2.5 ROS评分与临床特征

上面已经表明ROS评分很重要,从临床的角度又会是怎么样?作者随后将TNM、分型和预后联系起来,再次说明ROS评分很重要。


Fig.6

Fig.7

3.感悟

本文提取Hallmark中的ROS评分,区分高低两组,然后一顿操作说明ROS评分与肿瘤细胞增殖、免疫、不良预后密切相关,我们需要特别重视ROS评分,就这样啦。
怎么说呢,整体文章比较干,如果有点湿实验的会不会更好一点?那到底怎么验证呢?如果有好的验证思路,也可以一起交流交流。
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参考链接:
Abundance of reactive oxygen species (ROS) is associated with tumor aggressiveness, immune response and worse survival in breast cancer

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