进化树美化——evolview基本命令速查与教程

EVOLVIEW能干什么?

Evolview是一款强大的进化树在线编辑软件,使用它可以制作出高颜值的进化树,网站地址为https://evolgenius.info//evolview-v2。来看几个例子吧:

image.png

image.png

image.png

操作界面

功能菜单主要分为Basic、Advanced、Annotation upload及Export四块。


image.png

操作流程及命令

1、数据准备:

该网站支持newick(常用格式)、nhx、nexus及phyloXML四种数据格式的文件。

2、导入数据:

通过MEGA等软件将进化树保存成newick格式文件,然后在Basic工具栏中点击upload tree file选项,输入project、name,然后选择要导入的文件,最后点击Submit即可完成文件的导入;


image.png

3、基础设置:

通过Basic及Advanced中的一些功能选项对进化树的字体、树形等进行个性化设置;

4、进化树美化:(英文格式输入,命令间使用tab键隔开)

1)分支颜色的设置:

点击Annotation upload选项中的树分支颜色设置按钮,输入文件name,在下方Data窗口中输入具体参数给相应分支添加颜色(具体参数可点击help查看官方详细配置说明);


image.png

image.png
2)字体颜色设置:

点击Annotation upload选项中的字体颜色设置按钮,输入文件name,在下方Data窗口中输入具体参数给相应字体添加颜色(具体参数可点击help查看官方详细配置说明);


image.png

image.png
3)字体背景颜色:

点击Annotation upload选项中的字体背景颜色设置按钮,输入文件name,在下方Data窗口中输入具体参数给相应字体背景添加颜色(具体参数可点击help查看官方详细配置说明);


image.png

image.png
4)分组标记:

点击Annotation upload选项中的分组标记设置按钮,输入文件name,在下方Data窗口中输入具体参数给相应分组添加标记(具体参数可点击help查看官方详细配置说明);


image.png

image.png
5)标签装饰:

点击Annotation upload选项中的标签装饰设置按钮,输入文件name,在下方Data窗口中输入具体参数给相应分支添加标签(具体参数可点击help查看官方详细配置说明);


image.png

image.png
6)形状标记:

点击Annotation upload选项中的形状标记设置按钮,输入文件name,在下方Data窗口中输入具体参数给相应分支添加形状标记(具体参数可点击help查看官方详细配置说明);


image.png

image.png

7)添加柱形图:

点击Annotation upload选项中的柱形图设置按钮,输入文件name,在下方Data窗口中输入具体参数给相应分支添加柱形图(具体参数可点击help查看官方详细配置说明);


image.png

image.png
8)添加气泡图:

点击Annotation upload选项中的气泡图设置按钮,输入文件name,在下方Data窗口中输入具体参数给相应分支添加气泡图(具体参数可点击help查看官方详细配置说明);


image.png

image.png
9)添加热图:

点击Annotation upload选项中的热图设置按钮,输入文件name,在下方Data窗口中输入具体参数给相应分支添加热图(具体参数可点击help查看官方详细配置说明);


image.png

image.png
10)bootstrap:

点击Annotation upload选项中的bootstrap设置按钮,输入文件name,在下方Data窗口中输入具体参数对相应分支bootstrap数值进行展示(具体参数可点击help查看官方详细配置说明);


image.png

image.png
11)其他:

除了以上的美化设置外,还可以展示蛋白质结构域等信息,大家可以去探索一下;


image.png

image.png

5、图形展示顺序:

可以通过左侧工具栏查看自己添加的图形,并可对其是否展示及展示顺序进行调整。而且这个网站也提供了很多例子供大家参考。


image.png

6、图形导出:

通过Export按钮进行图形导出,支持pdf/png/jpeg/tif等在内的多种格式。


image.png
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 204,684评论 6 478
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 87,143评论 2 381
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 151,214评论 0 337
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 54,788评论 1 277
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 63,796评论 5 368
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 48,665评论 1 281
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 38,027评论 3 399
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 36,679评论 0 258
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 41,346评论 1 299
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 35,664评论 2 321
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 37,766评论 1 331
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 33,412评论 4 321
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 39,015评论 3 307
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 29,974评论 0 19
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 31,203评论 1 260
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 45,073评论 2 350
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 42,501评论 2 343

推荐阅读更多精彩内容