学习小组Day7笔记--Sky

学习内容

1、怎么区分一二三代测序

我认为对我们来说理解1、2代测序的原理就够了
简单的理解1代测序原理,就是在DNA合成的过程中,加入了特殊的ddNTP(带有放射性标记),它的存在会阻止DNA合成反应,所以检测到某个长度是什么碱基,由于合成反应数目十分庞大,相当于DNA片段的每个位置都可能结合这个ddNTP,所以就测出了这个序列。它的缺点效率低,适合1000bp以内,所以我们的酶切片段鉴定都是用sanger测序。
同理,理解二代测序,基于PCR反应来提高一代测序的效率,每个碱基带有荧光,合成完就失效了,所以每合成一个碱基,荧光信号就被记录一次,直到结束啊。而且它是高通量的,每次可以同时进行很多次这个过程。
三代测序目前我们都没怎么用,通过纳米孔单分子测序技术为标志,不需要经过PCR扩增,超长读长,可达二代测序的100倍以上,实现了对每一条DNA分子的单独测序。错误率比二代要高,达到10-15%。

2、二代测序大体流程

第一步: 构建DNA文库
第二步: 上样
第三步:桥式PCR,包括第一轮扩增模版、去杂、桥式形成、循环、解链
第四步:测序

3、NGS组学都包括哪些分类(粗略)

研究遗传那些需要明白的是基因组学,基因突变那些
(1)全基因组测序(WGS)
(2)全外显子组测序(WES)
(3)简化基因组测序(RRGS)

我们更多的想知道基因表达的变化,是转录组学。
(1)mRNA-Seq
(2)IncRNA-Seq(长链非编码RNA)
(3)sRNA-Seq(主要是miRNA-Seq)

蛋白质组学是质谱分析了
(1)蛋白质组数据处理、蛋白及其修饰鉴定
(2)构建蛋白质数据库、相关软件的开发和应用
(3)蛋白质结构功能预测
(4)蛋白质连锁图

代谢组学咱们都没怎么涉及
(1)代谢物指纹分析
(2)代谢轮廓分析

思维导图


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