义熙元年（公元405年），也是后秦弘始七年，后秦国主姚兴击降仇池杨盛，徙流民三千余家至关中(今陕西函谷以西)。当年七月刘裕遣使向后秦求和，后秦王姚兴为了避免东西两面受敌，把东晋元兴二年占领的南乡、顺阳、新野、舞阴等十二郡全部归还给东晋。
义熙四年（公元408年）正月，王谧去世，刘裕听从幕僚刘穆之劝言，入朝商议继任人选。获授侍中、车骑将军、开府仪同三司、扬州刺史、录尚书事、徐兖二州刺史，入掌朝政大权。
义熙五年（公元409年）二月，南燕慕容超遣兵攻晋宿豫(今江苏宿迁)，掳掠晋男女二千五百人，补充为乐工。三月刘裕上表请伐南燕，以善谋果断之王镇恶为中军参军，王镇恶是前秦丞相王猛之孙，当年王猛临终告诉苻坚，前秦内部各族豪酋势力为忧，以东晋为正朔所在，劝苻坚勿进攻东晋，但未被采纳，因而有了淝水之败。前秦败亡后，王镇恶随从叔父王曜南投东晋。
四月刘裕率舟师溯淮水入泗水。 五月，进抵下邳（今江苏睢宁西北），留船舰、辎重，改由陆路进至琅邪（今山东临沂北）。刘裕料到南燕贪婪轻敌，必不能守险清野，率军越过大岘山（今山东沂山）。刘裕举手指天说：“虏已入吾掌中矣。”六月，袭陷临朐城(今山东临朐)，南燕退守广固(今山东青州西北)，刘裕挥师进围之。燕兵惊恐，慕容超派张纲向后秦求救。七月，后秦主姚兴派卫将军姚强率步、骑兵一万，与洛阳守将姚绍汇合，统兵共救南燕。后秦姚兴遣使者警告刘裕：“慕容氏相与邻好，今晋攻之急，秦已遣铁骑十万屯洛阳，晋军不还，当长驱而进。”刘裕对秦使说：“语汝姚兴：我克燕之后，息兵三年，当取关洛；今能自送，便可速来!”刘裕的幕僚刘穆之对刘裕说：“常日事无大小，必赐与谋之。此宜善详之，云何卒尔便答？公所答兴言，未能威敌，正足怒彼耳。若燕未可拔，羌救奄至，不审何以待之？” 公笑曰：“此是兵机，非卿所解，故不语耳。夫兵贵神速，彼若审能遣救，必畏我知，宁容先遣信命。此是其见我伐燕，内已怀惧，自张之辞耳。”
义熙六年（公元410年）二月，贺赖卢、公孙五楼率军挖地道出击晋军，被击败，退回内城。刘裕乘机四面攻城，南燕尚书悦寿打开城门迎降，晋军攻入广固内城，自此南燕灭亡，一共经历了两代君王，十二年。
在刘裕北伐南燕的时间，占据广州的卢循看到了机会，卢循的姐夫徐道覆，劝卢循乘刘裕北伐南燕之机，袭击建康。于是卢循从广州分兵两路北进。西路由卢循率领，至长沙(今湖南长沙)击败刘道规，继陷巴陵(今湖南岳阳)；东路由徐道覆率领，破南康(今江西赣州)，直下庐陵(今江西吉水)、豫章(今江西南昌)。
元兴元年（公元402年）三月，孙恩兵败自杀，孙恩的残余部众数千人推举卢循为首领。 当时太尉桓玄打算用安抚的手段使东部地区的局势稳定下来，于是任命卢循为永嘉太守。卢循表面接受任命，同年五月，卢循从临海进犯东阳，桓玄派遣当时的抚军中兵参军刘裕带兵进攻卢循。卢循失败，逃往永嘉。元兴二年（公元403年）十月，卢循夜袭攻陷番禺，占据广州，自称平南将军，自己主持广州事务。义熙元年（公元405年）四月，卢循派遣使节前往东晋都城建康进献贡品。当时东晋朝廷刚刚诛灭桓氏，内外多事，没有时间前往征讨卢循。四月二十一日，朝廷任命卢循为征虏将军、广州刺史、平越中郎将 ，徐道覆为始兴相。卢循赠送给刘裕益智粽，刘裕回赠给他续命汤。
孙恩卢循集团与刘裕可谓是冤家，孙恩、卢循似乎从来没有打胜过刘裕，全以逃往海上为结局，从他们互送的礼物就可以看出他俩的“过命交情”。
当时刘裕刚灭南燕，收到卢循起兵的消息赶紧撤还建康。刘裕到山阳（今江苏淮安市）时知江州刺史何无忌已战死，于是加速回防建康，并于四月赶回建康。五月，卢循于桑落州(今江西九江东北)击败豫州刺史刘毅。卢循继续东下，刘裕招募兵众，修治石头城。由于刘裕急急南返，士卒多有伤病，而建康兵力亦不过千人，面对有十多万人的卢循大军显得实力悬殊，诸葛长民及孟昶建议奉晋安帝北归广陵避敌，刘裕不肯接受，决意死战。
卢循停驻在蔡洲（今江苏江宁县西南江中），刘裕用木栅阻断石头城及淮口，修治越城（今江宁县南）并修建查浦、药园、廷尉三个堡垒，分兵戍守以御卢循，卢循派老弱残兵乘舟攻击白石及查浦，自己率大军进攻丹阳郡，没有取胜，在各县中也没抢掠到物资，被逼于七月退回江州。同年（义熙六年）十月，刘裕率刘藩、檀韶、刘敬宣等人进攻卢循，十二月以火攻击败卢循船队。卢循失败后试图在左里（今鄱阳湖口）挡住刘裕，但刘裕率军奋战，卢循军无法阻挡而大败，南逃广州。刘裕早于卢循撤出蔡洲后，派孙处及沈田子经海路攻占了卢循的根据地番禺，卢循一再败逃，最终为交州刺史杜慧度所杀。
义熙七年（公元411年），刘裕班师回到建康，受太尉、中书监职位。第二年四月，朝廷任命刘毅为荆州刺史。之前刘毅割据豫州、江州，都督荆宁秦雍四州及司州之河东河南广平、扬州之义城四郡诸军事，雄兵一方，他的弟弟刘藩占据兖州，势力范围包括长江中上游的大部分地区。刘毅认为自己不亚于刘裕，不想屈居刘裕之下，他表面上拥戴刘裕，内心却极度妒恨。刘毅骄纵跋扈越来越严重，多次阻扰刘裕推行政令和布置人事。不断扩充自己的势力，伺机打垮刘裕。 他还和朝中有名望人士归心交结，这次迁镇荆州将大部分豫州府属及江州的军队都带去荆州，到任后又重新调度荆州郡县首长，以患病为由请堂弟刘藩去做他副手。刘裕知他有异心，于是假意答允其请求。乘刘藩自兖州治所广陵入朝时称他与谢混图谋不轨，便奏报朝廷，把二人赐死。
遥想当年刘毅和刘裕、何无忌等举北府兵消灭桓玄之乱，拜豫州刺史，封南平郡公。当时听说他们起兵，有人劝桓玄说他们不足为虑，桓玄回答说：“刘裕堪称当代雄才；刘毅家无多少储蓄，却像掷骰子一样捐出百万；何无忌，刘牢之的外甥，很像他舅舅。他们联合起来，共举大事，怎能说他们不会成功呢？”
杀掉刘藩和谢混，刘裕亲自率军从建康出发讨伐刘毅。王镇恶等攻克江陵外城，刘毅固守内城，精锐士卒还有数千人，两军一直战至太阳西斜。众军知道刘裕已到，失去斗志。天色已黑，刘裕命王镇恶焚烧四周城门，齐力攻打，刘毅部众纷纷逃散。刘毅从北门出城单骑而逃，在离江陵二十里处的牛牧寺自缢身亡。刘裕随后率军攻克江陵，诛杀了刘毅的亲信郗僧施，随后又消灭了刘毅的残余势力，吞并豫、江二州。
消灭刘毅后，刘裕意图伐蜀。义熙八年（公元412年）十二月，刘裕十分赏识朱龄石的军事才干和丰富经验，提拔他为益州刺史，命其率臧熹、蒯恩、刘钟和朱林等领二万人伐谯蜀。
谯蜀是谯纵建立的政权，谯纵本来是征西将军毛璩的参军，桓玄之乱平定后，桓氏势力仍在荆州盘据，毛璩听说桓振攻陷江陵，率军赴难，派弟弟毛瑾、毛瑗顺外江而下，派谯纵率领巴西、梓潼二郡军下涪水，与毛璩军在巴郡会合。蜀兵不愿东征，谯纵的下属将领侯晖与巴西杨昧合谋，发动兵变，以武力逼谯纵做君主，并出兵攻杀毛璩的弟弟西夷校尉毛瑾。谯纵自称梁、秦二州刺史，兵指西南的成都。毛璩闻变，从略城徒步赶回成都，令参军王琼带兵三千前去讨伐谯纵，又让他的弟弟毛瑗带兵四千随后，谯纵派遣弟弟谯明子和侯晖领兵迎战。两军在广汉相遇大战，侯晖战败退绵竹，谯纵命谯明子设伏等待王琼。王琼身陷重围，才发现中埋伏，等到毛瑗赶到，杀出重围。但部队伤亡惨重，无力再战，只好退回成都。谯纵兵抵成都，益州营户李腾开门迎纵兵。谯纵杀掉毛璩、王琼、毛瑗等，自称成都王。以堂弟谯洪为益州刺史；以弟弟谯明子为巴州刺史、镇东将军，率兵驻白帝城，防犯晋军东来。
四川脱离东晋独立，这关系着南朝的安危，东晋主政者绝不允许这个威胁存在；这也使得谯蜀存在的九年一直战争不断。
从义熙元年（公元405年），东晋多次派遣军队攻打谯蜀，但是都以失败告终。刘裕与朱龄石根据前次刘敬宣走内水相持失败的教训，订下诱蜀人防内水，主力走外水的速战之策。为了防止泄漏风声，刘裕给了朱龄石一个锦函，旁书"至白帝乃开"。
晋义熙九年（公元413）五月，朱龄石等人到达白帝城(今四川奉东)，打开刘裕的函书。书上写着：“众军悉从外水取成都，臧熹从中水取广汉，老弱乘高舰十余，从内水向黄虎。”于是诸军日夜兼行。谯蜀果如刘裕所想，谯纵命令谯道福重兵镇守涪城(今四川绵阳东)，以备内水。七月，朱龄石率军抵达距成都二百里的平模，斩杀侯晖、谯诜等人，舍弃船舶徒步前进；臧熹斩杀谯纵大将谯抚之。谯纵诸营望风溃逃，谯纵放弃成都出逃，自缢而死。谯道福被巴西百姓杜瑾抓获，送到军门斩杀。皇帝下诏任命朱龄石掌管梁、秦六郡诸军事。
灭亡谯蜀后，刘裕打算收复汉中，义熙元年（公元405年），仇池国氐王杨盛趁谯纵叛晋之机，发兵占据了无主的汉中。义熙九年（413年），刘裕任命索邈为梁州刺史，恢复了对汉中的管治。
