为了加强皇权，刘秀一方面削弱三公权力，另一方面则扩大上述台的权利。刘秀把原来掌控公文发放的简单机构扩大设置各种官吏并加强职权，使之成为皇帝的决策机构和发号施令的中枢机关。三公的职位虽高都徒有虚名，并无实权，权力集中于尚书台，尚书台则直接听命于皇帝，皇权得到加强 。
东汉初年，刘秀恢复了西汉时成设置的三套监察机构，而且有了进一步的发展。御史，台东，汉时有意识，忠诚主管御史台 ，掌监察 其下又设治书侍御史 二人，侍御史15人 ，专事察举官吏违法 ，接受公卿郡吏奏事。玉石城的权力仅次于尚书令 。心累校尉于京师附近设司隶校尉，主管察举中央百官犯法者，并令一州，权利很大，司隶校尉参与议论朝政是位在九卿之上。公卿朝见皇帝时，上述令御史中丞，司隶校尉会同并专席而坐，号曰三独坐。州刺史，东韩寨司隶校尉，辖区之外分全国为13州，每周设41人，每年8月巡视所属郡国，并将考察结果于年终奏于皇帝 。
东汉建立不久，刘秀就废除了执掌地方兵权的俊国都为以后又把轻车、骑士、材官、楼船士及军假吏，实际上取消了地方军队，还取消了每年一度的都市试制度。
在修剪地方兵力的同时，刘秀逐步扩大中央军队，主要有四支 :首都两只支，即南军北军，南军掌守卫宫殿和侍从，北军宿卫京师 。地方两支:一只驻黎阳 （今河南浚县东 ），所谓黄河以北，以为首都洛阳北面之营帐障；一支驻雍（今陕西凤翔南 ），以守卫三辅，为首都洛阳西边之屏障 。东汉一代地方军队数量不多 与豪强地主田庄之内的部曲加冰至有关，这种地方上封建田庄的部曲家兵承担着镇压农民，维护地方治安的某种智能 。
