2020-02-28学习小组Day5-whflos

1. 理解命令和函数代表的意思,才能灵活运用

2. 2个重要的数据类型:向量vector、数据框Data frame

3. 向量vector

3.1 变量赋值

变量赋值


3.2 向量中提取元素

方法:3.2.1 元素的位置


根据元素位置

3.2.2 元素的值


根据元素的值

4. 数据框

4.1 明确几个知识点

4.1.1 sep 是函数的形式参数,多数情况下, seq 参数用来指定字符的分隔符号。

不仅用在你所提到的输出,也用在输入,也用在字符串的合并与拆分上。

csv 文件是用逗号分隔的,故而 sep = ","

tsv 文件是用制表符分隔的,故而 sep = "\t"

常用的分隔符还有空格 sep = " "

分隔符是任意的,可根据具体情况指定的。

在输入的时候,原内容是用什么符号分隔的,sep就要保持一致,否则可能无法正确读取。在输出时虽说分隔符是可以任意指定,但也要遵循一个原则,就是分隔符号不要与待输出内容中的字符有重复。

否则输出后的文件,重新读取的时候该分隔符并不能有效正确分开,可能出错。

4.1.2 header=T

true则excel第一行用于列名称,具体数据从第二行开始

false则第一行即为具体数据

4.1.3  write.table (x, file ="", sep ="", row.names =TRUE, col.names =TRUE, quote =TRUE)

参数说明:

x:需要导出的数据

file:导出的文件路径

sep:分隔符,默认为空格(” “),也就是以空格为分割列

row.names:是否导出行序号,默认为TRUE,也就是导出行序号

col.names:是否导出列名,默认为TRUE,也就是导出列名

quote:字符串是否使用引号表示,默认为TRUE,也就是使用引号表示

4.1.4  p<-paste("b",1:5)

"b 1" "b 2" "b 3" "b 4" "b 5" 注意这里每一项中间有空格隔开,如果不想要空格,需要使用sep参数

p<-paste("b",1:5,sep="")

​"b1" "b2" "b3" "b4" "b5"

所以sep参数的作用是隔开被连接在一起的数据,当然必须是character string,例如:

p <-paste("b",1:5,sep="f")

"bf1" "bf2" "bf3" "bf4" "bf5"

collapse通常不用给出,如果给出,则整个结果变为一个string,例如:

​p <-paste("b",1:5,sep="f",collapse="s")

​"bf1sbf2sbf3sbf4sbf5"

4.2 读取本地数据(必须放在工作目录里的数据)

读取本地数据

4.3 设置行名和列名

设置行名列名

4.4 数据框导出

write.table(X,file = "a.txt",sep = ",",quote=T)#分隔符改为逗号,字符串不加双引号(默认格式带由双引号)

4.5 保存变量,重新加载

save.image(file="bioinfoplanet.RData")#保存当前所有变量

save(X,file="test.RData")#保存其中一个变量

load("test.RData")#再次使用RData时的加载命令

4.6 提取元素

X[x,y]#第x行第y列

X[x,]#第x行

X[,y]#第y列

X[y] #也是第y列

X[a:b]#第a列到第b列

X[c(a,b)]#第a列和第b列

X$列名#也可以提取列

4.7 直接使用数据框中的变量

4.7.1 方法1

b <-data.frame(case=paste("S",1:50)),values=runif(50))

plot(b$case,b$values)

4.7.2 方法2

b <-data.frame(case=paste("S",1:50)),values=runif(50))

attach(b)

plot(case,values)

4.7.3 方法3

b <-data.frame(case=paste("S",1:50)),values=runif(50))

with(a,{

 plot(case,values)

x<<-summary(values)   #求和并赋值给x,<<的意思是作为全局变量,也就是出了大括号仍有效。

})


思维导图


问题:1.save(X,file="test.RData")这句代码如果报错X not found

变量X不存在,或者错误定义。

解决方法:定义变量X。

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