细胞培养中细胞发生污染就是一个灾难，既耽误时间又伤神，熟练的无菌操作能避免许多问题，但早期检测污染也是一种可以预警的方法。对于培养箱中的每瓶细胞都要注意观察，要养成习惯，每次打开培养箱时，迅速看看有没有发生污染。
细菌、酵母、真菌、霉菌、支原体以及其他的培养细胞都可能引起污染。
怎样识别污染?
一、肉眼观察
肉眼观察，把培养瓶或培养皿拿起来，对着光线检查。
浑浊情况。即使细胞密度很高，培养基也应该是透明的。轻轻移动或晃动培养瓶，观察培养基的浑浊或悬浮情况，一些霉菌可能会在培养基的表面形成菌落。
培养基颜色的变化。酸性条件下，加了酚红的培养基会由红变黄，而碱性条件下会变成红紫色。细菌污染常常会使培养基变成黄色，真菌污染会使培养基变成深紫红色。
闻！当然不能打开瓶子去闻，把鼻子贴在瓶口闻，许多污染发生以后都会散发出易察觉的、特殊的气味，甚至一打开培养箱门就闻到了。
二、显微观察
显微观察。在倒置显微镜下，先用低倍(10X) 再用高倍(40X) 物镜（总放大倍数为400) 观察细胞培养皿或培养瓶中的细胞。
其他有机体。在低倍镜下，真菌的菌丝体成长棒状，并横穿整个视野，还可以观察到酵母，有时呈小圆球形，有时还有芽。在高倍镜下可以观察到细菌，它们可能是棒状或球状，单独成链或成团存在，它们也可能和细胞混在一起，并且明显处于细胞内部，有些细胞可能已经裂解变得模糊。观察时可能每两个视野才出现一个污染（当然也算被污染了！），而且可能污染物是可以运动的。
损伤细胞。感染会杀死细胞，可能导致每个细胞都裂解和／或细胞层从附着物上完全剥离，更可能的是细胞变得不规则（或大或小），在低倍镜下是黑色的粒状。
悬浮培养细胞比贴壁培养细胞更加难以显微观察，尤其是高倍显微镜下。
将培养瓶或培养皿放在显微镜的载物台上，静置一会。
将焦距对准器皿的底部，观察那些轻微附着的细胞，因为它们可能已经接触到了微生物。
对准整个培养瓶焦距，当发现细胞的时候，用细聚焦调节旋钮调节，仔细检查周围的培养基有没有污染发生。
三、交叉污染
细胞还可能被别的细胞污染，这种交叉污染可能更广泛，许多实验人员在不经意之间培养、使用和冻存了其他的细胞。
如何避免交叉污染：
只从有保障的地方得到细胞，或者自已检查细胞。
不要同时操作多株细胞。不要把多种培养瓶同时放在超净台内。
不要使用同一个移液管操作多种细胞。
不同细胞株不要使用同一瓶培养基或胰蛋白酶。
操作后不要把移液管放回培养基的瓶中。
培养维护时，使用栓塞式移液管。
四、支原体污染
支原体污染是一种很难发现却经常存在的问题。
支原体是最小的（0.3 μm）能够自我复制的有机体，倒置显微镜下通常观察不到。
支原体没有细胞壁，对常用的抗生素不敏感。支原体感染是极为不易察觉的，可能直到出现了可以观察到的病变或发现细胞正常功能丧失的时候，才意识到是发生了支原体感染。
在没有采用特殊的染色方法，也没有观察到病变的情况下，实验总是不成功，就应怀疑被支原体污染。预防支原体污染的惟-途径是经常对细胞进行筛选。
支原体个体很小，需要使用透射电镜才能清晰看到其结构及分布。
注意：如果你发现了支原体污染
最好的方法是立即把细胞丢弃，从新复苏。
可以不理会它。
可以采取某些挽救措施，但是会很困难，只适用于那些不可代替的细胞。最简单的方法是订购支原体清除试剂盒。
如果你不能确定是否发生了污染
制作湿涂片或染色片。取1 ml 培养基离心，用50 μl 培养基或缓冲液重新悬浮细胞，滴一滴到载玻片，盖上盖玻片制成湿涂片；或涂片、固定并染色（甲基兰或革兰氏染液），在高倍镜下观察。
将细胞在营养培养基或琼脂培养基上划线， 37℃培养3 天。如果有菌落，那么细胞被污染了。
取1 ml 的细胞培养液至无菌的微量离心管中， 37℃培养3 天。观察到浑浊物，做湿涂片显微镜观察。
