1、适用于 Linux 的 Windows 子系统安装
(1) 参考官方教程进行安装
步骤 1 需要先启用“适用于 Linux 的 Windows 子系统”可选功能，然后才能在 Windows 上安装 Linux 分发。
以管理员身份打开 PowerShell 并运行：
dism.exe /online /enable-feature /featurename:Microsoft-Windows-Subsystem-Linux /all /norestart
步骤 6 - 安装所选的 Linux 分发
打开 Microsoft Store，并选择你偏好的 Linux 分发版。
这里我选了* Ubuntu 20.04 LTS
好了，到了这里就完成了linux子系统的安装了。
声明：接下来的安装主要是参考“宏基因组”公众号的介绍。
https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzUzMjA4Njc1MA==&mid=2247491728&idx=1&sn=5529fb60cfb7fc3150368a79448d51ab&scene=21#wechat_redirect
（1）环境和目录介绍
Ubuntu20.04的安装目录:
%userprofile%\AppData\Local\Packages\CanonicalGroupLimited.Ubuntu20.04onWindows_79rhkp1fndgsc\LocalState
其中Linux系统中的根目录/为其中的rootfs目录，
你的家目录(~)则为其中的/home/yourname目录。
注：%userprofile%代表用户家目录，如C:\Users\Yourname
程序会自动挂载系统硬盘，如c/d盘，分别对应的目录为/mnt/c，/mnt/d，我们开展分析使用windows下的文件也可以轻松找到。
（2）使用
方法1. 在开始菜单中选择“Ubuntu 20.04 LTS”可以打开终端使用Linux，该终端支持右键粘贴功能，方便复制代码，在终端中快速粘贴并运行。
方法2. RStudio中使用。
RStudio可以打开Shell流程，逐行运行，方便随时修改，而且不必复制和粘贴代码。
在RStudio的Tools菜单中，选择Options，切换为Terminal选项卡，修改“New terimnals open with”为“Bash (Windows Subsystem for Linux)”
再打开Rstudio中新的Termianl即为Linux系统的命令行。
2、安装Miniconda(不建议使用anaconda)
接下来可以看看“宏基因组”公众号的介绍。
https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzUzMjA4Njc1MA==&mid=2247498827&idx=4&sn=326f55e3b8ef669df5ae9f166e4d6040&scene=21#wechat_redirect
在Linux下软件安装主要使用conda安装
(1)下载并安装MiniConda3
# 下载
wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
# 安装
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -b -f
# 加载环境
~/miniconda3/condabin/conda init
# 删除安装程序，下次你会下载新版
rm Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
关闭终端，再重新打开，conda环境即可生效。
(2)更新conda频道
(可选)添加常用软件下载频道，以及国内镜像加速下载。
升级conda为最新版：新版的bug最少，碰到问题的机率也小。
# 添加常用下载频道
conda config --add channels defaults
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda
# 添加清华镜像加速下载
site=https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda
conda config --add channels ${site}/pkgs/free/
conda config --add channels ${site}/pkgs/main/
conda config --add channels ${site}/cloud/conda-forge/
conda config --add channels ${site}/pkgs/r/
conda config --add channels ${site}/cloud/bioconda/
conda config --add channels ${site}/cloud/msys2/
conda config --add channels ${site}/cloud/menpo/
conda config --add channels ${site}/cloud/pytorch/
# 升级conda及相关程序
conda update conda
# 安装下载工具
conda install -y wget
3、conda环境安装QIIME 2
- 以Linux (64-bit)为例
# conda环境安装QIIME 2
mkdir -p 2021.4 && cd 2021.4
# 下载软件安装列表，官方源不容易下载
wget -c https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2021.4-py38-linux-conda.yml
# 只有6k，但数据来源于github，有时无法下载，可以从我的github或后台回复“qiime2”获取备份链接，
# 或访问 http://210.75.224.110/github/QIIME2ChineseManual/2021.2/qiime2-2021.2-py36-linux-conda.yml 下载
wget -c http://210.75.224.110/github/QIIME2ChineseManual/2021.2/qiime2-2021.2-py36-linux-conda.yml
# 创建虚拟环境并安装qiime2，防止影响其它己安装软件
# 我用时13m，供参考，主要由网速决定
time conda env create -n qiime2-2021.4 --file qiime2-2021.4-py38-linux-conda.yml
# 删除软件列表
rm qiime2-2021.4-py38-linux-conda.yml
QIIME 2环境的启动
Activate the conda environment
下面我们进入虚拟环境，
如果想不起来你建议的虚拟环境名称，用如下命令查看：
conda info --envs
激活工作环境，需要几十秒，命令如下：
conda activate qiime2-2021.4-
测试安装是否成功
Test your installation
检查是否安装成功，弹出程序帮助即成功
qiime --helpQIIME 2运行成功，显示如下帮助信息：
QIIME 2 command-line interface (q2cli)
......
Commands:
info Display information about current deployment.
......
- 关闭工作环境
conda deactivate
不用QIIME 2时关闭环境，不然你其它程序可能找不到或运行可能会出错
QIIME 2虽然经常更新，但每个版本独立，不支持升级。如果有新版本可用，可按照说明安装至另一个新的conda环境中，互不干扰，只是环境名称不同，以版本号区分。
删除旧版本的QIIME 2
比如我还有之前安装的QIIME 2 2020.8
删除的方法是：conda env remove -n qiime2-2020.8
可以瞬间删除你这么久安装的环境。
