小说的故事发生在油麻地，故事中通过对主人公男孩桑桑刻骨铭心而又终身难忘的六年小学生活地描写，讲述了五个孩子，桑桑、秃鹤、杜小康、细马、纸月和油麻地的老师蒋一轮、白雀关系的纠缠和孩子们苦痛的成长历程。
六年中，桑桑亲眼目睹或直接参与了一连串看似寻常但又催人泪下、感动人心的故事：少男少女之间毫无瑕疵的纯情，不幸少年与厄运相拼时的悲怆与优雅，垂暮老人在最后一瞬间所闪耀的人格光彩，在体验死亡中对生命的深切而优美的领悟，大人们之间扑朔迷离且又充满诗情画意的情感纠葛……这一切，既清楚又朦胧地展现在少年桑桑的世界里。这六年，是他接受人生启蒙教育的六年。
纸月
纸月是个内向、善良，一个人见人爱，很体面的小女孩．她的心灵如同皑皑白雪般纯洁，心思细腻，搜索懂得诗词，写的一手令人称赞的毛笔字。她没有爸爸妈妈．只有一个又当爹，又当妈的慈祥的奶奶．为了不让奶奶为自己担心，当板仓小学的男生欺负她时，她没有告诉奶奶，只是自己默默流泪．直到桑桑帮助她把板仓小学的男生打跑后，默默无闻的她才露出一丝微笑．善解人意的她话不多，却总能帮助别人．不要认为内向是一个缺点，有时，默默无闻却是最可爱的．纸月原在板桥小学上学，但因为板桥小学几个同学专门欺负纸月学校管理也没有太大效果无奈之下只好转到油麻地小学学习。
桑桑
桑桑是《草房子》这部小说贯穿始终的人物，他也是油麻地的见证人，很不幸，作家拿出了最大的苦难来考验他——但也许这反而是一种幸运，因为考验，桑桑才可能得到更多生命的领悟并成为本书的第一主角。
桑桑这个人物，以及他的成长经历最能表现作者对情感、悲悯精神的诠释。他推动了蒋一轮，与白雀爱的演绎；他对纸月关心并有着朦胧的感情；当众人都排挤秦大奶奶时，他没有。他是杜小康的竞争对手也是最懂他的人。他淘气又善良，鲁莽也细腻。当他得了一种怪病而面临死亡的威胁时，作品的情感内蕴也随之被推向高潮。他参与的每一个画面都如此温情脉脉和如此感人：他帮细马看羊，端上一碗水送给一个饥渴的过路人；他甚至为羊为牛为鸽子为麻雀们做任何一件事情；他背着妹妹去古城墙上看风景、唱古谣，尽显可贵的兄长情；严肃的父亲背着他，四处求医，带着他酣畅淋漓地打猎，重拾起曾遗失的父爱；纸月跟随父亲远走他乡，留给他的亲手刺绣的红莲书包。桑桑没有死，这种团圆式的结局并没有损坏精神上的崇高感，相反它使人油然而生出一种对生命的敬重和眷恋，对世间真情的渴望与珍惜。
秃鹤
“秃鹤”是一个秃顶的孩子。随着日子的流逝，六年级的“秃鹤”感觉到了自己的秃顶是学生“戏弄”的对象，自尊心受到了伤害，秃鹤为此做出了反常之举：他用不上学来逃避同学异样的眼光；用生姜擦头希望在七七四十九天后长出头发来，用戴帽子的方法企图遮掩自己的秃头。当这些使自己陷入更“糟糕的境地”时，他索性在“广播操比赛”这样的重大日子里，把自己头上的帽子甩向了天空，导致全校的广播操失控，而错失了“第一”的荣誉，“就这样，秃鹤用他特有的方式，报复了他人对他的轻慢与侮辱”。“秃头”陆鹤坚守着人格的尊严，他在学校的文艺演出中活灵活现的出演角色得到了大家的尊重。
杜小康
杜小康从油麻地首富之家的“天之骄子”，突然之间经历了家境的败落，在被迫辍学后，随父亲远走芦荡养鸭，放鸭失败后，他把五只很大的、颜色青青的双黄鸭蛋全部送给了桑桑。这五只鸭蛋，大概是他从大芦荡带回来的全部财富，而桑桑为了杜小康也把自己心爱的鸽子卖掉了，将钱统统给了杜小康帮助他渡过难关。两人之间的友谊纯洁透明，真挚无私。杜小康在杜家山穷水尽遭到灭顶之灾时，勇敢地站了起来，继承父业，在学校门口摆起了小摊。到最后成长为一个坚强的为家庭生计拼搏的男子汉，留给我们的是他成长中闪光的人格魅力。
《草房子》里一直回荡着“悲悯”的情怀。比如温幼菊长期与药罐为伴；桑桑得了绝症，只是到了最后的时刻才复生；秦大奶奶既寡且独；邱二爷无后代，住房被淹没，又得绝症死去，杜小康家遭破产，纸月不知生父为谁，孤苦伶仃地与奶奶为伴，最后不知道下落……这些情节有一种沉重的东西，会压在读者心头，也许这正是这部作品的魅力所在。悲悯的感觉也会让读者对作品中的人物有俯视和亲近的力量。无论是人性美、人情美、悲剧美在曹文轩的小说中都得到了很好的阐释。他说过：“这个世界上，除了思想，还有审美，这两者都很重要。充满美感的力量，美的力量绝不亚于思想的力量。苦难给了他透彻的人生经验，并给他的性格注进了坚韧。难怪福克纳说：一个作家最好的财富莫过于他有一个苦难的童年。祖母、父亲和母亲给我仁爱之心，使我从不知道何谓仇恨。我从未抓住不放地仇恨过任何人，我始终觉得世界是善的。那片土地给了我灵气、体裁、主题和故事。开门见山的水，湿润了我的笔，使我能永远亲昵一种清新的风格。”由此，以自己的困苦童年为依托，曹文轩试图引导读者透过人物的困苦历程，咀嚼生活中的温馨和诗意，从而企图借助他所谓的“苦难”的刻刀，在青少年的心灵上留下印记，让人变得充实和坚强。
