注意bam文件是按照染色体名称来排序的bam文件即
命令:
samtools sort -@ 4 -o crWT-1_val_1_bismark_bt2_pe_Psorted.bam crWT-1_val_1_bismark_bt2_pe.bam
qualimap --java-mem-size=35G bamqc -bam crWT-1_val_1_bismark_bt2_pe_Psorted.bam
最后生成的html报告文件参考健明上传的即可
report
注意bam文件是按照染色体名称来排序的bam文件即
命令:
samtools sort -@ 4 -o crWT-1_val_1_bismark_bt2_pe_Psorted.bam crWT-1_val_1_bismark_bt2_pe.bam
qualimap --java-mem-size=35G bamqc -bam crWT-1_val_1_bismark_bt2_pe_Psorted.bam
最后生成的html报告文件参考健明上传的即可
report