1.首先在Ensemblefungi获取该物种整个基因组的gff注释文件(或gtf注释文件,有谁就下载谁)
2.指定基因id的获取
可以用表格形式打开gff文件,一般指定基因的id命名如下:其实就是你目标基因前面还有一些信息需要被补上,TBtools才能识别。最后整理一下的基因id,如后图。
3.直接利用TBtools的以下功能,只需要在蓝色标记的地方读入gff文件,和基因id文件,点击start即可。结果如后图。
4.到这里小伙伴们是不是觉得空空的柱形图不怎么好看,所以我看了大佬得到基因密度提取(https://www.jianshu.com/p/801807865864),再把相应的文件读入(蓝色标记处),就得到了一张好看的图。
后记:本人今天看了各位大佬的介绍第一次做成功,希望可以帮到小白。(特别感谢各位大佬的分享的解析,入行半年,从R语言开始,导师仅仅提供大的方向,很多技术手段我均从各位大大那里获取,感谢你们一步步成就我。)