1.6 地球物理软件的安装

相关软件

参考:

GMT参考手册

GMT4 

SAC学习笔记(一)——SAC安装


1.SAC的安装

1.1 下载软件包:科大镜像

1.2 安装:

$tar zxvf sac-101.6a-linux_x86_64.tar.gz

$sudo cp -r sac /usr/local

1.3 设置环境变量

$ vi ~/.bashrc

# 添加以下内容

# 设置SACHOME环境变量

export SACHOME=/usr/local/sac

# 设置SACAUX环境变量

export SACAUX=$SACHOME/aux

#设置SAC目录下的bin目录到PATH环境变量

export PATH=$SACHOME/bin:$PATH

1.4 应用设置

$ source ~/.bashrc

1.5 启动

$ sac

SEISMIC ANALYSIS CODE [11/11/2013(Version101.6a)]

Copyright1995Regents of the University of California

SAC>

2.GMT4安装

1.下载

gmt-4.5.15-src.tar.bz2

gshhg-gmt-2.3.6.tar.gz

2.依赖

sudo yum install gcc gcc-c++ make glibc

sudo yum install netcdf netcdf-devel gdal gdal-devel gdal-python

3.X相关库——xgridedit

sudo yum install libXaw-devel

sudo yum install libICE-devel libSM-devel libX11-devel

sudo yum install libXext-devel libXmu-devel libXt-devel

4.安装

tar -xvf gmt-4.5.15-src.tar.bz2

cd gmt-4.5.15

./configure --prefix=/opt/GMT-4.5.15

 make

sudo make install-all

5.安装海岸线

cd../

tar -xvf gshhg-gmt-2.3.6.tar.gz

sudo mv gshhg-gmt-2.3.6 /opt/GMT-4.5.15/share/coast

6.环境变量

向~/.bashrc加入:

export GMT4HOME=/opt/GMT-4.5.15

export PATH=${GMT4HOME}/bin:$PATH

export LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:${GMT4HOME}/lib64#取决于系统版本32或64

刷新终端:

exec $SHELL-l

也可以

echo ''>>~/.bashrc

7.测试

psxy

显示:

psxy 4.5.15 [64-bit] - Plot lines, polygons, and symbols on maps

8.CentOS 下查找哪个软件包提供某个特定库文件:

yum provides libICE.so.6

2.1 pssac安装 

# 下载基于 GMT4.0 的 pssac 包

$ wget http://www.eas.slu.edu/People/LZhu/downloads/pssac.tar

$ tar -xvf pssac.tar# 解压

# 下载基于 GMT4.5 的 pssac 源码

$ wget http://www.eas.slu.edu/People/LZhu/downloads/pssac.c

$ mv pssac.c pssac/# 用基于 GMT4.5 的 pssac.c 替换基于 GMT 4.0 的 pssac.c

$cd pssac

修改Makefile:GMTHOME改为自己的路径

GMTHOME=/opt/GMT-4.5.15

GMT_INC=-I${GMTHOME}/include

GMT_LIBS=-L${GMTHOME}/lib -lgmt -lpsl -lgmtps -lnetcdf -lm

CFLAGS = -O ${GMT_INC}

pssac: pssac.o sacio.o

$(LINK.c) -o $@ $@.o sacio.o $(GMT_LIBS) #此行前要制表符,删除本注释

clean:

rm -f pssac *.o#此行前要制表符,删除本注释

再make一下,编译完pssac复制到gmt环境变量中,比如:

sudo cp pssac /opt/GMT-4.5.15/bin/

直接执行pssac可见参数提示。


3.GMT5的安装

为了使用最新版本的 GMT,建议用户从源码编译 GMT。

3.1依赖关系

#必须安装的包:

$ sudo yum install gcc gcc-c++ cmake make glibc

$ sudo yum install ghostscript

$ sudo yum install netcdf-deve

l# 可选包

$ sudo yum install gdal-devel gdal-python

$ sudo yum install lapack64-devel lapack-devel

$ sudo yum install glib2-devel

$ sudo yum install pcre-devel

$ sudo yum install fftw-devel

确认netCDF 支持 netCDF-4/HDF5 格式:若输出为yes则可正常安装 GMT,否则无法正常安装。

$ nc-config --has-nc4

yes

3.2源文件下载:科大镜像

GMT源码:http://mirrors.ustc.edu.cn/gmt/gmt-5.3.3-src.tar.gz

全球海岸线数据GSHHG:http://mirrors.ustc.edu.cn/gmt/gshhg-gmt-2.3.6.tar.gz

全球数字图表DCW:http://mirrors.ustc.edu.cn/gmt/dcw-gmt-1.1.2.tar.gz

3.3安装

# 解压三个压缩文件

$ tar -xvf gmt-5.3.3-src.tar.gz

$ tar -xvf gshhg-gmt-2.3.6.tar.gz

$ tar -xvf dcw-gmt-1.1.2.tar.gz

# 将gshhg和dcw数据复制到gmt的share目录下

$ mv gshhg-gmt-2.3.6 gmt-5.3.3/share/gshhg

$ mv dcw-gmt-1.1.2 gmt-5.3.3/share/dcw-gmt

# 切换到gmt源码目录下

$cdgmt-5.3.3

新建用户配置文件

$ vi cmake/ConfigUser.cmake

向其中写入:

set(CMAKE_INSTALL_PREFIX"/opt/GMT-5.3.3")#设置GMT的安装路径,可以修改为其他路径。对于没有 root 权限的用户,可以将安装路径设置为/home/xxx/software/GMT-5.3.3等有可读写权限的路径;

set(GMT_INSTALL_MODULE_LINKS FALSE)#FALSE,表明不在GMT的bin目录下建立命令的软链接,也可设置为TRUE

set(COPY_GSHHG TRUE)#TRUE会将GSHHG数据复制到GMT/share/coast下

set(COPY_DCW TRUE)#TRUE会将DCW数据复制到GMT/share/dcw下

set(GMT_USE_THREADS TRUE)#表示开启某些模块的并行功能

3.4继续检查GMT的依赖关系:

# 注意,此处新建的 build 文件夹位于 gmt-5.3.3 目录下,不是 gmt-5.3.3/cmake 目录下

$ mkdir build

$cdbuild/

$ cmake ..#检查GMT对软件的依赖关系

参考结果如下:

*  Options:

*  Found GSHHG database      : /home/user/GMT/gmt-5.3.3/share/gshhg (2.3.6)

*  Found DCW-GMT database    : /home/user/GMT/gmt-5.3.3/share/dcw-gmt

*  NetCDF library            : /usr/lib64/libnetcdf.so

*  NetCDF include dir        : /usr/include

*  GDAL library              : /usr/lib64/libgdal.so

*  GDAL include dir          : /usr/include/gdal

*  FFTW library              : /usr/lib64/libfftw3f.so

*  FFTW include dir          : /usr/include

*  Accelerate Framework      :

*  Regex support              : PCRE (/usr/lib64/libpcre.so)

*  ZLIB library              : /usr/lib64/libz.so

*  ZLIB include dir          : /usr/include

*  LAPACK library            : yes

*  License restriction        : no

*  Triangulation method      : Shewchuk

*  OpenMP support            : enabled

*  GLIB GTHREAD support      : enabled

*  PTHREAD support            : enabled

*  Build mode                : shared

*  Build GMT core            : always [libgmt.so]

*  Build PSL library          : always [libpostscriptlight.so]

*  Build GMT supplements      : yes [supplements.so]

*  Build GMT Developer        : yes

*  Build proto supplements    : none

*

*  Locations:

*  Installing GMT in          : /opt/GMT-5.3.3

*  GMT_DATADIR                : /opt/GMT-5.3.3/share

*  GMT_DOCDIR                : /opt/GMT-5.3.3/share/doc

*  GMT_MANDIR                : /opt/GMT-5.3.3/share/man

-- Configuring done

-- Generating done

正常情况下的检查结果应该与上面给出的类似。若出现问题,则需要检查之前的步骤是否有误。

编译和安装:

$ make

$ sudo make install

可以并行以加快速度:

$ make -j

$ sudo make -j install

3.5环境变量

$echo'export GMT5HOME=/opt/GMT-5.3.3'>> ~/.bashrc

$echo'export PATH=${GMT5HOME}/bin:$PATH'>> ~/.bashrc

$echo'export LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:${GMT5HOME}/lib64'>> ~/.bashrc$exec$SHELL-l

3.6测试

终端输入:

$ gmt --version

5.3.3

安装成功,命令行使用时在命令前加gmt 。



4. Paraview

4.1 下载预编译包 

运行/ParaView-5.4.0-Qt5-OpenGL2-MPI-Linux-64bit/bin/paraview即可使用。

4.2 创建快捷方式

进入/usr/share/applications,将Shotwell图标复制到桌面,修改其名称指向即可,可以自己编辑图标,再复制一份到应用文件夹,这样在开始菜单的图形分类中将出现Paraview。

点击桌面图标即可使用。


当然也可以手动编辑.desktop文件,提供一份模板:

Version=1.0

Encoding=UTF-8

Name=sqldeveloper

Type=Application

Terminal=false

Name[en_US]=sqldeveloper

Exec=/u01/app/oracle/product/11.2.0/db_1/sqldeveloper/sqldeveloper.sh

Comment[en_US]=Oracle 11g R2 integrated IDE.

Comment=Oracle 11g R2 integrated IDE.

GenericName[en_US]=

Icon=/u01/app/oracle/product/11.2.0/db_1/sqldeveloper/icon.png

修改Name,Exec,Comment,Icon即可。

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