OmniFocus另一个非常有用的功能，就是可以使用旗标来标注重要的活动或者项目。比如说，你可以用旗标来高亮你今天要完成的事情，或者快速标注一下今天会议上要讨论的重点内容。
想要为一个活动打旗标，可打开这个事项进入编辑模式，然后点击标记，另一个快速标记的方法是从右向左滑动这个事项，在显示出来的按钮中点击标记。
当你为一个事项打上旗标之后，这个事项的状态环就从灰色变成了橙色，这样你一眼就可以看到那些对你来说更加重要的事情。如果你为项目或者动作组打上旗标，下面的所有活动都会继承这个标记。继承的旗标和手工增加的旗标是有区别的，从项目或者动作组继承的旗标，那个状态环上的小旗子是空心的，而手工增加的是实心的。
想要查看所有标记的事项，你可以点击已标注视图，OmniFocus中的这个功能可以让你方便的查看所有的标注事项，对于已完成的，可以打钩标记完成。
在已标注视图的视图选项中，你可以选择按照截止日期或者按照项目排序。
