HMMER软件在基因家族成员挖掘分析过程中具有重要作用。
本文将从HMMER软件的下载与安装、并结合一个实际例子对该软件的运用进行一个简单的介绍。
本文所用的电脑环境为Ubuntu 16.04版本
第一步软件下载与安装
采用Wget 的方法进行下载
wget http://eddylab.org/software/hmmer/hmmer.tar.gz
将下载好的压缩包进行解压
tar zxvf hmmer.tar.gz
然后ls命令检查软件是否解压
得到结果为
yeyuntian@yeyuntian-rescuer-r720-15ikbn:~/CYPdata$ ls
hmmer-3.2.1 hmmer.tar.gz
然后进入这个文件夹后查看文件内容
yeyuntian@yeyuntian-rescuer-r720-15ikbn:~/CYPdata/hmmer-3.2.1$ ll
total 1036
drwxr-xr-x 10 yeyuntian yeyuntian 4096 7月 17 20:35 ./
drwxrwxr-x 3 yeyuntian yeyuntian 4096 7月 17 20:40 ../
-rw-r--r-- 1 yeyuntian yeyuntian 44166 6月 13 22:39 config.guess
-rw-r--r-- 1 yeyuntian yeyuntian 36141 6月 13 22:39 config.sub
-rwxr-xr-x 1 yeyuntian yeyuntian 249809 6月 13 22:50 configure*
-rw-r--r-- 1 yeyuntian yeyuntian 24122 6月 13 22:39 configure.ac
drwxr-xr-x 4 yeyuntian yeyuntian 4096 7月 17 20:34 documentation/
drwxr-xr-x 10 yeyuntian yeyuntian 12288 7月 17 20:34 easel/
-rw-r--r-- 1 yeyuntian yeyuntian 605080 6月 13 22:51 Eddy - HMMER User's Guide.pdf
-rw-r--r-- 1 yeyuntian yeyuntian 18 6月 13 22:39 .gitignore
-rw-r--r-- 1 yeyuntian yeyuntian 602 6月 13 22:39 INSTALL
-rw-r--r-- 1 yeyuntian yeyuntian 8316 6月 13 22:39 install-sh
drwxr-xr-x 2 yeyuntian yeyuntian 4096 7月 17 20:34 libdivsufsort/
-rw-r--r-- 1 yeyuntian yeyuntian 3530 6月 13 22:39 LICENSE
-rw-r--r-- 1 yeyuntian yeyuntian 4875 6月 13 22:39 Makefile.in
-rwxr-xr-x 1 yeyuntian yeyuntian 798 6月 13 22:39 makeTAGS.sh*
drwxr-xr-x 2 yeyuntian yeyuntian 4096 7月 17 20:34 profmark/
-rw-r--r-- 1 yeyuntian yeyuntian 2738 6月 13 22:39 README.md
-rw-r--r-- 1 yeyuntian yeyuntian 4144 6月 13 22:39 RELEASE-3.2.1
drwxr-xr-x 4 yeyuntian yeyuntian 4096 6月 13 22:51 src/
drwxr-xr-x 2 yeyuntian yeyuntian 4096 7月 17 20:34 test-speed/
drwxr-xr-x 2 yeyuntian yeyuntian 4096 7月 17 20:34 testsuite/
drwxr-xr-x 2 yeyuntian yeyuntian 4096 7月 17 20:34 tutorial/
其中有一个PDF文档是用户指南（详细的用法可以参考这个上面的）
OK，这样我们就下载好了我们需要的安装包接下来就是安装
HMMER软件的安装
需要注意的是：在这个PDF中提到了在Ubuntu下可以采用apt的方法进行安装（在这个地方我也就放一下具体命令，但是我并没有采用这个方法来安装）
apt install hmmer
我采用的是Source Code 安装方法进行安装
具体方法如下
- 查看hmmer软件解压中的内容
yeyuntian@yeyuntian-rescuer-r720-15ikbn:~/CYPdata/hmmer-3.2.1$ ll
total 1036
drwxr-xr-x 10 yeyuntian yeyuntian 4096 7月 17 20:35 ./
drwxrwxr-x 3 yeyuntian yeyuntian 4096 7月 17 20:40 ../
-rw-r--r-- 1 yeyuntian yeyuntian 44166 6月 13 22:39 config.guess
-rw-r--r-- 1 yeyuntian yeyuntian 36141 6月 13 22:39 config.sub
-rwxr-xr-x 1 yeyuntian yeyuntian 249809 6月 13 22:50 configure*
-rw-r--r-- 1 yeyuntian yeyuntian 24122 6月 13 22:39 configure.ac
drwxr-xr-x 4 yeyuntian yeyuntian 4096 7月 17 20:34 documentation/
drwxr-xr-x 10 yeyuntian yeyuntian 12288 7月 17 20:34 easel/
-rw-r--r-- 1 yeyuntian yeyuntian 605080 6月 13 22:51 Eddy - HMMER User's Guide.pdf
-rw-r--r-- 1 yeyuntian yeyuntian 18 6月 13 22:39 .gitignore
-rw-r--r-- 1 yeyuntian yeyuntian 602 6月 13 22:39 INSTALL
-rw-r--r-- 1 yeyuntian yeyuntian 8316 6月 13 22:39 install-sh
drwxr-xr-x 2 yeyuntian yeyuntian 4096 7月 17 20:34 libdivsufsort/
-rw-r--r-- 1 yeyuntian yeyuntian 3530 6月 13 22:39 LICENSE
-rw-r--r-- 1 yeyuntian yeyuntian 4875 6月 13 22:39 Makefile.in
-rwxr-xr-x 1 yeyuntian yeyuntian 798 6月 13 22:39 makeTAGS.sh*
drwxr-xr-x 2 yeyuntian yeyuntian 4096 7月 17 20:34 profmark/
-rw-r--r-- 1 yeyuntian yeyuntian 2738 6月 13 22:39 README.md
-rw-r--r-- 1 yeyuntian yeyuntian 4144 6月 13 22:39 RELEASE-3.2.1
drwxr-xr-x 4 yeyuntian yeyuntian 4096 6月 13 22:51 src/
drwxr-xr-x 2 yeyuntian yeyuntian 4096 7月 17 20:34 test-speed/
drwxr-xr-x 2 yeyuntian yeyuntian 4096 7月 17 20:34 testsuite/
drwxr-xr-x 2 yeyuntian yeyuntian 4096 7月 17 20:34 tutorial/
其中有个文件为：configure的可执行文件
- 然后执行一下命令进行编译
./configure
make
make check
make install
cd src/
sudo make install
最后电脑会提示：
for file in alimask hmmalign hmmbuild hmmconvert hmmemit hmmfetch hmmlogo hmmpgmd hmmpress hmmscan hmmsearch hmmsim hmmstat jackhmmer phmmer nhmmer nhmmscan makehmmerdb; do \
/usr/bin/install -c -m 0755 $file /usr/local/bin/ ;\
done
这就表明，环境变量已经配置完整，可以在任何地方进行调用
- 检查命令调用情况
yeyuntian@yeyuntian-rescuer-r720-15ikbn:~$ hmmscan -h
# hmmscan :: search sequence(s) against a profile database
# HMMER 3.2.1 (June 2018); http://hmmer.org/
# Copyright (C) 2018 Howard Hughes Medical Institute.
# Freely distributed under the BSD open source license.
# - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Usage: hmmscan [-options] <hmmdb> <seqfile>
