前言
zlx学习R分析数据，遇到问题，我这边一起解决啊
R：R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件，它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具。
Rstudio Server：通过在服务器安装该软件，可以在远端通过web访问R语言执行窗口、图片实时预览等功能的软件
一、安装R 4.0.4
参考：https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/ > Download R for Linux > ubuntu
即：https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/bin/linux/ubuntu/
安装其他版本的：https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/bin/linux/ubuntu/olderreleasesREADME.html
更新apt索引
apt update -qq
安装我们需要的两个助手包
apt install -y --no-install-recommends software-properties-common dirmngr
-y：默认确认，这样就不用再输入Y进一步确认安装了，yum安装也是这样
--no-install-recommends：无安装建议，该参数用来来避免安装非必须的文件，从而减小镜像的体积
为这些回购导入签名密钥(由Michael Rutter)
apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
从CRAN中添加r4.0的仓库——根据需要调整“focal”为“groovy”或“bionic”或“xenial”
add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu '$(lsb_release -sc)'-cran40/'
安装其他版本R，主要就是修改这里就可以了
其实和 vim /etc/apt/sources.list 然后手动添加一样，但是这样方便多了，官方的就是厉害啊
lsb_release -cs 可以访问Ubuntu风格：“ groovy”，“ focal”，“ bionic”，“xenial”…中的一种，就不用再自己去看了
再次更新索引，把新加入的仓库更新下
apt update -qq
安装R及其依赖项
apt install -y r-base
输入R --version 查看R版本
二、安装Rstudio Server 1.4.1106
安装个gdebi，方便安装Rstudio servcer的deb包
linux安装可以直接看官网
sudo apt -y install gdebi-core
获取Rstudio Server 1.4.1106的deb包
wget https://download2.rstudio.org/server/xenial/amd64/rstudio-server-1.4.1106-amd64.deb
这个下载下来就在当前目录了
使用gdbi安装Rstudio Server 1.4.1106
sudo gdebi rstudio-server-1.4.1106-amd64.deb
安装完直接启动了，最后会有这样的输出，同样也可以使用 rstudio-server status查看，可以用上下左右键查看一屏幕看不到内容
若rstudio-server有报错信息，这里也可以看到
可以通过下面的某个命令执行对rstudio-server的控制（启动、停止、重启等）
rstudio-server {status|start|stop|restart|test-config|verify-installation|suspend-session|suspend-all|force-suspend-session|force-suspend-all|kill-session|kill-all|offline|online|active-sessions|version}
rstudio server默认的访问端口是：8787
所以在浏览器访问http://ip:8787，若出现
三、 增加访问用户
增加用户ysy
useradd ysy
为用户ysy设置密码，会要求输入两遍密码
passwd ysy
为用户ysy创建单独的目录
sudo mkdir /home/ysy
为用户ysy赋予创建目录及子目录的可写权限
sudo chown -R ysy /home/ysy
这时候就可以用ysy及自己设置的密码在rstudio-server的web端进行登录啦
四、其他包安装注意
安装monocle用下面的命令
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("monocle")
安装monocle3，参考：https://blog.csdn.net/qq_27390023/article/details/121717460
安装XML没有xml2-config，安装下面的依赖后再次安装XML
sudo apt-get install libxml2-dev
安装Seurat包时，若出现无法安装：“curl、openssl”，则先手动使用apt安装下面的依赖
sudo apt install openssl libcurl4-openssl-dev libssl-dev
如果是yum则使用下面命令安装：
sudo yum -y install openssl
centos8使用yum无法安装rgeos，需要手动下载rpm包然后安装，参考：https://centos.pkgs.org/8/epel-x86_64/geos-devel-3.7.2-1.el8.x86_64.rpm.html
wget https://download-ib01.fedoraproject.org/pub/epel/8/Everything/x86_64/Packages/g/geos-3.7.2-1.el8.x86_64.rpm
rpm -Uvh geos-3.7.2-1.el8.x86_64.rpm
dnf install geos
wget https://download-ib01.fedoraproject.org/pub/epel/8/Everything/x86_64/Packages/g/geos-devel-3.7.2-1.el8.x86_64.rpm
rpm -Uvh geos-devel-3.7.2-1.el8.x86_64.rpm
dnf install geos-devel
五、常见错误：
5.1 Seurat DimPlot no png support in this version of R
原因：缺少png相关lib依赖
解决：安装png相关依赖后，重装R
参考链接：https://www.cnblogs.com/liujiaxin2018/p/14363308.html
5.1.1 安装png相关依赖（顺便把别的图类型也装了）
yum install -y libpng-devel libtiff-devel libjpeg-turbo-devel pango-devel libpng-devel
5.1.2 重装R
Centos8安装命令如下：
cd /home/zlx/R-4.1.0/ # R安装包所在目录
make uninstall
./configure --prefix=/home/zlx/R/ --enable-R-shlib # 要安装的目录目录，最好和之前的保持相同
make && make install
进入R命令行界面后，使用capabilities()命令检查支持的图片格式，如下图所示：
后记
期间使用源码包的方式安装R 4版本的，遇到问题太多，就放弃了
