有很多帖子对这种技术作了详解，我也一步一步来实现一下，做个记录。
1、Apktool
(1) 右键wrapper script另存为apktool，文件不带后缀名；
(2) 根据链接下载最新的apktool-2文件；
(3) 将下载的apktool-2的jar文件命名为apktool.jar；
(4) 将apktool.jar和apktool放在/usr/local/bin目录下；
(5) 执行chmod a+x apktool、chmod a+x apktool.jar给这两个文件添加可执行权限；
(6) 运行apktool命令，出现下面的结果证明安装成功：
进入dex2jar-2.0文件夹，执行chmod a+x d2j_invoke.sh、chmod a+x d2j-dex2jar.sh给这两个文件添加可执行权限。
3、使用 apktool 反编译 apk：apktool d *.apk
反编译之后的文件夹如下：
original/META-INF/CERT.RSA就是apk的签名文件。
4、使用 dex2jar 将 dex 转为 jar 文件：
进入dex2jar-2.0文件夹，执行./d2j-dex2jar.sh *.apk：
可以看到dex2jar-2.0文件夹下多了转换后的jar文件：
5、使用 JD-GUI 查看jar文件：
6、将apk安装到手机上，打开某个界面，然后执行adb shell dumpsys activity activities查看当前Activity的路径和名称，在 JD-GUI 中找到对应的文件，如果有想要修改的地方，找到要修改的位置，然后在相应的smali文件中定位到对应的地方进行修改，然后保存。
7、使用 apktool 回编译 apk：apktool b *（*即为反编译出的文件夹）
build 和 dist 文件夹是在回编译的时候产生的，dist/my.apk 就是回编译出来的apk。
直接解压或者反编译 dist/my.apk 文件会发现，没有 META-INF 文件夹，也就是说目前 dist/my.apk 是没有签名的。
8、给回编译的apk签名：
jarsigner -digestalg SHA1 -sigalg MD5withRSA -tsa https://timestamp.geotrust.com/tsa -verbose -keystore mykey.keystore -signedjar my-singed.apk my.apk mykey 最后的 mykey 就是 mykey.keystore 的 alias ，-tsa 提供一个时间戳。
一大串信息之后，
再看指定路径下的文件，出现了指定名字的签名后的apk文件：
9、签名后的回编译的apk可以成功安装(adb install *.apk)并运行：
查看签名(keytool -printcert -file META-INF/MYKEY.RSA)：
已经是自己的签名信息了。
参考：
MAC上反编译android apk---apktool, dex2jar, jd-jui安装使用(含手动签名)
对某日头条apk 的反编译和二次打包
