秦王孙可望于明永历十一年发动内讧，于贵州进兵云南，意在消灭与自己水火不容的晋王李定国，继而夺取永历政权，李定国于曲靖交水一带引兵迎战，孙可望前军白文选不愿与李定国交战，率军反正，孙军前军大乱，白军反冲孙可望大将马维兴营垒，可望军崩溃，孙可望失败逃回贵州，沿途城池守军拒不接纳，孙可望不得已向清廷湖南当局乞降，这年十二月孙可望被封为义王。孙可望之乱纵然是自身的嚣张跋扈和不得人所致，但也和南明朝廷自身的腐败和对原起义军将领的偏见不无关系，1649年孙可望军数十万降明明廷对一个王号，竟也不愿意授予孙可望，相反孙可望战败投诚清廷当即封其为以王，南明政权崩溃之原因，由此窥见一二。
孙可望投敌给抗清带来极其恶劣的影响，孙向清廷出卖西南永历政权的虚实，并对明军将领展开诱降，并为之后清军进攻西南引路。
一六五八年清顺治十五年正月初九，清军向永历朝廷发动大规模进攻，到十一月，南明军队全线溃败，贵州失守。在云南的永历朝廷被迫于十二月十五日，撤离昆明。1659年清军逼近腾越州，李定国决定在怒江以西二十里的磨盘山伏击清军，明军于磨盘山羊肠小路两旁设下埋伏，窦名望为初伏，高文贵为二伏，王国玺为三伏，在谷中埋设地雷。吴三桂等部清军之前未遇较大抵抗，一头扎进一伏击区，关键时刻光禄寺少卿卢桂生降敌出卖明军，吴三桂大惊，与道路两旁搜杀明军，死者无数，一伏主将窦名望不得不下令出战，二伏三伏明军也冲向清军，明清双方展开了最后一场大规模交锋，在惊心动魄的血战中明军将领窦名望，高文贵，张天龙，殷有荣等人战死，明军伤亡殆尽。李定国不得不撤出战斗。双方战斗从早上一直打到中午。此战后，参战明军已经兵不满万，李定国无力回天。
而清军伤亡一样巨大，清将额山固真沙里布，祖泽润，多婆罗，干图，扎喀纳等人战死，临近上山的上万人几乎无一生还，清廷气急败坏，惩罚统军将领，多罗郡王多尼罚银五千，多罗贝勒杜兰罚银二千，多罗平郡王罗可铎罚银四千，征南将军赵布泰革职为民。
磨盘山战后，全滇明军虽然为数尚多，却早已陷入混乱之中，无法再给清军以有力打击，加之永历皇帝逃往缅甸，南明覆亡已不可避免。
