Alpha多样性是指一个特定区域或生态系统内的多样性，是反映丰富度和均匀度的综合指标。Alpha多样性主要与两个因素有关：一是种类数目，即丰富度；二是多样性，群落中个体分配上的均匀性。群落丰富度（Community richness）指数主要包括Chao指数和Ace指数。群落多样性（Community diversity）指数，包括Shannon指数和Simpson指数。
群落丰富度指数
Chao指数：是用chao1 算法估计群落中含OTU 数目的指数，chao1 在生态学中常用来估计物种总数，由Chao (1984) 最早提出。
Ace指数：用来估计群落中含有OTU 数目的指数，是生态学中估计物种总数的常用指数之一，与Chao1的算法不同。
Chao和Ace越大，说明群落中含有的OTU数目越多，群落的丰富度越大。
群落多样性指数
Simpson指数：是生态学中常用的一个指数，它反映的是优势种在群落中的地位和作用，若一个群落中优势种占的多，其他非优势物种所占的比例则会减少，那么Simpson 指数值较大，这说明群落多样性较低，该指数与其他多样性指数均呈负相关。
Shannon指数：用来估算样品中微生物的多样性指数之一。它与Simpson 多样性指数均为常用的alpha 多样性的指数。Shannon值越大，说明群落多样性越高。
Coverage：是指各样品文库的覆盖率，其数值越高，样本中序列没有被测出的概率越低。该指数反映了测序结果是否代表样本的真实情况。
在评价样本的Alpha多样性时，既要考虑群落的丰富度，又要考虑群落的多样性！
