这个系列开始，学习一下柱状图的一些技巧。普通的柱状图，在做GO/Pathway富集分析的时候测试过了。命令也很简单，就是ggplot()+geom_bar()就可以实现了。我们今天学习另外一个画柱状图的小技巧，比如这是下面一个paper中简单的柱状图，但是是双向的。Y轴也在坐标系的中间。Y轴的坐标也是双向的。下面我们就学习一下如何实现下面这个图。
library(ggplot2)
library(dplyr)
data <- read.table("data.txt",header=T,sep="\t")
#reorder用在绘图中，比如ggplot中绘条形图，可使x轴按y轴数值大小排序；比如横轴为age,纵轴为money，可写为：aes(x=reorder(age,money),y=money)，即按money对age排序
ggplot(data,aes(x=reorder(Pathway,Score),Score))+
geom_bar(stat = "identity")+
theme_classic()+
ylim(-10,10)+
coord_flip()
上面就是和平常一样，一个最基本的柱状图。
下面我们来处理细节和美化。
color <- rep("#ae4531", 12)
color[which(data$Score < 0)] <- "#2f73bb"
data$color<-color
上面先添加了自定义颜色
up <- data %>% filter(Score>0)
down<- data %>% filter(Score<0) #主要为了后面方便添加X轴的标签
ggplot(data=data,aes(x=reorder(Pathway,Score),Score,fill=color))+
geom_bar(stat = "identity")+
theme_classic()+
ylim(-12,12)+
coord_flip()+
scale_fill_manual(values = c("#2f73bb","#ae4531"))+
ggtitle("Basal-like Subtype \n FDR < 0.0001")+
ylab("Normalized Enrichment Score")+
#geom_hline(yintercept=0,linetype=1)+
geom_segment(aes(y = 0, yend = 0,x = 0, xend = 13))+ #geom_segment比genom_line更为灵活，因为可以定义起始位置
theme(
legend.position = "none", #消除图例
plot.title = element_text(hjust = 0.5), #标题居中
axis.line.y = element_blank(), #删除Y轴
axis.title.y = element_blank(), #删除Y轴标题
axis.ticks.y = element_blank(), #删除Y轴刻度
axis.text.y = element_blank() #删除Y轴标签
)+
geom_text(data=up,aes(x = Pathway, y = 0, label = Pathway), hjust=1,size = 4)+ #添加score是正的label
geom_text(data=down,aes(x = Pathway, y = 0, label = Pathway), hjust=0,size = 4)+ #添加score是负的label
geom_segment(aes(y = -1, yend = -10,x = 12.8, xend = 12.8),arrow = arrow(length = unit(0.2, "cm"),type="closed"),size=0.5)+
geom_segment(aes(y = 1, yend = 10,x = 12.8, xend = 12.8),arrow = arrow(length = unit(0.2, "cm"),type="closed"),size=0.5)+ #添加了2个箭头
annotate("text", x = 12.8 , y = -12,label = "CP",colour="black",size=5)+ #添加CP和MEP文字注释
annotate("text", x = 12.8 , y = 12,label = "MEP",colour="black",size=5)+
theme(text = element_text(size = 15))
