生信入门(软件/技巧)概览

序言

仔细思考一下自己近几年来所使用过的软件,真的感受到了某些软件对处理数据的效率提升,是十分显著的。然后每每跟别人安利这个那个软件总是很费口舌,然后大多数时候别人也不可能听一遍就会了,所以说还是通过一篇文章来总结一下,可以节省超级多时间的一个入门软件的概览好了~~

软件/技巧目录

  • tmux 永远不断线的terminal
  • htop 丰富的监控软件
  • jupyter lab 强大的交互python终端
  • snipaste 便签纸体验的截图工具
  • ranger 终端界面的文件浏览器
  • zsh 高效、流畅的终端

tmux

如果是一个拥有服务器的生信人员的话,那么使用远程的服务器肯定是日常的一环,毕竟现在流行的轻便的工作站、笔记本,然后把大部分的钱花在一台比较好的服务器上,因为基因组数据的日益增大,服务器的储存空间也可以远远超过个人的笔记本。
所以这里介绍一个软件tmux,tmux是一个分屏工具,但是对我来说,其最重要的作用是

保持连接

由于tmux属于一个在终端/服务器层面上的图形界面软件,所以即使你因为网络波动、停电、win10更新、改变工作地点等等的原因导致你连接的服务器的终端被关闭,也不用担心自己的terminal会被关闭。

可以用一句话来说,在tmux下打开的每一个终端都相当于运行在了后台,你能看到的它的原因。仅仅是因为tmux捕获了这个运行在了后台的程序,并通过它,把你的输入传递给它,把它的输出可视化到了挡墙屏幕上。

tmux真实例子

htop

在使用服务器时,我们都会被告知存在一个叫top的工具,可以观察当前服务器运行的任务以及当前服务器的状态,但是top的界面真的就十分的简单和粗糙。像极了上个世纪DOS界面的产物。

后来我发现了htop,作为top的升级版,一来继承了top的特点,又添加了很多语法高亮以及丰富的功能。所以也成为了进行监控服务时候的首选吧。
甚至可以看到别人所输入的命令,从而可以借鉴别人的代码或者直观的看到别人所使用的线程数。

htop 例子

jupyter lab

由于我绝大部分时间使用的语言都是python,所以一个好的python交互界面绝对可以大大节省我的时间。例如可以保存之前的输出结果。可以自动补全历史命令。可以内嵌绘图结果。可以自动补全module、命令等。

jupyterlab作为一个Notebook的升级版,一方面内嵌了notebook的所有功能,另外一方面也增加了诸如文件管理器、终端以及众多的插件支持的部分。所以使用这个东西也成为了我的日常,一旦涉及到了需要进行交互式绘图的环节,使用notebook也成为必备的过程。

如何使用在远程服务器上使用jupyterlab?
在远程的服务器上工作最痛苦的一点就是交互。所以每一个便捷高效的软件都在竭尽全力的使得用户更加高效、流畅的毫无障碍的在远程和本地使用该软件。
jupyterLab就做得很好,因为它本身就是基于网页的,所以对此没有什么问题。
主要的过程就是通过ssh远程访问服务器上打开的jupyterLab
ssh -N -f -L localhost:8888:localhost:8889 remote_user@remote_host
需要注意的是,这里的localhost:8888localhost:8889的差异,千万不要死记硬背,而是通过理解去记忆它才能在之后灵活的使用不同的参数。
前者指的是本地的8888端口,而后者指的是,当你登录到remote_user@remote_host时,所使用的的端口8889,所以一旦你需要进行多次跳转时,就一定要牢记这一点。

jupyterLab

snipaste

这个也是少有的在微软商店发现的好用的软件,虽然是微软商店上的项目,但是似乎mac上也有兼容的版本。所以需要的话大家可以自己找一找。

截图工具之前一直使用的都是qq,真是跟网友们讲的一样了,我唯一还是用qq的原因是因为要用来截图。所以后来我找了很多截图工具,这个snipaste最让我喜欢的一个功能是贴到屏幕上,就像便签纸一样

便签纸的功能可以做什么呢?
就像excel中的首行冻结一样,可以把别的地方的信息部分截取,然后方便的挪动到另外一个地方来进行对比,毕竟很多时候切换来切换去就会花很多的时间。不如直接把一边的信息截图,然后在另外一边照抄一遍。

便签纸 功能演示

ranger

这个ranger我之前应该也有推荐过,这里就贴个图就好了。
灵活的服务器文件管理器-ranger

ranger 例子

** oh-my-zsh
zsh绝对是所有终端中最为定制化的一个,但是由于它复杂的定制化,所以大部分人就会望而却步。还好github上的活雷锋们没有放弃这一个终端,提供了一个帮助定制化zsh的项目。

通过 oh-my-zsh就可以方便使用zsh的诸如 自动补全历史命令,记录历史地址的功能

自动补全历史命令
这说是一个很简单的功能,但是也真的节省了大量的时间,不然每次都得重新的输入history | grep blabla就会十分的奔溃。。。

其它高效的软件推荐

  • pycharm 终极的python IDE
  • Filezila 方便的文件传输管理器
  • MobaXterm功能强大且用户友好免费的 SSH终端
  • Zotero 强大的文献管理工具
  • 滴答清单 个人日历任务管理软件

结尾

简单总结一下,希望大家可以更为高效的处理数据吧,最能提高效率的还是自己个人操纵数据的技术的上升呀~~

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 202,905评论 5 476
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 85,140评论 2 379
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 149,791评论 0 335
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 54,483评论 1 273
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 63,476评论 5 364
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 48,516评论 1 281
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 37,905评论 3 395
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 36,560评论 0 256
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 40,778评论 1 296
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 35,557评论 2 319
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 37,635评论 1 329
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 33,338评论 4 318
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 38,925评论 3 307
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 29,898评论 0 19
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 31,142评论 1 259
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 42,818评论 2 349
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 42,347评论 2 342

推荐阅读更多精彩内容

  • 转载自酷安 @breathiness #电脑玩家# #电脑好软# #学习使我快乐# 电脑好软推荐——Linux 篇...
    失落无意义阅读 5,655评论 0 50
  • tmux可以干什么 ssh远程到服务器后,执行一个费时的操作,断开ssh后任务可以继续执行,不会中断 ssh到远程...
    比轩阅读 14,271评论 2 61
  • 重回ubuntu,这次可以更主动,更成熟的享受全栈linux的工作状态,用了一段时间来折腾这几个软件,小有所成,提...
    专拍到此一游阅读 3,787评论 5 20
  • 引子 SSH连接是我们与服务器交互的主要手段,每个程序员每天都会用到,就像喝白开水一样普通。就是这样一个简单而又高...
    bluexiii阅读 12,444评论 0 8
  • Zsh默认不兼容Bash,不过Zsh实现中包含了一个屌炸天的仿真模式(emulation mode)支持对两种主流...
    帝龙至尊阅读 12,449评论 0 1