第一步：除掉 小于18bp 大于25bp 的序列 （参考其他文献，主要包括miRNA 和siRNA）
操作：conda 安装 cutadapt (啊啊啊啊，不知道问什么，我的conda这么不好用，耗了很久。。。)（链接：https://www.jianshu.com/p/4ee2f4d2292f）
reads的过滤
--minimum-length LENGTHor-m LENGTH#根据最短长度筛选reads;
--too-short-output FILE#为reads长度最小值设定阈值筛选reads后，要丢弃的部分输出到文件；
--maximum-length LENGTHor-M LENGTH#根据最长长度筛选reads;
--too-long-output FILE#为reads长度最大值设定阈值筛选reads后，要丢弃的部分输出到文件；
--untrimmed-output FILE#将没有adapter未做修剪的reads输出到一个文件，而不是输出到trimmed reads结果文件
--discard-trimmed#丢弃只有一个adapter的reads
--discard-trimmed等价于 --untrimmed-output /dev/null #丢弃没有adapter的reads
作者：_eason_
链接：https://www.jianshu.com/p/4ee2f4d2292f
來源：简书
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我的代码 ：/baicai2/weiyx/....../cutadapt -m 18 -M 25 --too-short-output short.file --too-long-output long.file -o output.fa input.fa
#!/usr/bin/bash
for i in `cat name.txt`
do /baicai2/weiyx/anaconda2/bin/cutadapt -m 18 -M 25 --too-short-output $i.short --too-long-output $i.long -o $i.fa $i\_clean.fa
done
