影片开始展现在观众面前的是：一个五岁的小男孩吉顺和他的姐姐坚伊，在大自然中品尝着快乐！吉顺与大自然的动物和植物和谐相处，狂奔、嬉戏，看起来如此快乐。可姐姐在树下静坐，她告诉吉顺：正在听大自然的声音；你听，风多么柔和，就像你的手，他们有翅膀可以飞去我妈妈；海上有很多小鸟，妈妈一定在微风吹佛的地方。
在这里，让我感觉到这姐弟二人在寻找妈妈。同时姐姐不断给弟弟找到妈妈的信心，让弟弟尽情享受童年的快乐。可姐姐内心是清凉的。她的眼睛是瞎的，是由于一场大火导致的，同时在这场大火中也失去了亲爱的妈妈。
在姐弟俩寻找妈妈的途中，经历了很多艰险，在路途中偶遇两个出家人同行，其实在未遇到出家人之前，与两姐弟同行的还有一只通人性的小白狗。小白狗在看到出家人跌倒后有食物时，就把食物用嘴巴叼回给姐弟俩。可是在叼回的途中，也遇到其它动物的追赶，但是小白狗死死护着，直到见到姐弟俩。当小白狗与姐弟俩团圆时，食物挂在了树枝上。小吉顺为了取得食物，爬上树却面临掉在水里的危险，正在呼救时，两位出家人出现了。出家人也认出了这个食物袋，并且救回了小吉顺，带上了姐弟与小白狗一同上路了。
可是在与两位出家人同行寻找妈妈的路途中，仍然经历了被人欺凌而更加思念妈妈。
在寺庙里，小吉顺的顽童形象让主持师父也欣赏，他用歌声道出对妈妈的思念：“当妈妈来到小岛的时候，一定来这儿拾贝克，小孩子一个人哭着入睡，他自己一个人待在家里，一直听着海浪声，然后入睡，甜甜地睡去。”
当被别人欺辱时，看到别人的妈妈护着自己的孩子，小吉顺就冥想是自己的妈妈在护佑着自己。但是内心极度失落，奔跑在山里呼唤着妈妈。
当姐姐坚伊告诉小吉顺：佛祖是天眼是灵魂之眼，可以找到妈妈时。小吉顺找到出家师父，要学到有天眼有灵魂之眼。这里让我看到一个小孩对妈妈的思念，如此强烈，而妈妈的形象在孩子身上也显得如此伟大。
于是小吉顺选择了跟师父求学。在道别姐姐和小白狗后，与师父上路到另一个地方去求学。在求学的路途中，经历的点点滴滴都告诉远在异地的姐姐坚伊，一路与师父同行，与动物为伍，可动物见到他就躲开，让他失望地说出：我只想和它玩玩。如此孤独的小生命，小吉顺把他赋予大自然。
在求学的过程中，师父的精进，让小吉顺显得更加孤独，他用：“白云飘走了，我想它觉得很没意思，佛主一定会给它温暖的。我把今天的树叶留下做一艘船，我躺在妈妈的身边却仍然想看它，我猜它一定还在池塘中漂流，在那蓝色的月亮和白云之间轻轻地游荡。”这段话道出了小吉顺无时无刻不在思念妈妈。
当师父觉察到小吉顺这种状态时，与他一起玩滑雪游戏，让他快乐，共度美好时光。
当面临寺庙要筹备冬天的生活时，师父告诉小吉顺，让他自己在寺庙里待着，等着师父回来，害怕时就念观世音菩萨。而小吉顺把观世音菩萨当作妈妈，在等师父返回的艰难日子里，他把寺庙打扮得干净、整洁、清新。他用智慧堆了好多雪人，把自己最好的一面留给了世人。自己躺在观世音菩萨旁，向师父忏悔：我给你添了这么多麻烦……慢慢睡去，在睡梦中见到了妈妈，并且告诉坚伊：在我饿的时候给我东西吃，在我冷的时候给我温暖，还和我玩游戏……
影片最后用这样一段话：“这个孩子是天堂的使者，他用他那纯洁的心来呼唤我，用专注的眼神看着我，这个孩子的诚意会让整个世界变得光明，那么让我们在梦里见到妈妈”。作为结束语。小吉顺用他的一颗童心，用他的智慧，在找寻妈妈的过程中，诠释了人间的真爱。
后人为了纪念让这个五岁男孩的灵魂能够上天堂，在马山的这个偏僻的寺院重建以后取名为五岁庵。
