更改镜像
r <- getOption( "repos" );
r[ "CRAN" ] <- "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/";
options( repos = r )
# bioconductor
BioC <- getOption( "BioC_mirror" );
BioC[ "BioC_mirror" ] <- "https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/";
options( BioC_mirror = BioC )
包
1、查看已加载的包
(.packages())
2、卸除已加载的包
如卸除RMySQL包
detach("package:RMySQL")
注意是卸除，不是卸载，也就是说不是把包从R运行环境中彻底删除，只是不希望该包被加载使用。
在包使用函数冲突，检验函数依赖时比较有用。
3、安装包
install.packages("rjson")
下载安装报名为“rjson”的包。
4、卸载已加载的包
彻底删除已安装的包：
remove. packages(c("pkg1","pkg2") , lib = file .path("path", "to", "library"))
5、查看已安装的包
installed.packages()[,c('Package','Version','LibPath')]
其中c('Package','Version','LibPath') 表示显示包名、版本、库路径信息，若无[,c('Package','Version','LibPath')]参数，则显示所有信息。
6、查看某个包提供的函数
help(package='TSA')
package参数为要查看的包的包名。
7、查看某个函数属于哪个包
help(函数名)
在打开的网页中查看属于哪个包。
数据
1.保存Rdata，方便方便下次继续，避免从头开始。
save(ids,exprSet,pdata,file = 'input.Rdata')
2.将数据框a1的第一列变为行名
rownames(a1)<-a1[,1]
a1<-a1[,-1]
3.查看当前目录的文件
list.files()
4.查看两者是否相同
identical(x,y)
# 回复TRUE|FALSE
5.查找匹配
##grep
grep("[a-c]", letters)
#[1] 1 2 3
## ???????飬?µı???????ֻ??normal??gbm????
n_expr = exprSet[ , grep( "non-tumor", group_list )]
g_expr = exprSet[ , grep( "glioblastoma", group_list )]
6.更改列名
colnames( exprSet ) = paste( group_list, 1:ncol( exprSet ), sep = '_' )
7.读取本地文件
gset<-read.table("GSE76275_series_matrix.txt.gz",sep="\t",quote = "",
fill=T,comment.char = "!",header=T)
# 更改行名
rownames(gset)<-gset[,1]
gset<-gset[,-1]
8.去除某列、某行
a1 <-a1[-1,-5] #去除第一行，第5列
9.下载网页数据
library(data.table)
mydat<-fread("")
head(mydat)
参考来源：生信技能树&&Linux命令大全
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