卡方检验分子标记是否符合孟德尔遗传定律

在做遗传学时,难免会检验分离群体是否符合孟德尔遗传定律,比如3:1,1:1,1:2:1等。一般都会用卡方检验,大学时期的所学内容,但是后面逐渐忘记。。。。。

卡方(Chi-square)检验

卡方检验是对样本得到的\color{red}{实际}频数与\color{red}{理论}频数的分布是否有显著性差异进行的一种检验,其计算公式为:

\chi2=\sum\frac{(O-E)^2}{E}
其中:

  • O(observe)表示实际频数
  • E(expect)表示理论频数

BTW:点击此处可以在markdo中快速插入公式

卡方值的特点

  • 其值具有可加性
  • 永远为正
  • 其值大小与实际频数和理论频数的差异而变化,两者差异越小,样本分布于假设的理论分布越一致

例子1

某菠菜BC1群体中,纯合(RR)为39株,杂合(Rr)为21株,问是否符合孟德尔1:1分离比:

提出假设:
H0: 符合1:1
H1: 不符合1:1

RR Rr
实际 39 21
理论 30 30

上述为自由度df:(行-1)*(列-1)=1
套用上述公式:
得到:
\chi2=5.4
\chi2 > \chi^2_{0.05}=3.84,所以否定原假设,即BC1群体并不符合1:1。



\color{red}{tip}
: 比如a=0.05时,卡方值越大,其a值越小;
\chi^2 >\chi^2_{0.05}
,则否定原假设,当
\chi^2 <\chi^2_{0.05}
时,接受原假设。


检验是否符合1:2:1,也是同样的道理,其自由度为2.

\chi^2的连续性矫正

当df=1时,其中只要有一个组的\color{red}{理论频数}小于5,就要用Yates连续性校正法
\chi^2 =\sum \frac{(\left | O-E \right |-0.5)^2}{E}

最终将其整合为一个脚本,\color{red}{Chi_square_test.py}特用来计算某群体或者分子标记是否符合孟德尔遗传定律

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