基因的变异是随机性的，这是达尔文进化学说中最容易惹起争议的地方。
达尔文主义者认为，生物适应环境是随机事件和随机过程（例如随机突变的随机固定，灾变事件中的“幸者生存”）产生的偶然结果，是纯机会的或纯偶然的。
随机变异能够导致进化吗？现存的生物包括人，都是因为基因随机变异而产生和存在的吗？
随机变异也称突变。从词义上看，突变就是基因突然的、没有征兆和原因的变化。
在达尔文的进化学说中，突变被视为物种进化的要素，即：不好的突变会经天择过程被淘汰，而对物种有利的突变则会被累积下去。表面看，这种说法没有问题，但如果细细推敲则疑点重重。
突变通常产生于DNA 复制或减数分裂重组过程中的自发性错误，或者是由于物理或化学试剂损伤DNA所致。最简单的突变是点突变，即一个单一碱基的改变。点突变可以是转换或颠换，转换指嘌呤与嘌呤之间、嘧啶与嘧啶之间的互换，而颠换指嘌呤与嘧啶的互换。
突变会影响基因的表现，会产生这样几种结果：失去功能、产物活性减弱、产物活性增强、功能改变。
根据突变选择学说，生物在繁衍后代的过程中，会产生各种各样的可遗传的变异，这些可遗传的变异为生物进化提供了原材料。
那么，将生物进化与基因随机性的变异联系起来的说法到底对不对？
随机变异，即基因没有方向的变化，好比一个被蒙上眼睛的人走路，危险不说，他能够到达想要去的地方吗？如果进化只是DNA序列碰巧形成某种排列，结果种种与环境相对应的生物结构和机能就都产生了，这是真的吗？
像视觉、听觉、嗅觉、思维系统等都是与特定环境相对应的生物组织结构，这些精密又复杂的结构能够通过随机变异形成吗？
随机的说法给人这样的感觉，所有生物，包括我们人类，是DNA分子通过无数次的巧合拼凑起来的。
有个西方动物学家说过这样一段话：很难相信，恰好的突变，能够满足动植物自身的需要。然而，达尔文理论甚至要求得更多：单一的动植物需要数千次的运气和适当的机遇才能造出。也就是说，奇迹必须成为普遍规律：可能性极小的事件会轻易发生。没有禁止白日做梦的法规，但这不应该属于科学，“巧合”成为无神论掩盖下的一种天意，人们还去崇拜这样的“科学”。
如何靠突变达成既定的目标，即与生存环境相契合，随机论不能给出合理的解释。
有关进化论的论争中最多的例子是关于眼睛这样复杂结构的形成。当年，眼睛的复杂程度令达尔文惊异，眼睛是如何进化出来的让达尔文感到困惑。
眼睛由眼睑、眼毛、眼膜、晶状体、视网膜等精细的结构组成，感光细胞将光刺激转化为电讯号并将它们传到脑部，视觉神经与脑神经相互配合，这样眼睛迅速和准确地反映外界的影像。眼睛不仅能分辨物体的形状，还能分辨不同的色彩，感觉物体间的距离，眼睛的成像能力是任何高级的照相机都无法企及的。按照自然选择理论就产生了这样的疑问，眼睛的各部分以及它与大脑的联系等怎么如此凑巧地同时进化到这样恰当的程度使眼睛发挥正常的功能呢？如果其中任何一部分配合稍差一点，眼睛的功能就会出现问题。
我们也看到，自然界不同动物眼睛结构是不一样的，鱼的眼睛、鸟的眼睛、昆虫的眼睛结构上有很大差别，哺乳动物眼睛的结构和功能也不完全相同，通过观察可以发现，动物眼睛的结构与它们的生存环境有关，那么，为什么每一种动物都进化出适合它们生存需要的视觉系统？这难道都是巧合？
视觉是一种复杂的物理及生理现象，不同波长的光线作用于眼的视网膜时引起大脑产生不同颜色称为视觉。视网膜上的感光细胞有两种：视杆细胞和视锥细胞，其中视锥细胞可以辨别颜色。锥细胞外节含有三种不同感光色素(红、绿、蓝)，通过吸收不同波长光线而产生色觉。这种精密的、与物理原理相符的结构能够通过随机变异形成吗？
一种生物功能的完善，同时需要其他部分进行相对应的调整，于是要求通过一系列变异来整合整个结构，以便与新的变化相契合。像眼睛这样精密复杂的功能结构，存在一定的时间发生所有相关组织变异的机会吗？是什么保证某种需要的变异就一定会发生？用突变和选择或许可以解释一个点的变化，但是无法解释连续的变化以及复杂器官及相关组织的转变。
把生物功能产生的途径说成是无数次巧合连续发生，接着是无数巧合同步发生，最终都到达既定的目标，这样的解释有说服力吗？
生命系统有两个特征，一是复杂，二是有序。即便是单细胞生物，虽然原始，却显示出任何人工制品所无法比拟的复杂和精巧。
我们来看某些低级的细菌。仔细观察就会发现，细菌身上有复杂的功能和形态的网络。细菌可以用多种多样的方式与其环境相互作用，它可以四处活动，攻击敌人，接近或逃避某些外部刺激，以一种有控制的方式交换物质。其体内的情况像是一个井井有条的大城市。负责进行大部分控制的是细胞核，核内包含遗传“密码”，就是使这些细菌得以进行繁殖的全套化学指令。控制并左右细菌的一切行为的化学结构是由多达上百万原子组成的分子。这上百万的原子是以复杂的、高度特殊的方式组合起来的。
生物体是如何被DNA指令和生物分子制造出来的？这个过程就像一家工厂的产品制造，要原材料和辅助材料，要有机器的加工，经过不同的车间和不同的工序。生物体的原材料有碳水化合物、脂肪、蛋白质和盐水，这些原材料通过机体的加工，变成核酸或氨基酸，然后根据DNA的指令，按一定的比例混合在一起。在细胞核内，通过一个基因一个基因的转录，一段DNA会转录成一种RNA，然后这个RNA通过翻译，进入细胞质里，把氨基酸组成多肽或蛋白质，一部分多肽组成结构蛋白质。大部分多肽一般是作为酶，酶就像组装机器一样，可以分解、建造和组合碳水化合物，脂类和蛋白质。实际上，细胞内的分子运作远比我们所知最复杂的产品制造工艺复杂，其中有许多我们至今还不太清楚的东西。
生命的成长是一个严谨有序的过程。看一下人体的发育过程，人体的发育始于一个受精卵。受精卵经历大约50次细胞分裂，产生出大约10的5次方那么多细胞，形成一个新生儿。同时，一个小小的受精卵，分化出成体所拥有的大约260个细胞类型——肝细胞、神经细胞、血红细胞、肌细胞，等等。控制发育的遗传指令存在于每个细胞核的DNA里面，这一遗传系统大约包含着10万个不同的基因，每个基因都含有合成一种不同蛋白质所需的密码。令人称奇的是，所有类型的细胞的基因组几乎都是完全相同的。细胞各不相同，是因为不同的层次基因在起作用，造出各种各样的酶和蛋白质。血红蛋白有血红细胞，肌细胞含有大量组成肌肉纤维的肌纤维和肌浆球蛋白，等等。个体发生学的神奇在于，基因、它们的RNA和蛋白产物构成一个复杂系统，以不可思议的精确度彼此关闭、打开。
那么，生物系统的复杂性和组织性是如何形成的，如果变异不受控制的发生，如何去保证这套系统完整功能的实现。
所谓“突变”，就是遗传基因不可控的改变，这样的变化可以产生对生存和繁殖的改变。“突变”具有无序的、不定向等特点。
在传统进化论中，生物的基因基本上是稳定的，但会发生偶然性变异或突变，从而产生与上一代个体有差异的个体，并且这种特性有可能传递到下一代，经过自然的筛选，有益的变异代代累积，突变由此成为生物进化的基础。
可是，如果发生随机性的变异，产生有益变异的可能性有多大，有益的和有害的变异之间的比例是多少，从来没有人给出确定的数据。如果变异完全没有方向，那么绝大多数的变异不可能是有益的或积极的，而中性的、有害的、甚至是致命的必定占大多数。
有一大堆突变，合适的、不合适的、不好不坏的，如何选，选择依据是什么。如果完全随机，就难以保证变异向有利的方向发展，相反的，绝对多数变异是有害的，有害也就会对体系产生损害。
退一步说，就算一个个体产生了某种有利变异，但如何能保证更多的有害的变异不会同时发生，以及有害变异在它的后代身上发生，在有害变异大概率存在情况下有益的变异如何得到传续，如何靠随机变异的不断累积来形成一个复杂有序的系统。
我们知道一个基因的核心是由几百到几千个碱基排列而成，四种不同的碱基按照一定规则排列，不同的排列顺序形成了非常复杂精密的遗传密码。差错造成的突变一般是单个碱基的变化，突变并不是什么好事情，这种变化造成的结果往往是各种缺陷、畸形、致死。
从遗传角度讲，突变的后果几乎都是有害的，引起基因突变的都是一些射线、紫外线、生物代谢产生的有害物质、苯类有机物等杂乱无章的、无规律的环境因子，突变是众多生理紊乱症状的罪魁祸首，突变后的个体往往不能在自然界生存。突变的结构大多数是有害的，有益的变异会被这些有害变异淹没，几乎就不存在所谓进化的机会，进化如何能建立在这样的基础之上。
自然选择学说从种群的角度来解释变异在生物进化中的作用。种群是有许多个体组成的，每个个体的每一个细胞中都有成千上万个基因，这样，每一代就会产生大量的突变，这些突变中有少量有益变异，在自然选择作用下，这样有益变异在群体中保留并扩散，从而推动物种的进化。
随机突变的积累的漫长过程中，由于有益突变几率很低，有害突变占的比例很大，需要牺牲一大批的“残次品”，这使得物种要付出很大的代价。我们知道，高级物种的繁殖力是有限的，过高的淘汰率是物种不能承受的。所以，若某种生物以随机无序的变异来适应环境的话，恐怕这个种群还来不及进化都已经全部当牺牲品了。
当年，达尔文也找不到一个合理的遗传机理来解释自然选择。当时的生物学界普遍相信所谓“融合遗传”：父方和母方的性状融合在一起遗传给子代。这似乎是很显然的，白人和黑人结婚生的子女的肤色总是介于黑白之间。有人就指出：一个优良的变异会很快地被众多劣等的变异融合、稀释掉，而无法像自然选择学说所说的那样在后代保存、扩散开来，就像一个白人到一个非洲黑人部落结婚生子，几代以后他的后代就会完全变成了黑人。达尔文虽然从动植物培养中知道一个优良的性状是可以被保留下来的，但是他没有一套合理的遗传理论来反驳。达尔文被迫做出让步，承认用进废退的拉马克主义也是成立的，可以用来补充自然选择学说。
随机性变异的观点，其他进化学派喜欢拿它当靶子，宗教支持者爱拿它当作进化论的小辫子，达尔文主义者也最不喜欢与别人讨论有关变异的概率问题。
一个复杂而稳定的结构及系统，如基因、细胞、器官、乃至物种，是经过了自然对随机变异的筛选还是在某种机制引领下进化而来。
在自然选择学说里，突变是基因的独立行为，完全与环境因素无关。
数学家们提出，从数学理论的角度出发，随机变异的说法是说不通的。由随机性变异导致进化的说法要使人相信：地球上所以有生命，是因为有一长串顺序而不大可能发生的事情刚巧在适当的时候发生，结果生命就进化了。
选择好像抽奖，但是，一度“中彩”或数度幸运降临，并不能创造出（或产生出）一个复杂的适应。一个复杂的适应结构或适应的机能需要无数相关的遗传变异的积累，而无数次连续“中彩”的机会几乎等于零。地球上所有生命，是因为“有一长串顺序而不大可能发生的事情刚巧在适当的时候发生，我们仿佛连续一百万次中了百万元彩票一样，结果我们就出现了”。
如果是随机变异，那就是有无限的可能性，那么会不会出现拥有长生不老基因的人，或突变成一个百毒不侵的人，但实际上是没有。人类也包括其他动物，都是经过世世代代的筛选，但该生病还一样生病，该死还是要死，从来没有出现过非常特殊表现的个体。基因的变异，只是在一定的范围内在进行，或者说遵循着某种规则。
因此，认为DNA序列产生的变化都是随意的，现存的千百万种复杂和健全的生命形式是从千百万次赌博式的成功中产生，确实叫人难以相信。
可能有人会说，遗传学的研究可以证明变异是随机发生的。其实，遗传学研究大多是实验性研究，主要研究遗传规律，而并没有涉及到遗传变异的内在机理。影响变异的因素非常复杂，同时不同因素的影响程度也难以判别，这样，就造成了变异是不受控制、随机发生的假象。总之，人类对遗传机理的认知还处于一种浅层次的阶段，此时得出的结论难言可靠。
到目前为止，没有一个数学模型能够支持生物随机式进化的说法、也没有人能举出某个物种是另一个低等生物"通过一连串微小的有益突变"而产生。
生物组织的进化需要相关组成的配合，各个组成部分必须相互协调一致才可实现生物功能。对于像眼睛这样的复杂结构，它在形成过程中需要产生多少突变，而且需要有利的定向的改变不断积累，期间还不能有有害突变对已建立系统的损害。如果每一种高等生物都是由低等生物逐渐进化而来的，每一个大的进化都是由无数小的变异积累而来，这无疑对自然选择有非常苛刻的要求，即要对最微小的变异进行选择。
生物进化是通过细微变化的积累而实现的，在这样细微的变化过程中，系统的其他部分也同时产生相应变化。突变是跳跃式的明显的变化，这样突然的变化不能获得其他的响应和配合，所以往往是病态的表现，而非优势。
被动地接受环境的选择，而没有生物体与环境的相互关系机制，或者生物组织主动应对环境的机制，没有方向性的随机性变异，形成复杂的生物结构是难以想象的。因此，物种靠随机突变的积累获得一个全新的、具有特定适应性意义的性状的几率估计比猴子在打字机上打出一段有意义的文章的几率大不到哪里去。从杂乱无章的有机物自然构成有高度复杂、高度严整结构的原始生命的概率几乎是零。
达尔文的进化论无法解释一致性持续突变及相关的进化速率问题。一些学者从几率出发，计算有益变异发生的概率，发现小得惊人，在数学层次上由突变导致进化是不可能的。如何通过随机变异创造出一个复杂的系统，而又要在这个过程中不产生错误，保证这个系统不至于崩溃，这是自然选择理论要面对的问题。
尽管达尔文主义者不断对其理论进行修补和完善，但在一些关键问题上不能给出有说服力的解释。生物体新结构、新器官的形成等比较复杂的问题，单纯用突变、基因重组、选择和隔离的理论是不能完全解释的。如果离开了生活方式的改变，离开了习性与机制变异的连续作用，离开了与其他器官的相互影响，很难做出令人信服的回答。
随着人类在生物分子层面上研究的深入，像DNA、蛋白质这些分子，生物在解剖层次、细胞层次和分子层次上均有令人惊异的复杂结构特征。
如果达尔文活在今天，当他了解到细胞的复杂结构和运转方式，他应该会重新考虑生物的进化机制。
生命物质极其复杂，仅仅一个细胞的工作就需要多种蛋白成分加上不同的酶的配合，一个细胞的形成有上千个化学反应，上千的酶参与这些化学反应，一个完整的生命由数以亿计的细胞和上千种蛋白质组成，它们之间的连接和配合需要极高的精确度。
所有有生命的动植物细胞核中遗传物质皆万篇一律地严格地以A、G、T、C四种核苷酸序列组成，以后的千万种生命也就通过这个序列排列的变化产生出来，这是令人惊讶称奇的事。
DNA代码好比是精妙绝伦的超级复杂逻辑功能块，是一种结构性、协调性、关联性的逻辑复杂。按照随机进化方式的说法，好比你不仅要乱打字随机无序地偶然写出一篇较有思考层次的文章，同时你需要随机无序地偶然拼出一台电脑和网络，进而随机无序地偶然地建一个网站，进而发表了你的文章。
最简单的生物蛋白质至少须有四百个氨基酸，而各种蛋白质的氨基酸均有其特定的排列顺序。另外，蛋白质及DNA等生命所需物质必须同时存在，才能运行、蛋白质的合成，必须要先有DNA；而DNA的合成，必须先有各种相应的酶，缺一不可，这种连环运作，更进一步排除了生命靠巧合成功的可能性．
达尔文进化学说试图用基因的随机突变来解释进化，而随机、无序的突变是不能产生逻辑功能块的。windows 系统的代码突变只会让系统逐渐变慢、死机、直至最后系统崩溃，而绝不会产生新的功能，因为新逻辑功能不仅自身要涉及亿万代码的改变，而且还要与其他逻辑功能相匹配，随机、无序的含义就是小孩蒙着眼睛乱敲键盘来改代码，并且系统将通过变慢、死机、重启、直至最后系统崩溃来纠正这个代码突变，这就是DNA 的随机突变后的自我纠正功能。
生物演化应该遵循一定的内在规律。生物分子是不同物质组分的集合体，变异需要不同分子之间的联动，形成一种与环境相对应的、稳定的结构，组建的过程是在严格的生化规律下进行的。
导致生物性状产生的变异是微变异，一种明显的改变是通过无数细微改变累积而成的，这些无数的微变异必定需要有一致的方向，否则进化就无法实现，而明显的性状变化通常是病态。
进化的无方向性，使得进化并不必然导致复杂生物结构和性状的出现，也不能保证生物朝着更加适应环境的方向进行进化。
偶然变异无论多么微小，都意味着大量物理化学微小原因的作用。因此，偶然变异的积累就必定要求几乎无数种无限小的原因共同发挥作用。这些原因完全是偶然的，处在时空的不同点上，它们何以会以同样的次序重现同样的东西呢？
就眼睛、大脑等复杂的生物结构的形成来说，谁在给它们指引进化的方向，又为什么总会朝着正确方向，而不是错误的方向变化。
生物的现实存在状态也表明，生物结构处于一种非常稳定的状态，如果不是受到辐射、化学因素等的影响，影响生物性状的变异并不会轻易发生。即使环境中有有害因素存在，生物也有一定的修复能力。
生物体内的生化机制表明，物种并未放任变异，它们时刻都在努力减少DNA复制过程中的错误以维护遗传的稳定性，这是因为生物界普遍存在着DNA的修复机制。
达尔文的进化论排斥了目的论，因为他主张变异是随机的，他用比上帝一点也不逊色的“自然”一词来解释其所精心构建的进化理论的核心。但是，达尔文其实颇为无奈，他感叹道“这广阔无垠、奇妙无比的宇宙……竟然是盲目的机遇或必然的产物感到非常难于甚至无法理解”，依此可窥见达尔文内心之矛盾或疑惑。
如此复杂的生物分子结构和组织，要相信是靠偶然的变异几率事件不断选择来向前发展并形成的话，信这个与信上帝相差不了多少。
经典的遗传学将变异视为盲目的、随机的，而现代遗传学发现，供自然选择作用的变异是经过生物分子系统加工和组装过的，是经过挑选、摒弃、拼接、剪辑过的变异。
生命的演化是一个复杂的系统工程，生命只可能是一个在有序机制引导下形成的形态，通过引导来完成这个系统中数亿代码的累积，以及这些代码所表达系统之间的配合。如果靠的是随机突变累积和物竞天择，根本是无知的梦话。
地球上现在已知的生物有一百多万种，还有很多未知的生物。每一种生物都是一件精美的艺术品，它们经过自然的精心雕琢，比任何一件人工作品都要伟大。
生物进化没有分子层面上的“内在因”，生物分子的变化与环境因素之间没有关联？
如果没有某种机制的引领，仅仅胡乱涂鸦，你相信能够创造出伟大的作品吗。
随机进化理论可以称为涂鸦理论。
其实，所谓随机，只是我们对更深层次的变化因素还不了解罢了，称作“不明原因的变异”更合理。过去人们说：“天有不测风云”，认为未来的天气是不可测的。但到了现在，人类有了气象卫星，有了云图，这样，什么时候有台风、有寒潮，哪里下大雨、下小雨，哪里会发生雾霾，都能够做出比较准确的预报。同样，基因的变异不是没有规律，而是咱们人类还不够聪明，没有能力预测，而不是真的不可预测。
“突变”是遗传学家爱用的词，遗传学家主要研究遗传规律，他们热衷于研究突变的遗传与不遗传。其实，在遗传学的意义上，有些突变不应该被称为突变，遗传所导致的性状改变大多数情况是由隐性基因导致的，这些性状只是很少被表现出来，它们并不是什么新的性状。很长一段时间里，人们将突变与进化联系起来，实际上是受对“突变”误解的影响。
生物性状的变化必定受到某种机制的引领，这种机制保证生物分子产生与环境相适应的变异。生物变化比有机物变化更加复杂，这是一种在更弱极性下的变化，决定变化的因素更细微和复杂，这些因素不仅影响机体结构的变化、甚至影响心理及思维的形成。
所以，用随机变异解释进化是行不通的，有些人为了避免相信上帝直接的创造，就宁信类似的荒诞的事。
用“偶然性”来解释进化，不是一种严谨的科学手段，这是一种自欺欺人的无奈之举。排除生命演化的内在规律性，科学视野变的狭隘起来，“随机进化”为其后的探索设置了障碍，影响了人对于进化真实原因的探索。
生物构造的美妙和精密，大自然多姿多彩的生命形态，证明生命的形成和进化不可能通过无数的巧合来实现。因此如果认为生物进化不需要任何机制的引领，完全就是一种想当然。如果进化是事实，在分子层面上必须存在一个有序的机制。生命是自然规律或法则的产物，我们应该以此为出发点去追究。
随机性变异是达尔文进化学说致命的弱点，什么神创论、特创论就爱拿它说事。什么逻辑上不通、不能解释生物结构的复杂性等等，这些让达尔文主义者很尴尬很头痛。
万物进化以毫无目的、也没有机制引领、很随机、极偶然地进化或天择渐变成各种生物，然后适者生存下去，不适者被淘汰，这是一套纯机械唯物主义的进化论。
现今的进化论者虽然尚未完全放弃突变说，但已承认突变在进化中的作用微不足道，而且承认绝大多数的突变（99.9%以上）都是有害，当然不能促成进化。在这一点上，现今的进化论者较其前辈有进步。
生物学领域几乎每年都在发现新的机制，新的分子，新的调控，探索真理的路任重道远，还需要披荆斩棘，拨开迷雾。
