有粉丝问道:“导师让自己找一个基因进行开题,但是不知道怎么样找?”现在我们根据一篇范文的思路进行分析,看看这篇范文是如何找到一个基因进行后续分析的。这篇文章发表在PeerJ上,该期刊影响因子:2.379,中科院分区:3区,一个对纯生信数据挖掘比较友好的OA期刊。参考范文来源:PMID: 33312770。
寻找值得研究的基因分析步骤:
1、根据研究方向,打开GEO数据库搜索关键词,然后找到3套数据,然后使用GEO2R这个工具进行差异分析,分别下载得到的差异基因,然后取三套数据得到差异基因的交集,一共得到37个差异基因
2、在这37个差异基因中,通过查找文献发现显著性比较高的DLGAP5在所在研究方向基本上没有什么人研究,于是作者将该基因作为候选基因进入后续的分析
按照上面的操作步骤暂时选到了一个基因,但是这些分析还是不够的,还需要进一步进行验证
3、分析DLGAP5的蛋白表达水平,发现也是上调的
4、下载TCGA数据库的数据进行分析DLGAP5的表达水平,同样得到验证
5、分析DLGAP5是否具有预后价值,发现DLGAP5是有预后价值的
上面就是根据纯数据挖掘的方法选到了这样的一个基因,开题的前期工作就完成了。当然有条件的同学可以收集临床样本进行测定这个的基因表达量,得到多一重的验证,这样会更可靠一些,后续可以开展研究这个基因对UCEC增殖和转移的作用以及其作用机制。