步骤如下：
1.上Genome Announcements网站（https://mra.asm.org/）找一篇细菌基因组文章；找到文章记载的SRA号
引用该篇文章的SRA号https://mra.asm.org/content/5/15/e00171-17
该文章的SRA号SRR5210995
2.从SRA数据库上用prefetch下载该文件
prefetch SRR5210995
得到如下结果
该文件已成功下载
3.Fastq-dump解压
fastq-dump --split-files ~/ncbi/public/sra/SRR5210995.sra
fastq-dump --gzip --split-files ~/ncbi/public/sra/SRR5210995.sra
结果如下
文件解压成功
4.对原始数据进行fastqc质量检测
fastqc SRR5210995_1.fastq.gz
fastqc SRR5210995_2.fastq.gz
结果如下
质控完成
去图形界面找到结果文件，打开
SRR5210995_1.fastq.gz的结果
SRR5210995_2.fastq.gz结果
5.原始数据过滤
mkdir trim_out
java -jar ~/Biosofts/Trimmomatic038/Trimmomatic-0.38/trimmomatic-0.38.jar PE -phred33 SRR5210995_1.fastq.gz SRR5210995_2.fastq.gz
./trim_out/output_forward_paired.fq.gz ./trirm_out/output_forward_unpaired.fq.gz ./trim_out/output_reverse_paired.fq.gz ./trim_out/output_reverse_unpaired.fq.gz ILLUMINACLIP:/home/eris/Biosofts/Trimmomatic038/Trimmomatic-0.38/adapters/TruSeq2-PE.fa:2:30:10 SLIDINGWINDOW:5:20 LEADING:20 TRAILING:20 MINLEN:75
结果如下
数据过滤成功
6.再次查看质量
此时一定要选paired
cd /home/eris/trim_out
fastqc output_forward_paired.fq.gz
提示成功
再去图形界面查看
结果
7.运行SPAdes，组装细菌基因组
cd ~
spades.py --careful --pe1-1 SRR5210995_1.fastq.gz --pe1-2 SRR5210995_2.fastq.gz -o ./SPAdesout_SRR5210995
一定要确保自己的内存足够，不然会出现error：out of memory
结果图如下
成功
8.Quast评价组装的基因组效果
quast.py ~/SPAdesout_SRR5210995/contigs.fasta -o ~/SPAdesout_SRR5210995/quast_out
结果如下
显示成功
去图形界面下打开html
结果图
