在单细胞的研究中,经常需要做的就是聚类。在聚类的时候,对于聚出多少个cluster,一个相关的参数是resolution,当数值小的时候,cluster少,数值大的时候,cluster多。当我们想看到随着resolution变化,cluster变化的过程,可以考虑用clustree这个R包可视化。
(为单细胞分析聚类可视化只是其中的一个功能,其tutorial如下:https://cran.r-project.org/web/packages/clustree/vignettes/clustree.html)
# === 以上省略Seurat包进行单细胞分析的过程====
library(clustree)
test <- FindClusters(FrontalCortex_counts, resolution = seq(0.1, 2, 0.5))
clus.tree.out <- clustree(test)
pdf(file = "test.pdf", width = 15, height = 10)
print(clus.tree.out)
dev.off()
可以得到:
可以看到哪些群会随着resolution的增大而继续分裂增多。