Debian系列和Ubuntu系列Linux平台安装BEAST，配置beagle加速库。
其他发行版以及更具体的信息参考
- Downloading and installing BEAST on UNIX/Linux
- Using BEAGLE with BEAST
- Installing BEAGLE on Linux
- The latest version of BEAST
sudo apt-get install build-essential autoconf automake libtool git pkg-config htop openjdk-8-jdk
git clone --depth=1 https://github.com/beagle-dev/beagle-lib.git
cd beagle-lib
./autogen.sh
./configure --prefix=$HOME
make install
cd
#下载BEASTv1.10.3并解压
wget https://github.com/beast-dev/beast-mcmc/releases/download/v1.10.3/BEASTv1.10.3.tgz
tar zxvf BEASTv1.10.3.tgz
sudo vim .bashrc
#按i进入编辑模式，将以下内容粘贴进去，切换到大写键盘，双击Z保存退出。
##以下是粘贴到.bashrc的内容，其中googleyun1和BEASTv1.10.3根据自己的用户名和BEAST版本以及所在路径进行更改
export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export PKG_CONFIG_PATH=$HOME/lib/pkgconfig:$PKG_CONFIG_PATH
export PATH=$PATH:/home/googleyun1/BEASTv1.10.3/bin
export CLASSPATH=.:/home/googleyun1/BEASTv1.10.3/lib
##以下是粘贴到.bashrc的内容
#更新.bashrc
source .bashrc
#测试beagle是否安装成功
beast -beagle_info
安装成功则显示类似如下格式信息
BEAGLE resources available:
0 : CPU
Flags: PRECISION_SINGLE PRECISION_DOUBLE ...
1 : Intel(R) HD Graphics 530
Global memory (MB): 1536
Clock speed (Ghz): 1.05
Number of compute units: 24
Flags: PRECISION_SINGLE COMPUTATION_SYNCH ...
2 : Tesla K40c
Global memory (MB): 11520
Clock speed (Ghz): 0.74
Number of cores: 2880
Flags: PRECISION_SINGLE PRECISION_DOUBLE ...
安装过程中常见问题
- 已经安装了正确版本的jdk，但是程序仍然调用其他版本的java或找不到java
解决方案1.改变默认java版本
解决方案2.暂时添加正确版本变量
