可是，就在王阳明被提拔为吏部考功司郎中后的两个月，王阳明却向皇上上了一本《自劾不职以明圣治事疏》，请求皇上罢了他的官。
王阳明在奏疏中说，明武宗刚登基的时候，刘瑾窃弄威柄，流毒生灵，阴谋僭逆，几危社稷，幸赖祖宗上天之灵，借张永等早发其奸，陛下奋雷霆之断，诛灭八虎。事后，臣民都认为陛下此前是被刘瑾蒙蔽，因而跂足延颈以望太平。奈何积重难返，妖孽连兴，两年以来，朝中危情愈演愈烈；四方贼势相连，兵威不振，民困日深；财匮粮竭，旦夕汹汹。
朝中大臣，既不能解纾祸患，反而文过饰非，蒙蔽取悦皇帝，犯下三宗大罪：
第一、除了初一、十五，皇上每月上朝不过一二次，群臣百司渐以懈弛。四方百姓怀疑皇上不关心他们的疾苦，远近盗贼因不见皇上剪除祸乱的意图而更加猖獗。皇上之所以不花一点时间上朝理政，是因为我们这些大臣没有把天下汹汹之情呈报陛下，使皇上及时觉悟，这是第一大罪。
第二，皇上每天在后苑训练兵事，鼓噪之声震骇城域。这本该是武将们的本分，不是皇上该做的。况且皇上至今无子嗣，却把经历都消耗在苦力上，造成宗社大本危急。我们这些大臣不能力劝陛下蓄精养神，以繁衍皇储，这是第二大罪。
第三、亲近儒臣，讲论道德，开发志意，穷天地之化，尽万物之情，与古先圣为伍，这才是君主最快乐的事。可是陛下整日游戏娱乐、骑射奔驰，继位以来，经筵没举办四五次。我们这些大臣没能向陛下讲清什么是最快乐的事，以改变皇上的爱好，这是第三大罪。
最后，王阳明希望明武宗能够黎明临朝，每天开设经筵，戒游宴，把我们这些不称职的大臣罢归田里，另举耆德宿望之贤，共治天下。从此以后，躬修圣政，广圣嗣，勤圣学，以立天下之大本。各种不良的爱好，都要一个个改掉，则近可以解臣民之忧，远可以使外敌不敢蠢蠢欲动。
王阳明表面上自责有三大罪，实际批评明武宗胡作非为，不理朝政。这是以退为进的策略，如果明武宗能够听进去，王阳明也不会坚持离开京师。
但这封上疏没有得到回复，或许皇帝根本就没看，或许是杨一清等人为了保护他，留中不发。
孔子自称四十而不惑，这一年，王阳明正好四十岁，王阳明清楚地知道，做学问不是为了个人的仕途发达，而是要安黎民，平天下。
