2024-08-26

导读:

Nature同款、高颜值富集分析结果条形图,将富集名字标注在条形上,并在条形的下面添加一行基因名。既能节省空间,又能展示更多维度的信息。

Nature文章《CHIT1-positive microglia drive motor neuron ageing in the primate

spinal cord》中的富集结果条形图。该图展示了猴脊髓单核测序结果中,小胶质细胞2(microglia 2)和小胶质细胞3(microglia 3)的top50 marker基因的GO富集分析结果。X轴表示-log10(p),Y轴表示富集条目,蓝色表示小胶质细胞2的富集结果,红色表示小胶质细胞3的富集结果。条形的长度对应-log10(p)。此图创新性地在条形的下面展示了每个条目中包含的基因。颜色,布局,创意等,都值得我们学习和借鉴。

用简单的图,直观地展示结果,让读者一眼就能看出作者要表达的意思,大道至简。

1打开作图URL

https://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_go_kegg_enrichment_hbar_with_genes_250

2,示例数据

点击图片上方的示例数据,下载,并使用excel打开。

示例数据是常规的富集分析结果,包括4列:

第1列:分组,表示富集结果的来源。例如BP/CC/MF/KEGG,或者不同的比较,不同的细胞群等

第2列:term名。如果名字过长,会影响图片美观度,此时建议简写或者缩写

第3列:pvalue,或者FDR,p.adj等,不能为0

第4列:/分割的基因。结果图中替换成了逗号分割

3,输入检查

注意:输入数据应当根据第1列分组,分块按照p值从小到大排序后,再作图。例如BP的放一块,CC的放一块。不要BP中间插个CC。

示例数据:点击输入框下面的“示例”按钮,将载入示例数据。

真实数据:数据放在excel中,调整好后,Ctrl+A选中数据,Ctrl+C拷贝,Ctrl+V粘贴数据到输入框中。

然后使用输入框下面的“输入检查”按钮先对输入数据进行检查。若检查不通过,请根据检查提示重复【修改-输入检查】步骤,直到检查通过(如下图所示),然后可以继续选择参数。

注:输入检查是新加功能,它会根据不同模块的输入要求,逐行逐列检查输入数据,并给出提示,确保数据符合模块要求。

4,选择参数

图片大小:图片宽度,图片高度

条形高度:水平颜色条的高度

X轴刻度字体大小:控制X轴上数字刻度的字体

轴说明文字字体大小:控制X轴-log10(p)和Y轴不同分组的字体

Term文字字体大小:控制颜色条上标注的Term的文字字体

条形下方基因字体大小:控制条形下面基因名的字体,默认为斜体

颜色:设置了6种颜色(最多可以绘制6组富集结果),按照数据中第一列的顺序指定颜色。颜色覆盖了条形的颜色,基因名的颜色,以及Y轴组名的颜色。

是否在条形下方添加基因选项:选择添加则如例图所示,选择不添加则仅显示条形,不显示基因名。

字体:设置了期刊杂志中最常用的两种:Times New Roman和Arial。如需使用其他字体,可以使用acrobat illustrator编辑生成的pdf或者svg图片

5,提交出图

检查通过,并且参数选好后,点击“提交”按钮,约3s后,会在页面上呈现富集结果图片。我们提供了pdf、svg两种矢量图,png、tiff两种标量图供大家下载使用。可以使用acrobat illustrator等软件编辑矢量图,进行组图,调整字体等操作,以满足论文要求。

不带基因名的示例如下

提示:在实际绘图中,需要根据富集条目的多少,调整图片的高度,条形的高度,以及term文字字体大小,基因名字体大小等,避免基因名和条形重叠、挤压,以获得更加完美的结果图片。

微生信助力高分文章,用户200000+,谷歌学术3800

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 194,457评论 5 459
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 81,837评论 2 371
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 141,696评论 0 319
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 52,183评论 1 263
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 61,057评论 4 355
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 46,105评论 1 272
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 36,520评论 3 381
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 35,211评论 0 253
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 39,482评论 1 290
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 34,574评论 2 309
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 36,353评论 1 326
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 32,213评论 3 312
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 37,576评论 3 298
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 28,897评论 0 17
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 30,174评论 1 250
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 41,489评论 2 341
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 40,683评论 2 335

推荐阅读更多精彩内容

  • 收获 1形象是加分项,不管在家还是在哪,时刻注意自己的形象 2事情发生了时不可怕,面对它,在想它能带给我什么启发,...
    W钰涵阅读 35评论 0 0
  • 《金字塔原理》是芭芭拉·明托提出的一种能清晰地展现思路的有效方法,无论是写作、演讲还是日常的沟通交流,清晰的逻辑结...
    渐小影阅读 33评论 0 0
  • 数字化设备管理系统,如何做好特种设备的点检维修和保养? 特种生产设备的稳定高效的运行是保障产能、提升品质、降低成本...
    合肥升谷物联阅读 30评论 0 0
  • 紫曦天弘《疯了吧!要我帝朝太子做舔狗?》完结版免费阅读_疯了吧!要我帝朝太子做舔狗?全文免费阅读_紫曦天弘《疯了吧...
    b4dd54aff15e阅读 25评论 0 0
  • 坚定文化自信,筑牢理想信念 文化自信是一个民族、一个国家、一个政党对自身文...
    这回该你了阅读 25评论 0 0