1. 将本地的代码更改推送到“已存在的”GitHub仓库，需要经历以下一系列的步骤：

1）git remote -v

首先，确保您已经安装了git，并通过命令行或终端导航到您的本地git仓库所在的目录。

使用以下命令查看当前的git仓库配置信息，确认已设置了与GitHub仓库的远程连接：

git remote -v

您应该能够看到列出了一个或多个名为 “origin” 的远程仓库，其中包含GitHub仓库的URL。

2）git remote add

如果没有列出任何远程仓库，您需要将GitHub仓库的URL添加为远程仓库。使用以下命令添加远程连接：

git remote add origin <GitHub仓库的URL>

3）git status

确认您已经将更新的更改添加到本地仓库的索引中，可以使用以下命令来查看更改的状态：

git status，运行此命令可以查看仓库中的更改状态，包括已修改但未暂存的文件和已暂存但未提交的文件。

4）git checkout

如果您只想推送到特定分支，使用以下命令切换到目标分支：

git checkout <目标分支名称>

5）git pull origin

在开始编写新的代码或修改现有代码之前，先执行 git pull origin <分支名称> 来拉取最新的更改，并将远程仓库中的更改合并到您的本地分支中。

6）git add

使用 git add 命令将更改添加到暂存区。例如，可以运行以下命令将所有更改添加到暂存区：

git add .

或者，如果只想暂存特定的文件，可以运行：

git add <文件路径>

或 git add myfolder/。

这将使更改进入暂存区，准备提交到git仓库。

7） git commit 

在执行 git add 之后， 更改添加到暂存区，您仍然需要执行 git commit 命令来创建一个新的提交并将更改永久保存到git仓库中。git commit 命令需要一个提交信息，用于描述您所做的更改。

您可以使用以下命令来进行提交：

git commit -m "提交信息"

在引号中，您可以输入一条简短的提交信息，以解释您所做的更改。

注意，git commit 只会提交暂存区中的更改。如果您有其他未暂存的更改，您需要在提交之前使用 git add 命令将它们添加到暂存区。

7）git push

在执行 git commit 后，您的更改已经成功提交到本地仓库中。但是，这只是将更改保存在本地，还没有将它们推送到远程仓库（如GitHub）。

如果您希望将更改与其他开发人员共享，或将其备份到远程仓库中，您需要执行以下操作之一：

推送到远程仓库：使用 git push 命令将您的本地分支与远程仓库（通常是GitHub）进行同步。运行以下命令将本地分支推送到远程分支：

git push origin <分支名称>

替换 <分支名称> 为您要推送到的远程分支的名称（如 main 或 master）。

这将上传您的本地更改并将其应用到远程仓库的相应分支中。

如果这是首次推送到远程分支，或者原始分支已被删除，您可以使用以下命令：

git push -u origin <分支名称>

这将创建一个新的远程分支，并将本地分支与远程分支关联起来。

Tips: 完成以上步骤后，您的代码更改就会被推送到GitHub上，并与其他开发人员共享。请记住，推送操作可能需要提供GitHub的用户名和密码、个人访问令牌（PAT）或使用SSH密钥进行身份验证。

2. 平时将代码寄存到GitHub仓库

要将代码推送(push)到GitHub仓库，你可以按照以下步骤进行操作：

1. 首先，确保你已经在本地计算机上安装了Git，并且已经配置好Git的用户信息（用户名和邮箱）。你可以在终端或命令提示符中运行以下命令来检查是否已安装Git以及版本号：

  ```

  git --version

  ```

  如果没有安装Git，请根据你的操作系统下载并安装Git。

2. 将你的代码添加到本地的Git仓库中。在你的项目根目录下，运行以下命令：

  ```

  git init

  git add .

  git commit -m "Initial commit"

  ```

  这将初始化一个新的本地Git仓库，并将项目中的所有文件添加到仓库中，并创建一个初始提交(commit)。

3. 在GitHub上创建一个新的空仓库，或者你可以使用已经存在的仓库。如果你要创建一个新的仓库，可以按照以下步骤操作：

  - 在GitHub上登录到你的账号。

  - 点击右上角的加号图标，选择"New repository"（或类似选项）创建一个新仓库。

  - 输入仓库的名称和描述等信息，然后点击"Create repository"（或类似按钮）创建新仓库。

4. 将本地仓库与GitHub仓库进行关联。在终端或命令提示符中，运行以下命令，替换`<remote-url>`为你的GitHub仓库的URL：

  ```

  git remote add origin <remote-url>

  ```

5. 最后，将本地代码推送(push)到GitHub仓库。运行以下命令：

  ```

  git push -u origin master

  ```

  如果你正在使用的是其他分支名称，可以将`master`替换为你的分支名称。

这样，你的代码就会被推送到GitHub仓库中。请确保你有适当的权限来推送代码到该仓库。

3. 报错1

1）报错

git push origin master

Username for 'https://github.com': L7991-lian

Password for 'https://L7991-lian@github.com':

remote: Support for password authentication was removed on August 13, 2021.

remote: Please see https://docs.github.com/en/get-started/getting-started-with-git/about-remote-repositories#cloning-with-https-urls for information on currently recommended modes of authentication.

fatal: Authentication failed for 'https://github.com/jiang-junyao/CACIMAR.git/'

使用HTTPS协议推送更改到GitHub远程仓库时遇到了身份验证错误。错误消息中提到，自2021年8月13日起，GitHub不再支持密码身份验证。为了解决这个问题，你可以使用以下方法之一进行身份验证：

使用SSH协议进行身份验证：首先，你需要在GitHub上设置SSH密钥并将其与你的帐户关联。然后，将远程URL更改为SSH格式。在命令行中执行以下命令：

git remote set-url origin git@github.com:jiang-junyao/CACIMAR.git

然后再次尝试推送更改，应该不再需要输入用户名和密码。

使用个人访问令牌（Personal Access Token，简称PAT）进行身份验证：你可以在GitHub中生成一个PAT，并使用该令牌作为密码进行身份验证。在命令行中执行以下命令：

git remote set-url origin https://<PAT>@github.com/jiang-junyao/CACIMAR.git

将<PAT>替换为你生成的个人访问令牌，然后再次尝试推送更改。

请根据你的首选方法进行身份验证，并确保远程URL正确设置后再次尝试推送更改到GitHub远程仓库。

2）设置SSH密钥并将其与你的GitHub帐户关联

设置SSH密钥并将其与你的GitHub帐户关联的步骤如下：

1. 打开命令行终端或Git Bash。

2. 在终端中输入以下命令来生成SSH密钥对：

  ```

  ssh-keygen -t ed25519 -C "your_email@example.com"

  ```

  这将生成一对公钥和私钥。确保替换 `"your_email@example.com"`为你在GitHub上注册的电子邮件地址。

3. 终端将提示你选择要保存密钥的文件路径和名称。默认情况下，会在用户主目录下生成密钥。你可以选择使用默认路径，或提供自定义路径。

4. 设置一个安全的密码短语。这个密码短语在使用此密钥对进行身份验证时起到保护作用。

5. 完成后，终端将显示公钥的指纹和密钥路径信息。复制并保存你的公钥的内容，以便在后续步骤中使用。

6. 登录到你的GitHub帐户，并转到以下路径：用户头像 > Settings > SSH and GPG keys。

7. 点击 "New SSH key"（新的SSH秘钥）按钮。

8. 在 "Title"（标题）字段中，为SSH密钥提供一个描述性的名称（例如，"My SSH Key"）。

9. 粘贴之前复制的公钥内容到 "Key"（密钥）字段中。（公钥的内容应该类似于以下样式：

ssh-ed25519 AAAAC3NzaC1lZDI1NTE5AAAAIMxxxxxxxxxxiQr9sqjbnnnnnnnnRxt6AjLl8VM xxx@qq.com

）

10. 单击 "Add SSH key"（添加SSH密钥）按钮，完成关联。

现在，你的SSH密钥已经与你的GitHub帐户成功关联。你可以使用SSH协议来进行身份验证和进行与远程仓库之间的交互操作。

或者也可以使用下面PAT的方式。

3)个人访问令牌（Personal Access Token，简称PAT）进行身份验证

使用个人访问令牌（Personal Access Token，简称PAT）进行身份验证：

在GitHub上生成一个PAT。你可以按照以下步骤进行操作：

登录到你的GitHub帐户，点击右上角的用户头像，然后选择“Settings”（设置）。

在左侧菜单中，选择“Developer settings”（开发者设置），然后选择“Personal access tokens”（个人访问令牌）。

点击“Generate new token”（生成新令牌）按钮，在弹出窗口中提供一个描述性的名称，并选择所需的权限和范围。

点击“Generate token”（生成令牌）按钮，然后将生成的令牌复制到安全的地方。

在命令行中执行以下命令，并将<PAT>替换为你生成的个人访问令牌：

git remote set-url origin https://<PAT>@github.com/jiang-junyao/CACIMAR.git

然后再次尝试推送更改。

请根据你的需要选择其中一种方式，并确保远程URL正确设置后再次尝试推送更改到GitHub远程仓库。

4. 报错2

1）报错

git push

To github.com:jiang-junyao/CACIMAR.git

! [rejected]        master -> master (fetch first)

error: failed to push some refs to 'git@github.com:jiang-junyao/CACIMAR.git'

hint: Updates were rejected because the remote contains work that you do

hint: not have locally. This is usually caused by another repository pushing

hint: to the same ref. You may want to first integrate the remote changes

hint: (e.g., 'git pull ...') before pushing again.

hint: See the 'Note about fast-forwards' in 'git push --help' for details.

这个错误表明你尝试推送的分支 `master` 已经包含了远程仓库中你没有的工作。这通常是因为有其他人已经向相同的分支推送了新的更改。

为了解决这个问题，你可以执行以下步骤：

1. 首先，使用 `git pull` 命令从远程仓库拉取最新的更改并合并到你的本地分支上。执行以下命令：

  ```

  git pull origin master

  ```

2. 如果有冲突产生，请根据提示对冲突进行解决。你可以通过编辑相应的文件以手动解决冲突，然后执行 `git add` 命令将解决后的文件添加到暂存区。

3. 继续执行 `git push` 命令尝试推送更改到远程仓库。执行以下命令：

  ```

  git push origin master

  ```

如果其他人在你拉取最新更改之前向远程仓库推送了更改，你可能需要解决冲突才能成功推送你的更改。

2）Merge 要求输入提交信息

Merge branch 'master' of github.com:jiang-junyao/CACIMAR

# Please enter a commit message to explain why this merge is necessary,

# especially if it merges an updated upstream into a topic branch.

#

# Lines starting with '#' will be ignored, and an empty message aborts

# the commit.

这是一个要求你输入提交信息的提示。当执行 git pull 命令拉取远程更改并合并时，Git 会自动创建一个合并提交的提交信息模板。

在这个模板中，你需要提供一个解释为什么进行了这次合并的提交信息。如果这个合并是将更新的上游代码合并到主题分支中，你可以简单地描述一下这个过程。或者，如果有其他重要的信息需要包含在提交信息中，你也可以在这里添加。

在这种情况下，你可以将提交信息保留为空，以终止提交。你可以在模板中添加自己的评论，或者删除模板并提交一个全新的提交信息。

在命令行中，你可以通过按下 i 键进入插入模式，然后编辑提交信息。完成编辑后，按下 Esc 键退出插入模式，并输入 :wq 保存更改并退出编辑器。

例如，如果你使用的是 Vim 编辑器，你可以输入 :wq 并按下回车键保存更改并退出。

如果你正在使用其他编辑器，可能需要查阅相应的文档以了解如何保存更改并退出编辑器。

你可以提供以下内容作为基本的提交描述：

```

Merge branch 'master' of github.com:jiang-junyao/CACIMAR

Added new code to analyze the evolutionary relationships between cell types in different species.

```

这个提交信息简洁明了地表达了你的更改和添加的新功能的目的。根据需要，你可以根据你的具体情况对提交信息进行调整或添加其他相关信息。

请注意，提交信息应该尽可能清晰地描述你的更改和添加的功能，以便其他人能够理解你的工作并与之交互。