使用GPU加速Spark的那些事儿

Apache Hadoop 3.1.0

2018年4月6日,Apache Hadoop 3.1.0 正式发布并原生支持GPU和FPGA。这个版本并不推荐在生产环境下使用,如果需要在正式环境下使用,请等待 3.1.1 或 3.1.2 版本。现在Hadoop已经发布到3.2.2。

  • YARN 原生支持 GPU(详见 YARN-6223)
  • YARN 原生支持 FPGA(详见 YARN-5983)
  • 支持 docker container

Spark 3.0

YARN先行支持GPU可以说是兵马未动粮草先行。Spark 3.0 (2020年6月发布)开始支持了数据的列式处理,同时能够将 GPU 作为资源进行调度。在此基础上,Nvidia/Spark-Rapids 开源项目基于 Rapids 库, 以 plugin 的方式提供了一组 GPU 上实现的 ETL 处理,利用 GPU 强大的并发能力加速 Join , Sort , Aggregate 等常见的 ETL 操作。

RAPIDS 全称是Real-time Acceleration Platform for Integrated Data Science,是 NVIDIA 针对数据科学和机器学习推出的 GPU 加速库,更多信息请参见官网https://rapids.ai/

RAPIDS官网

英伟达提供 GPU 加速的Apache Spark,使用已有的代码,无需修改,GPU不支持的功能可以无缝地跑在CPU上。目前支持GPU加速的负载:

  • Spark Data Frames
  • Spark SQL
  • ML/DL training frameworks


    使用 RAPIDS 加速 Apache Spark 3.0

加速原理

  1. 判断是否开启了GPU调度,如果开启就调用Rapids执行GPU处理。
  2. 自定义的Shuffle实现,使用RDMA和gpu-to-gpu直连来优化。
  3. 使用JNI来绑定到C++实现,底层是Rapids库和UCX库以及CUDA。
  4. 将CPU物理计划改编为GPU物理执行计划。

使用 UCF Consortium 的开源 UCX(Unified Communication X)框架,UCX库是抽象的通信接口,选择最佳的路径,如TCP、RDMA、共享内存或GPU。

适合 GPU 加速的场合

  • 高散列度数据的 joins

  • 高散列度数据的 aggregates

  • 高散列度数据的 sort

  • Window operations (特别是大型 windows)

  • 复杂计算

  • 数据编码(创建 Parquet 和 ORC 文件 读取 CSV)

不适合数据规模小的计算,不适合高缓存一致性的操作,不是缓慢I/O如网络、磁盘等,不适合UDF等与CPU的不断交互,也不支持RDD应用,对shuffle操作支持不好。

数据规模特别的小,整个的数据的size可能会特别小,具体到每个partition的话,如果设的partition数也是比较多,其实可能partition的数据大小只有几百兆,不一定适合跑在GPU上。第二种场景就是说高缓存一致性的操作,这一类的操作如果在你的公司的业务的query里头包含的比例非常高的话,也不一定是GPU是十分合适的。第三类就是说包含特别多的数据移动,比如说我的整个的这些query有各种各样的shuffle,shuffle的比例非常的多,可能我的整个的操作是bound在IO层面,可能有网络、也可能有磁盘。还有一种可能就是UDFs目前的实现可能会经常串到CPU,就是说还是会牵扯到CPU与GPU之间,可能会产生不断的一些数据的搬运。在这种情况下,就是数据移动特别多的情况下,GPU也不一定是很合适的。最后一种场景就是说我的GPU的内存十分有限,主流的英伟达GPU的显存也都是看具体型号,最新的A100也都能支持到80G,但是可能对于特定的场景来说,可能内存还有可能不够,如果是这种比较极端的情况下,也有可能说处理不了,也有可能说在GPU上的加速效果并不一定是十分的明显。

其他技术-加速 GPU 处理

  • 小文件读取时,采用多线程并行以及合并 ( coalesce )

  • GPU 内存不够时, spill 到 Host 内存和磁盘

  • 采用最新的 Gpu Direct Storage 技术,加快 GPU 内存到磁盘 NVMe 的 I/O

GPU可基于RDMA可实现零拷贝,但RDMA需要网卡支持才可以用。

数据:实测不同的负载可加速50%~2倍,最高的46倍。

价值观察

新开源RAPIDS加速器现在可以加速ETL(提取、转换、加载)和数据传输,在无需更改任何代码的情况下提高端到端分析性能。Spark性能的加速不仅意味着能够更快获得洞察,而且由于企业可以使用更少的基础设施来完成工作负载,因此还可以帮助企业降低成本。

GPU并行处理使计算机可以一次执行多项操作。随着运用AI和机器学习工具的企业机构日益增加,并行处理已成为加速海量数据分析和ETL管道,进而驱动这些工作负载的关键。

用于Apache Spark的全新RAPIDS加速器将Spark分布式计算框架与功能强大的RAPIDS cuDF库相连接,实现了GPU对Spark DataFrame和Spark SQL的运行提速。RAPIDS加速器还通过搜索在Spark节点之间移动数据的最快路径来加快Spark Shuffle的运行速度。

电信行业解决方案与实践

去年12月17日,中国电信发布白皮书《英伟达GPU加速中国电信Spark数据处理》。其建有统一的大数据处理平台。大数据平台包含数据接入、数据处理、数据输出、数据监测四个主要组成部分。如下图所示:


中国电信Spark使用情况简介

发布的测试结果显示

三台服务器,在404GB的模拟数据上,执行SQL数据查询操作(SQL算子主要包含sum、partition、max、left join、group by等运算),CPU上的执行时间为11.33分钟,GPU为2.03分钟。CPU花费的时间为GPU的5.58倍。一台GPU服务器的处理能力相当于5台以上的CPU服务器。


Spark和Deep Learning框架结合

工业界一般针对大数据处理的需求,会去维护一套分布式的Spark集群;同时对深度学习的需求,同样会有单独的深度学习集群。两个集群间相互独立,只是有数据和模型的交互。如下图:


存在的问题是:1)集群交互会有比较大的延迟。2)还需要部署两套环境。所以目前有将Spark和Deep Learning 框架结合的解决方案,旨在打造统一的BigData+AI的平台。例如:Yahooh TensorflowOnSpark、Intel Analytics-Zoo,都是这种出发点。

Spark 3.0开始,通过Plugin的方式可以修改SparkSQL,DataFrame的后端执行引擎,因此NVIDIA开发出一套Spark-RAPIDS的Plugin,支持用户在GPU做大数据处理,构建全GPU的闭环处理流。对Spark而言无疑是利好的,增强了Spark对GPU的使用能力,当然具体效果如何,还是需要在业务实践中检验。
RAPIDS的推出其实是为了弥补GPU在大数据处理以及传统机器学习上的缺口,也反应出NVIDIA想要打通数据处理和深度学习模型(的梦想),构成统一的从raw data到result的pipeline全部都在GPU上运行的闭环

参考文档:
Apache Hadoop 3.1.0 正式发布,原生支持GPU和FPGA
在 Spark 3.0 上实现 GPU 加速 ETL
GTC20 | 白皮书发布:NVIDIA GPU加速中国电信Spark数据处理

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