BTW，开始尝试用Markdown。
下面的例子实现之前，需要在R中首先输入一些数据。本例采用最简单的散点数据，输入如下代码后，得到散点的x与y坐标值。
x <- c(0,1,2,3,5,7)
y <- c(-50,-80,-70,5,8,7)
基本绘图
绘图的基本命令为plot。如果不带任何参数使用plot命令，输入如下代码：
plot(x,y)
得到的结果为下图:
可以发现R会自动调整坐标轴。
如果你发现有不同，比如出来的图形是包含边框的。那也许是我或者你调整了原始参数，可以用如下命令来处理。
par(bty = "o")
此处的o为（环境）参数，可调整为1，7，c，u，]等。之后所加边框就如参数的形状。
给散点增加连线，可用如下命令：
lines(x,y)
得到的结果为下图：
进一步，还可以用abline命令，添加其他辅助线。
abline(h=-40)
得到的结果如下图：
调整坐标轴
利用yaxt参数，可实现plot同时，不显示坐标轴。
plot(x,y,yaxt="n",xaxt="n")
得到的结果如下图：
如下命令可以得到更复杂的效果。
plot(x,y,yaxt="n",xlim=c(0,20),ylim=c(-20,20),mgp=c(3,1,0),pos=0,cex.axis=0.5)
得到的结果如下图：
在这条plot命令中，xlim和ylim分别定义x轴与y轴的范围；mgp是控制坐标轴标题、刻度数值及轴线相对距离的参数；pos参数控制横轴在图形中的相对位置（此例为垂直居中）；cex.axis控制图形中刻度字体的大小。
有时我们需要对坐标轴做复杂处理，比如横纵轴刻度不成比例，甚至同一轴的正负区域的刻度也不成比例。对于这种情况需要在隐藏坐标轴后，再自定义出需要的轴。
比如如下命令：
axis(2,at=seq(-20,0),labels=seq(-40,0,2),cex.axis=0.5,mgp=c(3,1,-1))
axis(2,at=seq(0,20),labels=seq(0,20,1),cex.axis=0.5,mgp=c(3,1,-1))
得到的结果如下图：
可以看到x轴及y轴的正负象限的刻度都不同。这一点是通过axis命令得到的。在这里，参数2控制所绘制的坐标轴位置（可设置为1-4，分别位于不同方向）。at和labels参数分别设置新添加的轴上的点及其刻度。这里要注意的是，这里的点和刻度的值，也受到plot的约束。比如在我们的例子中，plot用ylim设定了y轴负象限的范围为-20，那么如果设置的at参数超过了20的范围，图像会超出显示范围。那么这几个值之间的关系是如何的？
这里有几个值需要理清：
ylim设定的-20;
at设定的-20；
labels设定的-40；
首先，ylim设定了此次plot的图像中，y轴的刻度范围。在此例中，y轴负象限只能有-20值域范围，否则会超过图像范围。
其次，at设定了此次绘制的轴的取值范围，这个范围不该超过ylim的范围，否则也会超过图像显示范围。
最后，注意到上述两个参数只是设定了轴的范围，并非为轴上的刻度显示。这实际上给调整坐标轴留下了余地。观察label设定和最后的结果可以发现，实际的刻度值超过了ylim和at的范围。也就是说，虽然实际坐标轴的值域并未发生变化，但却可以通过调整刻度达到调整轴比例的效果。
接下来，cex.axis参数调整的是所绘制的轴上字体的大小，由于刻度可能会变密，所以会用到。
小结
plot、par和axis组合使用，能达到的绘图效果比较丰富。将来会花时间完全整理，有需要也可以参考如下页面获得帮助。
