在做遗传学时,难免会检验分离群体是否符合孟德尔遗传定律,比如3:1,1:1,1:2:1等。一般都会用卡方检验,大学时期的所学内容,但是后面逐渐忘记。。。。。
卡方(Chi-square)检验
卡方检验是对样本得到的频数与频数的分布是否有显著性差异进行的一种检验,其计算公式为:
其中:
- O(observe)表示实际频数
- E(expect)表示理论频数
BTW:点击此处可以在markdo中快速插入公式
卡方值的特点
- 其值具有可加性
- 永远为正
- 其值大小与实际频数和理论频数的差异而变化,两者差异越小,样本分布于假设的理论分布越一致
例子1
某菠菜BC1群体中,纯合(RR)为39株,杂合(Rr)为21株,问是否符合孟德尔1:1分离比:
提出假设:
H0: 符合1:1
H1: 不符合1:1
RR | Rr | |
---|---|---|
实际 | 39 | 21 |
理论 | 30 | 30 |
上述为自由度df:(行-1)*(列-1)=1
套用上述公式:
得到:
,所以否定原假设,即BC1群体并不符合1:1。
检验是否符合1:2:1,也是同样的道理,其自由度为2.
的连续性矫正
当df=1时,其中只要有一个组的小于5,就要用Yates连续性校正法
最终将其整合为一个脚本,特用来计算某群体或者分子标记是否符合孟德尔遗传定律