以下是我简书里所有的文章链接，按不同的专题分类，方便大家根据不同专题以及文章题目快速的查看所需内容。
持续更新中~
Linux学习笔记
《Linux命令行与shell脚本编程大全》第11章笔记（上）
《Linux命令行与shell脚本编程大全》第11章笔记（下）
结构化命令 之 if-then； if-then-else语句
结构化命令 之 test命令(长文慎入）
结构化命令 之 复合条件测试
结构化命令 之 if-then高级特性
结构化命令 之 case命令
结构化命令 之 for命令
结构化命令 之 while命令
结构化命令 之 until命令
结构化命令 之 嵌套循环
控制循环
处理循环的输出
shell脚本编程--处理用户输入
如何使用服务器下载和处理文件/以及传输文件至本地文件夹
利用TrimGalore去除adapter以及过滤fastq文件
更改Putty主题背景
如何根据染色体坐标批量提取对应的DNA序列（bedtools）
计算bam文件中比对上基因组的reads以及合并多个bam文件
file命令，find命令
怎么在linux里访问U盘里的数据
输入/输出/重定向
R学习笔记
如何在散点图里添加特定标签
如何修改操作系统分配给R的内存上限
用R画Circular barplot图（环状柱形图）
用R画弧形图（Arc Diagram）
GENIE3——一款预测基因调控网络的R包
RNA-seq的差异基因除了热图/火山图，你还可以如何展示？
RCircos包的使用
洛克菲勒大学2021年生信课1：Introduction to R, session 1
洛克菲勒大学2021年生信课2：Introduction to R, session 2
python学习笔记
学习Python:最开始的开始（入门教程+软件安装）
Biopython学习笔记（一）
Biopython学习笔记（二）序列的分析
Biopython学习笔记（三）Blast
Biopython学习笔记（四）访问NCBI Entrez数据库
利用scanpy进行单细胞测序分析（一）预处理和聚类
利用scanpy进行单细胞测序分析（二）轨迹推断
利用scanpy进行单细胞测序分析（三）Marker基因的可视化
ipython的初步了解
Numpy笔记（NumPy ndarray）
Numpy笔记（Transposing Arrays）
Numpy笔记(File Input and Output with Arrays)
pandas笔记（pandas Data Structures）
pandas笔记（Essential Functionality）
pandas笔记（Summarizing and Computing Descriptive Statistics）
pandas笔记（Handling Missing Data）
pandas笔记(Data Transformation)
python可视化：matplotlib学习笔记
python可视化：Plotting with pandas and seaborn
python笔记：Functions
python笔记：将function储存在module里
python笔记：Class（类）
python笔记：打开/访问文件
perl学习笔记
Learning Perl学习笔记（1）第二章Scalar Data
Learning Perl学习笔记（2）第三章Lists and Arrays
Learning Perl学习笔记（3）第四章：子程序
Learning Perl学习笔记（4）第五章 Input and Output
Learning Perl学习笔记（5）第六章 Hashes
Learning Perl学习笔记（6）第七章 正则表达式
Learning Perl学习笔记（7）第八章 使用正则表达式进行matching
Learning Perl学习笔记（8）第九章 Processing Text with Regular Expressions
Learning Perl学习笔记（9）：Strings and Sorting
circos软件使用初探
circos软件学习笔记：语法、颜色、字体和文件格式
circos软件学习笔记：添加刻度
circos软件学习笔记：更改染色体的比例、颜色、方向
circos软件学习笔记：在圆圈里添加lines（interaction）
转录组学习笔记
RNA-seq练习 第一部分（原始数据下载，提取fastq文件，fastqc质控）
RNA-seq练习 第二部分（基因组序列下载，注释文件下载，索引下载，比对，比对质控,HTseq-count计数，输出count矩阵文件）
RNA-seq练习 第三部分（DEseq2筛选差异表达基因,可视化）
理解SAM文件格式以及过滤sam文件
GSEA学习笔记
几种标准化方法的学习笔记
比对软件STAR的使用
ChIP-seq & ATAC-seq笔记
ChIP-seq实践(H3K27Ac,enhancer的筛选和enhancer相关基因的GO分析)
ChIP-seq实践（非转录因子，非组蛋白）
在IGV里同时查看多个region/gene
ATAC-seq分析练习
结合CHIP-seq和ATAC-seq结果进行分析
GREAT网页版学习笔记（预测顺式调控元件）
使用HINT-ATAC进行ATAC-Seq的footprinting分析
用MEME-CHIP预测转录因子的结合
利用HOMER预测目标序列的motif（从运行程序到结果解读，以及注意事项）
Motif scanning tool: FIMO（在线版分析笔记）
如何提取ATAC-seq数据的差异peaks?（DiffBind包的使用）
shadow enhancers
CUT&Tag学习笔记
CUT&Tag数据分析笔记（1）
CUT&Tag数据分析笔记（2）
CUT&Tag数据分析笔记（3）
Hi-C学习笔记
Hi-C技术的初步了解
Hi-C分析练习（从fastq文件到contact矩阵）
Hi-C分析练习（从cool文件到可视化热图）
甲基化测序分析学习笔记
陈巍学基因视频学习记录--甲基化测序
Bismark Bisulfite Mapper学习笔记（一）数据预处理
Bismark Bisulfite Mapper学习笔记（二）甲基化信息提取以及文件解读
WGBS vs RRBS
单细胞转录组学习笔记
单细胞RNA-seq入门文献学习
单细胞测序实战（第一部分）
单细胞测序实战（第二部分）
单细胞测序实战（第三部分）
(Smartseq2) single cell RNA-seq分析练习
10×单细胞测序分析练习（一）
10×单细胞测序分析练习（二）
单细胞测序分析之Monocle2包学习笔记
单细胞测序分析之Seurat（3.0）包学习笔记
单细胞测序分析之scater包学习笔记
Single cell RNA-seq data analysis with R视频学习笔记（一）
Single cell RNA-seq data analysis with R视频学习笔记（二）
Single cell RNA-seq data analysis with R视频学习笔记（三）
Single cell RNA-seq data analysis with R视频学习笔记（四、五）
单细胞测序数据整合练习（详细代码）
Single cell RNA-seq data analysis with R视频学习笔记（六）
Single cell RNA-seq data analysis with R视频学习笔记（七）
Single cell RNA-seq data analysis with R视频学习笔记（八）
Single cell RNA-seq data analysis with R视频学习笔记（九：空间转录组）
单细胞轨迹推断（Trajectory inference）分析（详细代码）
RNA velocity of single cells文献学习
RNA velocity分析练习（一）文件下载以及预处理
RNA velocity分析练习（二）软件安装
RNA velocity分析练习（三）生成loom文件
RNA velocity分析练习（四）聚类以及velocity可视化
cellranger使用的初步探索（1）
cellranger使用的初步探索（2）理解cellranger count输出文件
cellranger使用的初步探索（3）cellranger aggr
cellranger使用的初步探索（4）：R读取cellranger的输出文件
单细胞ATAC-seq学习笔记
Single-Cell ATAC-Seq的初步了解
scATAC-seq数据分析练习（成年小鼠大脑组织）
[scATAC-seq]利用Monocle3构建细胞“轨迹”
ArchR官网教程学习笔记1：Getting Started with ArchR
ArchR官网教程学习笔记2:基于ArchR推测Doublet
ArchR官网教程学习笔记3:创建ArchRProject
ArchR官网教程学习笔记4:ArchR的降维
ArchR官网教程学习笔记5:ArchR的聚类
ArchR官网教程学习笔记6:单细胞嵌入（Single-cell Embeddings）
ArchR官网教程学习笔记7:ArchR的基因评分和Marker基因
ArchR官网教程学习笔记8:定义与scRNA-seq一致的聚类
ArchR官网教程学习笔记9:ArchR的伪批量重复
ArchR官网教程学习笔记10:ArchR的call peak
ArchR官网教程学习笔记11:鉴定Marker峰
ArchR官网教程学习笔记12:Motif和Feature富集
ArchR官网教程学习笔记13:ChromVAR偏差富集
ArchR官网教程学习笔记14:ArchR的Footprinting分析
ArchR官网教程学习笔记15:ArchR的整合分析
ArchR官网教程学习笔记16（上）:ArchR的轨迹推断分析
ArchR官网教程学习笔记16（下）:ArchR的轨迹推断分析
TCGA数据库学习笔记
TCGA数据库的初次了解
如何批量下载TCGA里的数据（gdc-client方法）
利用R包TCGAbiolinks进行各种数据下载
TCGA的差异基因分析
整合gdc-client批量下载的文件
如何把从TCGA下载的HTseq count转换成FPKM
如何生成WGCNA分析所需的临床表型信息
WGCNA学习笔记
TCGA数据生存分析
TCGA甲基化数据下载以及相关临床信息整理
TCGA甲基化数据质量控制和差异分析（使用ChAMP包）
如何将WGCNA导出的基因共表达网络进行可视化（cytoscape软件的使用）
TCGA数据库MAF文件的分析以及可视化（maftools包的使用）
TCGA数据库copy number variation数据分析（第一部分：从数据下载到GISTIC输出文件）
TCGA数据库copy number variation数据分析（第二部分：利用maftools进行可视化）
GEO数据库学习笔记
GEO数据库视频学习笔记（芯片数据下载和数据读取）
GEO数据库视频学习笔记（ID转换）
GEO数据库视频学习笔记（了解你的表达矩阵）
GEO数据库视频学习笔记（差异分析、可视化、GSEA）
cBioPortal数据库学习笔记
cBioPortal学习笔记（1）
cBioPortal学习笔记（2）
WGS学习笔记
GATK的初次了解
GATK官网学习笔记Data pre-processing for variant discovery
Broad Institute视频笔记 Introduction to High-throughput Sequencing Data
Broad Institute视频笔记Introduction to Data Preprocessing
Broad Institute视频笔记 Introduction to Variant Discovery
Broad Institute视频笔记Introduction to Germline Variant Discovery
Broad Institute视频笔记Introduction to Somatic Variant Discovery
Broad Institue视频笔记：Variant Calling with HaplotypeCaller
Broad Institute视频笔记Hello World WDL Tutorial
Broad Institute视频笔记Run Haplotypecaller（WDL+Cromwell）
文献阅读笔记
增强子和启动子真的是两种完全不同的调控元件吗？【Nature Reviews Genetics】文献阅读
TT-seq文献阅读(TT-seq maps the human transient transcriptome)
eRNA文献阅读
PRO-seq文献阅读
增强子(enhancer)靶向表观基因组编辑技术enCRISPRa和enCRISPRi文献学习
CROP-seq文献学习（CRISPR液滴测序）
SMRT测序文献阅读笔记
文献阅读笔记：CUT&RUN
文献阅读笔记：CUT&Tag
文献阅读Orchestrating single-cell analysis with Bioconductor
文献阅读：细胞异质性的表观遗传学基础
【文献笔记】DNA，RNA以及组蛋白的甲基化在衰老和肿瘤中的作用
StatQuest视频学习笔记
StatQuest——生物信息相关原理的入门系列(一)
StatQuest——生物信息相关原理的入门系列(二)
StatQuest（PCA系列）step by step为你解释PCA的那些事儿
StatQuest——t-SNE视频笔记
StatQuest——Hierarchical Clustering学习笔记
StatQuest——K-means到底是什么？
StatQuest-你想很轻松的理解Covariance和Correlation吗?(Part 1)
StatQuest-你想很轻松的理解Covariance和Correlation吗?(Part 2)
Epigenetics笔记
Epigenetics笔记一：Writers, Readers, Erasers
Epigenetics文献学习：Regulation of chromatin by histone modifications
Epigenetics文献学习：染色质结构域
Epigenetics文献阅读：The molecular hallmarks of epigenetic control
Epigenetics文献学习：Writing, erasing and reading histone lysine methylation
Epigenetics文献学习：Histone H3突变的致癌机制
Epigenetics文献学习：组蛋白标记在控制转录周期中的功能作用
SWI/SNF复合体在肿瘤里的作用
新英格兰医学：癌症的表观遗传治疗
NATURE:组蛋白标记H3K36me2招募DNMT3A并调节基因间DNA甲基化分布
NATURE:基因-环境协同诱导的表观遗传程序起始肿瘤发生
NATURE:组蛋白甲基转移酶NSD3异常活化可诱导肺鳞状细胞癌的发生
NATURE:组蛋白变体在调节染色质组织和功能中的作用
Nature Reviews Cancer:实体瘤"劫持"组蛋白变体互作网络
Nature Reviews Genetics：3D基因组组织工程
NCB: 核纤层的功能机制与异常
CUT&RUN实验原理和步骤
【Nature Review Cancer】癌症中染色质修饰的“language”
