朝鲜朝廷内无法忍受燕山君放荡行径的大臣越来越多，谁都不希望哪一天，自家的女儿被莫名其妙地采红、采青地送入宫内，变成官妓任君调戏，更惧怕哪天，个性起伏极端、捉摸不定的燕山君兴致一来，会把自己家内改造成狩猎场，玩起打猎游戏来了。
然而，众臣更怕的是，燕山君所开发出来的酷刑，会不会降临到自己头上。为了国政安平、国体安康也好，亦或为了保住自己的小命也罢，宫内的反动势力大臣，蠢蠢欲动，其中主要反动人士以勋旧派为主，以知中枢府事朴元宗（박원종，1467-1510）、副司勇成希颜（성희안，1461-1513）、吏曹判书柳顺汀（유순정，1459-1512）等人为首，于一日聚众于昌德宫—1506年，发动了政变。
「交出国王印玺吧！」暴君终遭政变逆袭
勋旧派人士于当年农历九月一日发动政变，聚集军队斩杀拥护燕山君的外戚慎守勤（신수근，1450-1506）和任士洪等人，趁势随后包围昌德宫，驱散宫中卫队后，众人入宫迫使燕山君交权，同时也以成宗王后，晋城大君生母贞显王后（정현왕후，1462-1530，即「慈顺大妃」）的名义，命令燕山君交出国王印玺，即刻退位。
燕山君初见大军入宫，还以为是大臣们新创的游戏，但随着身边的人滔天抢地，一刀一剑被砍杀见血，燕山君酒喝得再怎么凶，与张绿水等美女们玩得再怎么开心，也不得不正视，正发生在他面前的这场政变。
「交出国王印玺吧！」这是燕山君在位，第一次听到臣子跟他顶嘴的话，同时也是最后一次。「交出印玺来吧！」手持利剑的臣子，再度讲出这句话，燕山君才惊觉，原来这不是游戏，更非是一场梦，而是发生在他眼前活生生的一场宫内政变。
起先，燕山君心不甘情不愿，对造反臣子口出恶言、动之以武，然而大臣都知道，今天若不把这位昏君赶下台，明天他们小命就不保了！众臣同心一力，亮刀怒言，燕山君迫于情势，最后仍不得不于九月二日清晨，交出代表一国之君之物国玺。
政变者们一拿到信物，「名正言顺」地随即赶赴晋城大君私宅，将所欲之王，成宗的次子晋城大君，即后来李氏朝鲜第11任君王中宗李怿（이역，1488-1544）迎入景福宫，简便于勤政殿即位，开启朝鲜中宗时代（1506-1544）。
该政变被历史学家，称之为「中宗反正」（중종반정，1506年）。
怕被明朝指责，朝鲜君臣想办法隐瞒政变
被废黜了王位的燕山君，遭流放到江华岛乔桐（교동）处。因为生活环境的巨大变动，以及从身为一国之君，突然贬为罪人，正可谓从天上摔下凡间啊，燕山君再怎么想也不甘愿，两个月后，随即心病攻心—病死。《朝鲜王朝实录・燕山君日记・卷一，总叙》记载这位暴君最终下场文句：「遂废徙乔桐，封燕山君。居数月，以疾终。年三十一，在位十二年。」
然而，对朝鲜王朝而言，燕山君被推翻、病死并非小事，因为在外还有个天朝明朝等着他们的回报。朝鲜王朝一则羞愧地不愿把自己国内，竟然出现如此荒谬的君王，如实禀报告知明朝外，最为重要的是，作为藩属国的朝鲜，在宗藩体制之下，只有明朝皇帝才能有权力废立属国君主，若没有经过明朝皇帝许可，朝鲜私自在国内更换国王，这可是越权大逆之事啊，必定引来灭国之祸。
朝鲜众臣聚在一起，共同想出个法子，就是把燕山君实被「推翻」之实，以「燕山君因世子过世，悲痛伤身，久而痼疾缠身，无心无余力于国政」为由，辗转告知明朝，国内燕山君不得不把政权转交给他的弟弟李怿。关于此史实，《明史・朝鲜列传》为证：
「正德二年，㦕以世子?夭亡，哀恸成疾，奏请以国事付其弟怿，其国人复奏请封怿。礼部议命怿权理国事，俟㦕卒乃封。既，陪臣卢公弼等以朝贡至京，复请封怿，廷议不允。十二月，㦕母妃（按：即贞显王后）奏怿长且贤，堪付重寄。于是礼部奏：『㦕以痼疾辞位，怿以亲弟承托，接受既明，友爱不失。通国臣民举无异词，宜顺其请。』上乃允怿嗣位，遣中官敕封，并赐其妃尹氏诰命。」
明朝竟也相信朝鲜此说法，虽然其中波折不断，诸如明朝礼部官员王华（1446-1522），首先认为得派人到朝鲜查个水落石出后，才准李怿中宗封王；又亦或明朝官员张琮（?-?），要求燕山君母妃得提交奏本，证明她支持燕山君退位和让中宗继位等事，但最后仍于正德三年（1508年）正月，明朝发给了中宗一封袭封文书，说明朝皇帝准了，「李怿准袭朝鲜国王，又封王妃」，正式册封李怿为朝鲜国王。
尔后，燕山君之死，风波也不断，如明朝太监李珍前来朝鲜，想对早已成鬼的燕山君问病不成等史实纪录，与燕山君过世30年之际，明朝全然被瞒在鼓里，甚至，朝鲜中宗三十年的史书，还曾记载中宗担心明朝使臣来访朝鲜时，会不会又问起燕山君近况等担忧言行呢。然而，最终这场非透过明朝，更换自己国内君王的「中宗反正」，仍是顺利落幕。
荒谬的帝王人生，只被赋予「君」的地位
朝鲜时代的四大士祸，有两大士祸即发生在燕山君生前执政时期，更何况其他荒谬事迹，在他死后除了无法得到庙号，被后世子孙称祖、称宗，仅能称「君」外，连他的葬身地也为「墓」（묘），非君王「陵」（능），足可见燕山君之历史定位了，而「燕山君墓」（연산군묘）也从江华岛，移到现址首尔道峰区放鹤洞（도봉구 방학동），这样的歷史定位，恐怕是燕山君生前，想都想不到的吧。
燕山君死后近500多年，迄今他的乱国荒唐暴君形象，仍是深深地刻当代韩国人心目中，也因此当代翻拍这位史上第一乱君的剧作也不少。最早的燕山君电影，为1961年改编同名历史小说，由申荣均（신영균）饰演燕山君的《锦衫的血》（금삼의 피）；1984年，由林英奎（임영규）饰演燕山君，出演MBC电视剧的《朝鲜王朝五百年・雪中梅》（조선왕조 500년-설중매）；1987、1988两年，由李大根（이대근）与柳仁村（유인촌）分别担纲燕山君，拍摄《燕山君》（연산군）和《燕山日记》（연산일기）二电影。
等来到21世纪，最有名的应是2006年上映的《王的男人》（왕의 남자），由郑进永（정진영）饰演燕山暴君；而在前文提到燕山君「采红、采青使」—搜集民间美女，强押入宫调教为官妓之史实。也在2015年，由金刚于（김강우）饰演燕山君，拍摄出《姦臣》（간신）一戏。
近期2017年MBC与KBS，也分别以燕山君为题材，推出由金知硕 （김지석）领衔主演的《逆贼：偷百姓的盗贼》（역적-백성을 훔친 도적），与李东健（이동건）的《七日的王妃》（7일의 왕비》）等电视剧，重构那一段燕山君时期。可见燕山君为韩国歷史上一代暴君之外，也是韩国影剧永远翻拍不完的题材之一。
但不管是电影，还是电视剧，燕山君在剧内形象，多为歇斯底里、轻蔑学者、爱好女色、荒唐至极，因此当代很多学者在这一位暴君，看到诸如心理狂症、偏执强迫官能症、想要掌握绝对的权力、弒父恋母的伊底帕斯王（Oedipus）情结，与性爱中毒患者等，试图再一次重新诠释燕山君呢。
燕山君是朝鲜王朝27位国王中，死后没有得到「祖」、「宗」等庙号的两位国王之一，而时过100年，第二位则为光海君了，而这已经是另外一段故事了。
