随着CFVisual的发表,作者前段时间抽了两天时间又将CFVisual做了一次升级。一直想写个推文,但是没有时间,忙啊。今天写,实属近几天迷茫了,总想做点什么,但劲头不够。本着不想浪费时间的心态,今日就写一下CFVisual的小推文。说实话,对于笔者而言,用户体验更好,基因结构图(内含子-外显子图)的表示形状更丰富,所能提供的基因结构元件的信息更多等等。。。
① Step 1
准备四个文件:newick格式树文件,基因结构文件,MEME结果文件,结构域结构文件(图1)。
② Step 2
还想结合一些其他信息,比如信号肽等域的可视化(图2、3和4)。
③Step 3
点击Start按钮,得到默认出图(图5)。
④Step 4
要想得到最终能放到论文的图,树图一般要进行分类上色等处理(图6)。并根据自我喜好,对motif(图7)、gene structure(图8)、domain和singal_peptide等图元做一些格式变化和美化。
为了方便写论文时描述外显子-内含子的长度和数量等信息,点击Statistics按钮(图8),即可弹出用户需要的信息啦(图9)——这是CFVisual的特色之一,作者最想复现的是GSDS的图(当然也是以最好的基因结构可视化工具GSDS为标杆啦——http://gsds.gao-lab.org/index.php),这个特色是GSDS没有的,嘿嘿,当然作者知道GSDS现在将来都应该是最好的基因结构可视化工具——说真的,网站其实还是有着比桌面应用不可比拟的优势:用户免安装,无系统顾虑,随时随地,有文件,有网络即可出图,这也是网站比桌面应用的巨大优势之一(虽然有网络挂机等问题,但这都不是事,说真的)!
⑤Step 5
设置到各项参数之后,就点击Redraw,重新绘制即可(图10)。
不满意啊,那就再改。。。(图11和12)
⑥Step 6
保存图片,放到论文中即可(图13)。
哎呀,笔者还想改然后再保存。后悔了。。。(图14和15)
放置论文中的图(图16)。
最后:如果有如何准备文件啥的更详细的疑问,参考笔者最初推广CFVisual写的简述推文:https://www.jianshu.com/p/97cb7c667d62 (CFVisual绘制Motif+基因结构+结构域+进化树+启动子图的单独或组合图)。本期主要是详细介绍了各个重要参数的使用和讲解。