MicrobiotaProcess注意事项

  1. qiime2类型文件：读入的feature不能太多，亲测47000多个feature消耗内存110G，导入好几个小时依然失败。而一万多的feature就大概一分钟就能正常读入。且看文件大小看不出来。

  2. reads count数比较少的，例如只有几十条的这种样本需要去除，不然出来的alpha稀释曲线会以这个最少的为底限，最终出图x轴readsNums就只到几十。

  3. 画图支持多分组：.group = c("class1", "class2")。

  4. alpha多样性的图可以自己设置比较组：comparison = list(c("g1", "g2"), c("g1", "g3"))。可以用step_increase = 0.1调整比较组的连线距离，避免重叠。

  5. 可以搭配使用ggsci包进行颜色修改。

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